Discussion :

[linalin]

Bonjour à tous,

je suis actuellement en stage de bioinformatique, et je dois créer un programme permettant d'analyser des lipides par spectrométrie de masse en intégrant java et C++... En fin là n'est pas la question

Je voudrais exécuter deux lignes de commande avec java, et que j'ai déjà testé sur le DOS de mon win XP. Voici ces 2 commandes :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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cd c:\mzWiff\Debug
mzwiff --mzXML -v C:\Directory\fichier.wiff

et ça fonctionne. Maintenant, voilà ce que j'ai écrit dans mon code java:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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try {
        // Execute a command with an argument
        String[] command =new String[] {"cd","c:\\mzWiff\\Debug"};
        String[]command2 = new String[]{"mzwiff","--mzXML","-v","C:\\Directory\\"+ wiffFile.getName()};
        Process child = Runtime.getRuntime().exec(command);
        Process child2 = Runtime.getRuntime().exec(command2);
} catch (IOException io) {}

mais ça bloque à l'exécution de ma première commande... J'ai cherché partout sur le net, mais rien ne m'a aidé!
Quelqu'un saurait il ou est l'erreur et pourrait éventuellement me corriger svp?

Merci d'avance

[natha]

Tu ne récupères pas les flux :

http://blog.developpez.com/adiguba?t...es_plus_simple

[linalin]

tu veux dire avec le .getinputstream et .getoutputstream ???

[dinobogan]

Et "cd" n'est pas une commande, mais un paramètre de "cmd.exe".

[linalin]

J'ai essayé de modifier mon code mais ça n'a pas marché!!! Donc, quelqu'un pourrait me dire ce que je dois écrire exactement svp??

[dinobogan]

J'ai essayé de modifier mon code mais ça n'a pas marché!!! Donc, quelqu'un pourrait me dire ce que je dois écrire exactement svp??

Modifé comment ?

[linalin]

j'ai enlevé le cd vu que ce n'est une commande :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

String[] command =new String[] {"C:\\WINDOWS\\System32\\cmd.exe","c:\\mzWiff\\Debug"};

Par contre, pour les getinputstram et getoutputstream, je n'ai pas vu leur utilisation dans aucun autre site. ça bloque vraiment à "Process child = Runtime.getRuntime().exec(command);" donc même si je récupère les flux, ça ne le fera pas vu que le debug ne depasse pas cette ligne!

[linalin]

Finalement, ça bloque sur le deuxieme process
Une idée??

[OButterlin]

Ce serait plutôt quelque chose comme ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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String[] args = new String[]{"cd c:\\mzWiff\\Debug", "mzwiff --mzXML -v C:\\Directory\\" + wiffFile.getName()};
Runtime.getRuntime().exec(args);

A+

[linalin]

C'est toujours faux...
Finalement, je fais ça :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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String[] command = new String[] {"C:\\WINDOWS\\System32\\cmd.exe", "C:\\mzWiff\\Debug"};
String[]command2 = new String[]{"C:\\mzWiff\\Debug\\mzWiff.exe","--mzXML","-v","C:\\Directory\\"+ wiffFile.getName()};
try {
        // Execute a command with an argument
        Runtime r = Runtime.getRuntime();
        Process child = r.exec(command);
        Process child2 = r.exec(command2);
        JOptionPane.showMessageDialog(frame, "mzxml file created");
} catch (Exception io) {
    	System.out.println("error" + io);
}

et ça ne bloque plus, par contre rien ne s'exécute!
Est ce qu'il faut que je récupère les flux??
Si oui, comment je fais dans le cas précis??

Merci

[OButterlin]

Non, il n'y a pas besoin de récupérer les flux (sauf pour analyser d'éventuelles erreurs ou echo en sortie)
Ce qui est sûr, c'est que si tu passes par 2 exec, ce que tu as fais dans le premier n'est pas récupéré par le second et chaque élément de ton tableau doit contenir la commande complète (pas args[0]+args[1], args[2]+args[3] etc...).

[linalin]

Merci beaucoup, ça marche! Tu avais raison, il fallait que je mette toutes mes commande dans un seul tableau!

Voilà ce que j'ai fait :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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String[] command = new String[] {"C:\\WINDOWS\\System32\\cmd.exe", "C:\\mzWiff\\Debug", "C:\\mzWiff\\Debug\\mzWiff.exe","--mzXML","-v","C:\\Directory\\"+ wiffFile.getName()};
try {
Runtime r = Runtime.getRuntime();      
Process child = r.exec(command);	       
JOptionPane.showMessageDialog(frame, "mzxml file created");
} catch (Exception io) {
	System.out.println("error" + io);			
}

et ça s'exécute impec...

[linalin]

Bon, je ne comprends plus rien! Pourtant je n'ai rien changé et ça ne marche plus!! Plus rien ne s'execute alors que tout à l'heure tout fonctionnait à merveille!!! c'est normal?