Discussion :

[GLDavid]

Bonjour

J'ai développé sur bash v3.1.17 un script shell qui doit invoquer un certain programme:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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processExist(){
        USER=$1
        shift
        JOB=$1
        ps -fu $USER|grep -v grep|grep blastall|grep -c $JOB
        RES=$?
        if [ $RES -eq 1 ]
        then
                return 0
        else
                return 1
        fi
}
 
##################MAIN PART#######################
 
RES=`echo $BLAST_CMD | tr -d \" | at now + \`at -l | wc -l\` min 2>> /dev/null`
while processExist $USER $JOB
do
        sleep `perl -e 'print int(rand(100))'`
done
echo "update Job set endTime=now(), returnedCode=$RES where idJob=$JOB" > $TMP$JOB.sql
mysql -u $DBUSER -p$PASSWD -D BaseClearBLAST < $TMP$JOB.sql
rm $TMP$JOB.sql

Ce code fonctionne donc sur mon shell. Toutefois, sur le shell du serveur (v2.05), le processus que je lance semble tourner en boucle ininterrompue.
Quelqu'un peut-il voir où je me suis planté ?
Merci d'avance.

@++

[GLDavid]

Bon, finalement, j'ai résolu mon problème en simplifiant déjà mon script:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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echo $BLAST_CMD | tr -d \" | at now + `at -l | wc -l` min 2>> /dev/null
RES=$?
while processExist $USER $JOB
do
        sleep `perl -e 'print int(rand(100))'`
done
echo "update Job set endTime=now(), returnedCode=$RES where idJob=$JOB" > $TMP$JOB.sql
mysql -u $DBUSER -p$PASSWD -D BaseClearBLAST < $TMP$JOB.sql
rm $TMP$JOB.sql

Et ce qui posait problème finalement, c'était mon appel via mon bean Java que j'ai réécrit ainsi:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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public void lauchBLAST() throws IOException, SQLException, ClassNotFoundException, InterruptedException, Exception{
        updateStartTime();
        final String[] shell_cmd = {BLAST_sh, user, "\"" + this.BLAST_cmd + "\"", this.workingRep.getAbsolutePath(), ""+this.jobID+""};
        Logger log = new Logger(tmp_dir+this.jobID+".log");
        log.write(shell_cmd);
        Process process = Runtime.getRuntime().exec(shell_cmd);
        process.waitFor();
        int code = process.exitValue();
        if(code!=0)
            throw new Exception("Exited with error "+code);
    }

Si ça peut être utile

@++