Discussion :

[Jasmine80]

Bonjour à tous;

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $pDirectory;
my $path =  "P:/Theorie/PCR_Bact_Hybridation/Fichiers_FASTA_74_79";
opendir ($pDirectory,$path)
or die ("Directory ".$path." can't be open!\n");
my @Directory_list = readdir($pDirectory);
closedir ($pDirectory);
 
foreach my $Bact (@Directory_list)
{
        if($Bact=~/\w*_\w*_\w*/)
        {
                my $psubDirectory;
                my $subpath =  "P:/Theorie/PCR_Bact_Hybridation/Fichiers_FASTA_74_79/$Bact";
                opendir ($psubDirectory,$subpath) or die ("Directory ".$subpath." can't be open!\n");
                my @subDirectory_list = readdir($psubDirectory);
                closedir ($psubDirectory);
 
                foreach my $Sonde (@subDirectory_list)
                {...

Dans le répertoire 'P:/Theorie/PCR_Bact_Hybridation/Fichiers_FASTA_74_79', j'ai une série de répertoires '$Bact' contenant chacun une série de fichiers $Sonde.fsa.

Je récupère la liste de mes répertoires dans @Directory_list et ensuite si c'est un répertoire (vérifié par /\w*_\w*_\w*/), je l'ouvre et j'y récupère les fichiers à analyser.

J'ai deux questions :
1) au lieu de faire

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

if($Bact=~/\w*_\w*_\w*/)

j'amerais faire

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

if(-d$Bact)

afin de vérifier plus proprement que $Bact soit bien un répertoire et non un fichier. Mais de cette façon, je ne récupère que '.' et '..' et non les répertoires que j'aimerais utiliser.
=> 'P:/Theorie/PCR_Bact_Hybridation/Fichiers_FASTA_74_79' contient des fichiers qui ne doivent pas être utiliser et une série de répertoires devant tous être récupérés.


2) Mes boucles ne fonctionne pas car en plus de mes noms de fichiers, je récupère les répertoires racines '.' et '..'. Comment puis-je faire afin de les supprimer de ma liste.


Donc en résumé, ce que j'aimerais faire c'est récupérer tous les fichiers :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my @liste = glob('P:/Theorie/PCR_Bact_Hybridation/Fichiers_FASTA_74_79/*/*.fsa');

en utilisant opendir car je dois garder les noms de mes répertoires.

Merci beaucoup,

Jasmine,

[djibril]

voici une procédure que j'utilise pour lister répertoire et sous répertoire.
Tu peux l'adapter à tes besoins.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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# But         : lister repertoires et sous repertoires.
# Retourne  : tableau de repertoires
# Necessite : rien
sub lister_repertoires_recursif {
  unless( scalar(@_) == 1) {
    my $usage = <<'FIN_USAGE';
    Usage: lister_repertoires_recursif($repertoire);
FIN_USAGE
    croak($usage);
   }
  my ($repertoire) = @_;
 
    opendir (REP, $repertoire) or 
      die "impossible d'ouvrir le repertoire $repertoire\n";
    my @file_rep = grep { !/^\.\.?$/ } readdir(REP);
    closedir (REP);
 
    my @repertoires = ();
    foreach my $nom (@file_rep) {
        if ( -d "$repertoire/$nom") {
          push (@repertoires, "$repertoire/$nom");
          push (@repertoires, &lister_repertoires_recursif("$repertoire/$nom"));
        }
    }
    return @repertoires;
}

Tu y verras aussi comment j'évite les . et ..

[Jasmine80]

Merci beaucoup, cela fonctionne. J'ai encore un peu de mal avec les fonctions récursives, j'arrive à les comprendre mais pas à les écrire. Je suppose que cela viendra avec le temps.


Merci pour ton aide,


Jasmine,