Discussion :

[matrixspirit]

Bonjour,

Lors du parsage d'un fichier de la banque de donnée EMBL, précisement du fichier rel_gss_pro_01_r94.dat j'ai une erreur qui commence vraiment à m'enerver :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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------------- EXCEPTION  -------------
MSG: AF161315 seems to have an invalid species classification.
STACK Bio::SeqIO::embl::_read_EMBL_Species 
embl.pm:1091
STACK Bio::SeqIO::embl::next_seq 
embl.pm:322

Si vous savez d'ou pourrait venir cette erreur je suis preneur parce que je vais bientot balancer mon PC par la fenetre.


dans l'attente de vos eclaircissements.
merci

[djibril]

Par la magie du saint esprit
Car sans script on peut pas savoir d'où vient ton souci

[matrixspirit]

en fait, la ligne indiquée dans mon script ne correspond pas au code que j'ai ecri pour recupérer l'espece :
en tout cas voilà le code correspondant:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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 if (ref($seq->species()))
       {
 
           $king = ($seq->species()->classification())[2];
           $king =~ s/[^a-zA-Z0-9]/_/g;
           $org = $seq->species()->binomial('FULL');
           $org =~ s/[^a-zA-Z0-9]/_/g;
           #print "$king,$org\n";
       }
       else
       {
          $king = "not recognised";
          $org = "not recognised";
       }

voilà.
et merci Djibril pour ta reactivité

j'espere que je vais trouver une solution pour ce probleme.
parce que il ne le fait que pour les sequences de type AF1613.. parmis près de 5 millions de sequences traitées jusqu'à cette erreur.

[djibril]

bah je sais pas.
C'est peut être juste un warning. Il te fait un die? le script s'arrête?
pour ton identifiant AF161315 , il ne trouve pas d'espèce.

[matrixspirit]

Oui le script s'arrete et il sort du programme.
ce n'est pas un warning.

merci Djibril pour ta réponse rapide.

Si tu as d'autre piste ou que quelqu'un a des idée je suis preneur. car je ne vois pas du tout d'ou ça peu venir.

MatrixSpirit,

[djibril]

si tu cherche bien sur le cnbi, tu t'apercevra, qu'il n'y a vraiment pas d'info sur lui : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/v...gss&id=6664298

Donc pour que ça ne bloc pas ton script, tu peux mettre ton code sous eval

[matrixspirit]

j'imagine que tu voulais dire qu'il n'y a pas d'info sur l'espece c'est bien ça ?

donc à la limite je peu faire un IF supplementaire pour voir si l'espece existe ou pas au lieu de mettre

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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 if (ref($seq->species()))
       {

Ok j'essaye de faire ça et de rajouter ce test à mon script;

Bonne idée

Merci Djibril,

MatrixSpirit

[matrixspirit]

rien à faire apparement c'est un bug au niveau du traitement fait par le module EMBL.PL fourni dans le paquetage de bioperl. J'ai soumis le bug à bugzilla en attendant des réponse. c'est curieux parce que le script ne plante que si l'espece est un

Acetobacter aceti

et ça viens de la derniere ligne du champs classification.

j'ai lancé un script pour supprimer toutes ces sequences appartenant à ce genre. ça tourne bien. et ça ne plante plus.

C'est vraiment bizaaaare

à+ Djibril
et merci encore

[matrixspirit]

Le numéro d'accession suivant est egalement problematique au niveau de la recherche de l'espece correspondantre:
AB089817

Le script Species.pm fourni par Bioperl plante à la lecture de cette sequence.

Dommage

[matrixspirit]

Il semblerait que c'est lié donc à la classification Acetobacter aceti qui pose probleme.
la nouvelle version de bioperl devrait resoudre ce bug.

à+

[djibril]

pendant que je t'ai sur la main, as tu des liens de bases de données (je veux biensur dire des fichiers fasta) de bactéries (lien ftp)?