Discussion :

[matrixspirit]

Bonjour,

Lors du parsage d'un fichier de la banque de donnée EMBL, précisement du fichier rel_gss_pro_01_r94.dat j'ai une erreur qui commence vraiment à m'enerver :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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------------- EXCEPTION  -------------
MSG: AF161315 seems to have an invalid species classification.
STACK Bio::SeqIO::embl::_read_EMBL_Species 
embl.pm:1091
STACK Bio::SeqIO::embl::next_seq 
embl.pm:322

Si vous savez d'ou pourrait venir cette erreur je suis preneur parce que je vais bientot balancer mon PC par la fenetre.


dans l'attente de vos eclaircissements.
merci

[djibril]

Par la magie du saint esprit
Car sans script on peut pas savoir d'où vient ton souci

[matrixspirit]

en fait, la ligne indiquée dans mon script ne correspond pas au code que j'ai ecri pour recupérer l'espece :
en tout cas voilà le code correspondant:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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 if (ref($seq->species()))
       {
 
           $king = ($seq->species()->classification())[2];
           $king =~ s/[^a-zA-Z0-9]/_/g;
           $org = $seq->species()->binomial('FULL');
           $org =~ s/[^a-zA-Z0-9]/_/g;
           #print "$king,$org\n";
       }
       else
       {
          $king = "not recognised";
          $org = "not recognised";
       }

voilà.
et merci Djibril pour ta reactivité

j'espere que je vais trouver une solution pour ce probleme.
parce que il ne le fait que pour les sequences de type AF1613.. parmis près de 5 millions de sequences traitées jusqu'à cette erreur.

[djibril]

bah je sais pas.
C'est peut être juste un warning. Il te fait un die? le script s'arrête?
pour ton identifiant AF161315 , il ne trouve pas d'espèce.

[matrixspirit]

Oui le script s'arrete et il sort du programme.
ce n'est pas un warning.

merci Djibril pour ta réponse rapide.

Si tu as d'autre piste ou que quelqu'un a des idée je suis preneur. car je ne vois pas du tout d'ou ça peu venir.

MatrixSpirit,

[djibril]

si tu cherche bien sur le cnbi, tu t'apercevra, qu'il n'y a vraiment pas d'info sur lui : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/v...gss&id=6664298

Donc pour que ça ne bloc pas ton script, tu peux mettre ton code sous eval