Problème de parsage

**stansoad0108** · 27/03/2008, 11h24

Bonjour à tous,

Je poste mon problème ici, car je ne vois pas du tout où est mon erreur !!

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
 
 
use warnings;
use HTML::Form;
use LWP::Simple;
use HTML::Parser();
use HTML::LinkExtor;
 
 
#Constants
my $baseUrl = 'http://www.pharmgkb.org/do/serve?objId=';
 
#Variables :
my $flag = 0;
my $URL;
my $Role;
my $Code;
my $PharmPage = '';
 
 
($#ARGV == 1) or die $!;
 
$Role = $ARGV[0];
$Code = $ARGV[1];
 
print "$Code\n";
print "$Role\n";
 
 
if ($Role eq 'Gene'){
	print "$Code + Gene\n"; 		#Vérifie $Code
	my $URL = $baseUrl.$Code."&objCls=$Role";
	print "$URL\n";				#Vérifie $URL
	my $PharmPage = get("$URL");
	#print "$PharmPage\n";			#Print le code Source entierement (vérification)
}
 
elsif ($Role eq 'Drug') {
	print "$Code + Drug\n";
	my $URL = $baseUrl.$Code."&objCls=$Role";
	print "$URL\n";
	my $PharmPage = get("$URL");
}
elsif ($Role eq 'Disease') {
	print "$Code + Disease\n";
	my $URL = $baseUrl.$Code."&objCls=$Role";
	print "$URL\n";
	my $PharmPage = get("$URL");
}
else {(exit);	}
 
#******************************************	
 
my $filename = get("$PharmPage");
 
#Parser
my $parser = HTML::Parser->new(start_h => [\&start_rtn,"tag, attr"],
                text_h => [\&text_rtn, "text"],
                end_h => [\&end_rtn, "tag"]);
 
 
sub start_rtn { 
 
   	my ($tag, $attr) = @_;
 
	if ($tag =~ /^title$/){														
             	$flag = 1;										
	}
	if ($tag =~ /^a$/ and defined $attr->{href}  and $attr->{href} =~ /^\/do\/serve\?objId=PA[0-9]+&objCls=Gene$/){	
		$flag = 2;
	}
	if ($tag =~ /^a$/ and defined $attr->{href}  and $attr->{href} =~ /^\/do\/serve\?objId=PA[0-9]+&objCls=Disease$/){	
		$flag = 3;
	}
	if ($tag =~ /^a$/ and defined $attr->{href}  and $attr->{href} =~ /^\/do\/serve\?objId=PA[0-9]+&objCls=Drug$/){	
		$flag = 4;
	}				
}
 
sub text_rtn {
 
	my ($text) = @_;
	$text =~ s/\n//g;
 
	if($flag == 1){				
		print "Le titre : $text \n";
	}
	if($flag == 2){
		print "Genes relatifs : $text \n";
	}
	if($flag == 3){
		print "Maladies relatives : $text \n";
	}
	if($flag == 4){
		print "Médicaments relatifs : $text \n";
	}				
}
 
sub end_rtn {
     my ($tag) = @_;
 
	if ($tag =~ /^\/title$/){
                $flag = 0;
	}
	if ($tag =~ /^\/a$/ && ($flag==2 ||$flag==3 || $flag==4)){
		$flag = 0;
	}
}
 
#start parsing
$parser->parse($filename);
 
#end parser
$parser ->eof;

Il m'affiche bien les premières instructions, cependant il parse pas le fichier $filename et me ressort pas les informations souhaitées.

Je tape dans ma console le nom de mon programme, avec comme argument
$Role et $Code (mis dans le tableau @ARGV), Si il reconnait des noms de roles et de codes précis, Ces 2 variables sont ajouter dans l'adresse URL, et je sort une adresse URL final $PharmPage, que je veux parser...
RIEN NE N'AFFICHE !!!
De plus on m'indique en erreur :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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PA50
Gene
PA50 + Gene
http://www.pharmgkb.org/do/serve?objId=PA50&objCls=Gene
Use of uninitialized value in subroutine entry at Essai_2.pl line 149 (#1)
    (W uninitialized) An undefined value was used as if it were already
    defined.  It was interpreted as a "" or a 0, but maybe it was a mistake.
    To suppress this warning assign a defined value to your variables.
 
    To help you figure out what was undefined, perl tells you what operation
    you used the undefined value in.  Note, however, that perl optimizes your
    program and the operation displayed in the warning may not necessarily
    appear literally in your program.  For example, "that $foo" is
    usually optimized into "that " . $foo, and the warning will refer to
    the concatenation (.) operator, even though there is no . in your
    program.

La ligne 149 correspond dans mon programme a la ligne :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$parser->parse($filename);

Merci pour vos réactions

**iblis** · 27/03/2008, 12h18

Tu appelles get avec le contenu d'une page html comme argument (et non pas une url)

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $filename = get("$PharmPage");

De ce fait $filename ne contient sûrement pas ce que tu crois.

Ne veux-tu pas en fait plutôt parser $PharmPage ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$parser->parse($PharmPage);

PS : Pense à passer le post en "résolu", quand tes problèmes sont résolus.

**stansoad0108** · 27/03/2008, 12h42

J'ai fait quelques modifications comme tu m'as indiqué.

Voici a présent mon code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
 
 
use warnings;
use HTML::Form;
use LWP::Simple;
use HTML::Parser();
use HTML::LinkExtor;
 
 
#Constants
my $baseUrl = 'http://www.pharmgkb.org/do/serve?objId=';
 
#Variables :
my $flag = 0;
my $URL;
my $Role;
my $Code;
my $PharmPage = '';
 
 
($#ARGV == 1) or die $!;
 
$Role = $ARGV[0];
$Code = $ARGV[1];
 
print "$Code\n";
print "$Role\n";
 
#******************************************
 
if ($Role eq 'Gene'){
	print "$Code + Gene\n"; 		#Vérifie $Code
	my $URL = $baseUrl.$Code."&objCls=$Role";
	print "$URL\n";				#Vérifie $URL
	my $PharmPage = get("$URL");
	#print "$PharmPage\n";				#Print le code Source entierement (vérification)
 
}
 
elsif ($Role eq 'Drug') {
	print "$Code + Drug\n";
	my $URL = $baseUrl.$Code."&objCls=$Role";
	print "$URL\n";
	my $PharmPage = get("$URL");
 
}
elsif ($Role eq 'Disease') {
	print "$Code + Disease\n";
	my $URL = $baseUrl.$Code."&objCls=$Role";
	print "$URL\n";
	my $PharmPage = get("$URL");
 
}
else {(exit);	}
 
#******************************************	
 
#Parser
my $parser = HTML::Parser->new(start_h => [\&start_rtn,"tag, attr"],
                text_h => [\&text_rtn, "text"],
                end_h => [\&end_rtn, "tag"]);
 
 
sub start_rtn { 
 
   	my ($tag, $attr) = @_;
 
	if ($tag =~ /^title$/){														
             	$flag = 1;										
	}
	if ($tag =~ /^a$/ and defined $attr->{href}  and $attr->{href} =~ /^\/do\/serve\?objId=PA[0-9]+&objCls=Gene$/){	
		$flag = 2;
	}
	if ($tag =~ /^a$/ and defined $attr->{href}  and $attr->{href} =~ /^\/do\/serve\?objId=PA[0-9]+&objCls=Disease$/){	
		$flag = 3;
	}
	if ($tag =~ /^a$/ and defined $attr->{href}  and $attr->{href} =~ /^\/do\/serve\?objId=PA[0-9]+&objCls=Drug$/){	
		$flag = 4;
	}				
}
 
sub text_rtn {
 
	my ($text) = @_;
	$text =~ s/\n//g;
 
	if($flag == 1){				
		print "Le titre : $text \n";
	}
	if($flag == 2){
		print "Genes relatifs : $text \n";
	}
	if($flag == 3){
		print "Maladies relatives : $text \n";
	}
	if($flag == 4){
		print "Médicaments relatifs : $text \n";
	}				
}
 
sub end_rtn {
     my ($tag) = @_;
 
	if ($tag =~ /^\/title$/){
                $flag = 0;
	}
	if ($tag =~ /^\/a$/ && ($flag==2 ||$flag==3 || $flag==4)){
		$flag = 0;
	}
}
 
#start parsing
$parser->parse($PharmPage);
 
 
#end parser
$parser ->eof;

Mais dans ma console, on m'affiche :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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perl -Mdiagnostics Essai_2.pl Gene PA227
 
PA227
Gene
PA227 + Gene
http://www.pharmgkb.org/do/serve?objId=PA227&objCls=Gene

Je ne comprend pas pourquoi aucune informations ne s'affichent, en sachant que le parsage fonctionne avec une adresse URL fixe donné en paramètre !!!

**iblis** · 27/03/2008, 18h09

Bien sûr, ça ne peut pas aller : tu localises $URL et $PharmaPage dans tes if. Donc leur attribution ne vaut que dans le bloc et dans ton main ils n'ont pas de valeur.

Enlève les my dans tes if.

Tu peux aussi réécrire tes if plus joliment

Aarg...

et en plus tu n'utilise pas le pragma strict (ce qui t'aurait permis de voir le problème tout de suite, soit dit en passant)

**iblis** · 27/03/2008, 18h26

Tiens j'ai nettoyé un peu ton code (on peut faire mieux). Tu y verras peut être un peu plus clair.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
use strict; 
use warnings;
 
use HTML::Parser;
use LWP::Simple;
 
my $baseurl = 'http://www.pharmgkb.org/do/serve?objId=';
my $flag = 0;
 
 
die "usage: $0 role code\n"
    if @ARGV != 2;
 
my $role = $ARGV[0];
my $code = $ARGV[1];
 
print "$code\n";
print "$role\n";
 
 
die "not a valid a role\n"
    if $role ne ('Gene' || 'Drug' || 'Disease');
 
my $url = $baseurl.$code.'&objCls='.$role;
my $page = get($url);
 
 
#Parser
 
my $parser = HTML::Parser->new(start_h => [\&start_rtn,"tag, attr"],
                text_h => [\&text_rtn, "text"],
                end_h => [\&end_rtn, "tag"]
                );
 
sub start_rtn {
 
        my ($tag, $attr) = @_;
    if ($tag =~ /^title$/){
        $flag = 1;
    }
 
    if ($tag =~ /^a$/ 
        and defined $attr->{href}  
        and $attr->{href} =~ /^\/do\/serve\?objId=PA[0-9]+&objCls=Gene$/
    ){    
        $flag = 2;
    }
 
    if ($tag =~ /^a$/ and defined $attr->{href}  
        and $attr->{href} =~ /^\/do\/serve\?objId=PA[0-9]+&objCls=Disease$/
    ){    
        $flag = 3;
    }
 
    if ($tag =~ /^a$/ and defined $attr->{href}  
        and $attr->{href} =~ /^\/do\/serve\?objId=PA[0-9]+&objCls=Drug$/
    ){    
        $flag = 4;
    }                
}
 
sub text_rtn {
 
    my ($text) = @_;
    $text =~ s/\n//g;
 
    if($flag == 1){                
        print "Le titre : $text \n";
    }
    if($flag == 2){
        print "Genes relatifs : $text \n";
    }
    if($flag == 3){
        print "Maladies relatives : $text \n";
    }
    if($flag == 4){
        print "Médicaments relatifs : $text \n";
    }                
}
 
sub end_rtn {
     my ($tag) = @_;
 
    if ($tag =~ /^\/title$/){
                $flag = 0;
    }
    if ($tag =~ /^\/a$/ && ($flag==2 || $flag==3 || $flag==4)){
        $flag = 0;
    }
}
 
#start parsing
$parser->parse($page);
 
#end parser
$parser ->eof;

**stansoad0108** · 28/03/2008, 10h41

OUAAA !!!

Parfait cela marche dans tes 2 cas !!!

Je te remercie beaucoup pour toutes tes aides

**stansoad0108** · 28/03/2008, 11h23

Je voudrais a présent ranger les différentes informations dans des tableaux.

Par exemple ranger dans un tableau : @tab_Gene ; tous les gènes relatifs
@tab_Drug ; tous les médicaments relatifs
@tab_Disease ; toutes les maladies

C'est à dire qu'au lieu d'avoir dans ma console :
gene relatif : *********
gene relatif : *********
drug relatif : ***********
drug relatif : ***********
drug relatif : ***********
disase relative : ********
disase relative : ********
disase relative : ********
...

N'avoir juste :

Gene relatifs : ************** / *********** / *********** /
Drug relatifs : *************/ *************/ **********/
Disease relatifs : *************/ *************/ ************** ...

Mon problème est le suivant : voici mon code

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
use strict; 
use warnings;
 
use HTML::Parser;
use LWP::Simple;
 
my $baseurl = 'http://www.pharmgkb.org/do/serve?objId=';
my $flag = 0;
 
 
 
die "usage: $0 role code\n"
    if @ARGV != 2;
 
my $role = $ARGV[0];
my $code = $ARGV[1];
 
print "$code\n";
print "$role\n";
 
 
die "not a valid a role\n"
    if $role ne ('Gene' || 'Drug' || 'Disease');
 
my $url = $baseurl.$code.'&objCls='.$role;
my $page = get($url);
 
my @tab_gene=@_ ;
my @tab_disease =@_;
my @tab_drug=@_;
 
 
#Parser
 
my $parser = HTML::Parser->new(start_h => [\&start_rtn,"tag, attr"],
                text_h => [\&text_rtn, "text"],
                end_h => [\&end_rtn, "tag"]
                );
 
sub start_rtn {
 
        my ($tag, $attr) = @_;
    if ($tag =~ /^title$/){
        $flag = 1;
    }
 
    if ($tag =~ /^a$/ 
        and defined $attr->{href}  
        and $attr->{href} =~ /^\/do\/serve\?objId=PA[0-9]+&objCls=Gene$/
    ){    
        $flag = 2;
    }
 
    if ($tag =~ /^a$/ and defined $attr->{href}  
        and $attr->{href} =~ /^\/do\/serve\?objId=PA[0-9]+&objCls=Disease$/
    ){    
        $flag = 3;
    }
 
    if ($tag =~ /^a$/ and defined $attr->{href}  
        and $attr->{href} =~ /^\/do\/serve\?objId=PA[0-9]+&objCls=Drug$/
    ){    
        $flag = 4;
    }                
}
 
sub text_rtn {
 
    my ($text) = @_;
    $text =~ s/\n//g;
 
    if($flag == 1){                
        print "Le titre : $text \n";
    }
    if($flag == 2){
	push(@tab_gene, $text);
	print "Genes relatifs : @tab_gene\n";
       # print "Genes relatifs : $text \n";
    }
    if($flag == 3){
	push(@tab_disease, $text);
	print "Maladies relatives : @tab_disease\n";
        #print "Maladies relatives : $text \n";
    }
    if($flag == 4){
	push(@tab_drug, $text);
	print "Médicaments relatifs :@tab_drug\n";
        #print "Médicaments relatifs : $text \n";
    }  
 
 
}
 
sub end_rtn {
     my ($tag) = @_;
 
    if ($tag =~ /^\/title$/){
                $flag = 0;
    }
    if ($tag =~ /^\/a$/ && ($flag==2 || $flag==3 || $flag==4)){
        $flag = 0;
    }
}
 
#start parsing
$parser->parse($page);
 
#end parser
$parser ->eof;

Et dans ma console, on m'affiche :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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PA227
Gene
Le titre : PharmGKB: LDLR 
Médicaments relatifs :atorvastatin
Maladies relatives : Hypercholesterolemia, Familial
Maladies relatives : Hypercholesterolemia, Familial Metabolic Syndrome X

Je voudrais que l'on m'écrire une seule fois maladies relatives, avec la liste des informations ensuite. Malheureusement il m'affiche :
une ligne pour une maladie, une 2° ligne avec 2 maladies, 3° ligne pour 3 maladies....

Merci pour vos réactions

**iblis** · 29/03/2008, 05h03

Tu peux ranger les infos au fur et a mesure dans un (ou des) tableau(x) (par exemple avec des push). Et gerer l'affichage en fin.

**stansoad0108** · 31/03/2008, 11h08

Ok

Cependant cela m'affiche encore une information par une information. Surement a cause de mes boucles if.

Code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
use strict; 
use warnings;
 
use HTML::Parser;
use LWP::Simple;
 
my $baseurl = 'http://www.pharmgkb.org/do/serve?objId=';
my $flag = 0;
 
 
 
die "usage: $0 role code\n"
    if @ARGV != 2;
 
my $role = $ARGV[0];
my $code = $ARGV[1];
 
print "$code\n";
print "$role\n";
 
 
die "not a valid a role\n"
    if $role ne ('Gene' || 'Disease' || 'Drug');
 
my $url = $baseurl.$code.'&objCls='.$role;
my $page = get($url);
 
my @tab_gene= @_ ;
my @tab_disease = @_;
my @tab_drug= @_;
 
 
#Parser
 
my $parser = HTML::Parser->new(start_h => [\&start_rtn,"tag, attr"],
                text_h => [\&text_rtn, "text"],
                end_h => [\&end_rtn, "tag"]
                );
 
sub start_rtn {
 
        my ($tag, $attr) = @_;
    if ($tag =~ /^title$/){
        $flag = 1;
    }
 
    if ($tag =~ /^a$/ 
        and defined $attr->{href}  
        and $attr->{href} =~ /^\/do\/serve\?objId=PA[0-9]+&objCls=Gene$/
    ){    
        $flag = 2;
    }
 
    if ($tag =~ /^a$/ and defined $attr->{href}  
        and $attr->{href} =~ /^\/do\/serve\?objId=PA[0-9]+&objCls=Disease$/
    ){    
        $flag = 3;
    }
 
    if ($tag =~ /^a$/ and defined $attr->{href}  
        and $attr->{href} =~ /^\/do\/serve\?objId=PA[0-9]+&objCls=Drug$/
    ){    
        $flag = 4;
    }                
}
 
sub text_rtn {
 
    my ($text) = @_;
    $text =~ s/\n//g;
 
    if($flag == 1){                
        print "Le titre : $text \n";
    }
 
    if($flag == 2){
 
	push(@tab_gene, $text);
	@tab_gene = split (/ \/ /, $text);
	print "Gene relatifs : @tab_gene\n";
 
    }
    if($flag == 3){
 
	push(@tab_disease, $text);
	@tab_disease = split (/ \/ /, $text);
	print "Maladies relatives : @tab_disease/ \n";
    }
 
    if($flag == 4){
 
	push(@tab_drug, $text);
	@tab_drug = split (/ \/ /, $text);
	print "Médicaments relatifs : @tab_drug\n";
    }  
 
}
 
sub end_rtn {
     my ($tag) = @_;
 
    if ($tag =~ /^\/title$/){
                $flag = 0;
    }
    if ($tag =~ /^\/a$/ && ($flag==2 || $flag==3 || $flag==4)){
        $flag = 0;
    }
}
 
 
#start parsing
$parser->parse($page);
 
#end parser
$parser ->eof;

Ma console :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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PA227
Gene
Le titre : PharmGKB: LDLR 
Médicaments relatifs : atorvastatin
Maladies relatives : Hypercholesterolemia, Familial/ 
Maladies relatives : Metabolic Syndrome X/

Je ne vois pas comment y remédier !!

De plus j'ai un autre problème;
Iblis, quand tu m'a écris :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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2
die "not a valid a role\n"
    if $role ne ('Gene' || 'Disease' || 'Drug');

Cela fonctionne seulement quand j'écris pour $role eq Gene. Pour Disease et Drug il me marque le message d'erreur !!!

Merci pour vos commentaires

Problème de parsage

Modules Perl

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