Problème de parsage

**stansoad0108** · 27/03/2008, 10h24

Bonjour à tous,

Je poste mon problème ici, car je ne vois pas du tout où est mon erreur !!

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
 
 
use warnings;
use HTML::Form;
use LWP::Simple;
use HTML::Parser();
use HTML::LinkExtor;
 
 
#Constants
my $baseUrl = 'http://www.pharmgkb.org/do/serve?objId=';
 
#Variables :
my $flag = 0;
my $URL;
my $Role;
my $Code;
my $PharmPage = '';
 
 
($#ARGV == 1) or die $!;
 
$Role = $ARGV[0];
$Code = $ARGV[1];
 
print "$Code\n";
print "$Role\n";
 
 
if ($Role eq 'Gene'){
	print "$Code + Gene\n"; 		#Vérifie $Code
	my $URL = $baseUrl.$Code."&objCls=$Role";
	print "$URL\n";				#Vérifie $URL
	my $PharmPage = get("$URL");
	#print "$PharmPage\n";			#Print le code Source entierement (vérification)
}
 
elsif ($Role eq 'Drug') {
	print "$Code + Drug\n";
	my $URL = $baseUrl.$Code."&objCls=$Role";
	print "$URL\n";
	my $PharmPage = get("$URL");
}
elsif ($Role eq 'Disease') {
	print "$Code + Disease\n";
	my $URL = $baseUrl.$Code."&objCls=$Role";
	print "$URL\n";
	my $PharmPage = get("$URL");
}
else {(exit);	}
 
#******************************************	
 
my $filename = get("$PharmPage");
 
#Parser
my $parser = HTML::Parser->new(start_h => [\&start_rtn,"tag, attr"],
                text_h => [\&text_rtn, "text"],
                end_h => [\&end_rtn, "tag"]);
 
 
sub start_rtn { 
 
   	my ($tag, $attr) = @_;
 
	if ($tag =~ /^title$/){														
             	$flag = 1;										
	}
	if ($tag =~ /^a$/ and defined $attr->{href}  and $attr->{href} =~ /^\/do\/serve\?objId=PA[0-9]+&objCls=Gene$/){	
		$flag = 2;
	}
	if ($tag =~ /^a$/ and defined $attr->{href}  and $attr->{href} =~ /^\/do\/serve\?objId=PA[0-9]+&objCls=Disease$/){	
		$flag = 3;
	}
	if ($tag =~ /^a$/ and defined $attr->{href}  and $attr->{href} =~ /^\/do\/serve\?objId=PA[0-9]+&objCls=Drug$/){	
		$flag = 4;
	}				
}
 
sub text_rtn {
 
	my ($text) = @_;
	$text =~ s/\n//g;
 
	if($flag == 1){				
		print "Le titre : $text \n";
	}
	if($flag == 2){
		print "Genes relatifs : $text \n";
	}
	if($flag == 3){
		print "Maladies relatives : $text \n";
	}
	if($flag == 4){
		print "Médicaments relatifs : $text \n";
	}				
}
 
sub end_rtn {
     my ($tag) = @_;
 
	if ($tag =~ /^\/title$/){
                $flag = 0;
	}
	if ($tag =~ /^\/a$/ && ($flag==2 ||$flag==3 || $flag==4)){
		$flag = 0;
	}
}
 
#start parsing
$parser->parse($filename);
 
#end parser
$parser ->eof;

Il m'affiche bien les premières instructions, cependant il parse pas le fichier $filename et me ressort pas les informations souhaitées.

Je tape dans ma console le nom de mon programme, avec comme argument
$Role et $Code (mis dans le tableau @ARGV), Si il reconnait des noms de roles et de codes précis, Ces 2 variables sont ajouter dans l'adresse URL, et je sort une adresse URL final $PharmPage, que je veux parser...
RIEN NE N'AFFICHE !!!
De plus on m'indique en erreur :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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PA50
Gene
PA50 + Gene
http://www.pharmgkb.org/do/serve?objId=PA50&objCls=Gene
Use of uninitialized value in subroutine entry at Essai_2.pl line 149 (#1)
    (W uninitialized) An undefined value was used as if it were already
    defined.  It was interpreted as a "" or a 0, but maybe it was a mistake.
    To suppress this warning assign a defined value to your variables.
 
    To help you figure out what was undefined, perl tells you what operation
    you used the undefined value in.  Note, however, that perl optimizes your
    program and the operation displayed in the warning may not necessarily
    appear literally in your program.  For example, "that $foo" is
    usually optimized into "that " . $foo, and the warning will refer to
    the concatenation (.) operator, even though there is no . in your
    program.

La ligne 149 correspond dans mon programme a la ligne :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$parser->parse($filename);

Merci pour vos réactions

**iblis** · 27/03/2008, 11h18

Tu appelles get avec le contenu d'une page html comme argument (et non pas une url)

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $filename = get("$PharmPage");

De ce fait $filename ne contient sûrement pas ce que tu crois.

Ne veux-tu pas en fait plutôt parser $PharmPage ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$parser->parse($PharmPage);

PS : Pense à passer le post en "résolu", quand tes problèmes sont résolus.

**stansoad0108** · 27/03/2008, 11h42

J'ai fait quelques modifications comme tu m'as indiqué.

Voici a présent mon code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
 
 
use warnings;
use HTML::Form;
use LWP::Simple;
use HTML::Parser();
use HTML::LinkExtor;
 
 
#Constants
my $baseUrl = 'http://www.pharmgkb.org/do/serve?objId=';
 
#Variables :
my $flag = 0;
my $URL;
my $Role;
my $Code;
my $PharmPage = '';
 
 
($#ARGV == 1) or die $!;
 
$Role = $ARGV[0];
$Code = $ARGV[1];
 
print "$Code\n";
print "$Role\n";
 
#******************************************
 
if ($Role eq 'Gene'){
	print "$Code + Gene\n"; 		#Vérifie $Code
	my $URL = $baseUrl.$Code."&objCls=$Role";
	print "$URL\n";				#Vérifie $URL
	my $PharmPage = get("$URL");
	#print "$PharmPage\n";				#Print le code Source entierement (vérification)
 
}
 
elsif ($Role eq 'Drug') {
	print "$Code + Drug\n";
	my $URL = $baseUrl.$Code."&objCls=$Role";
	print "$URL\n";
	my $PharmPage = get("$URL");
 
}
elsif ($Role eq 'Disease') {
	print "$Code + Disease\n";
	my $URL = $baseUrl.$Code."&objCls=$Role";
	print "$URL\n";
	my $PharmPage = get("$URL");
 
}
else {(exit);	}
 
#******************************************	
 
#Parser
my $parser = HTML::Parser->new(start_h => [\&start_rtn,"tag, attr"],
                text_h => [\&text_rtn, "text"],
                end_h => [\&end_rtn, "tag"]);
 
 
sub start_rtn { 
 
   	my ($tag, $attr) = @_;
 
	if ($tag =~ /^title$/){														
             	$flag = 1;										
	}
	if ($tag =~ /^a$/ and defined $attr->{href}  and $attr->{href} =~ /^\/do\/serve\?objId=PA[0-9]+&objCls=Gene$/){	
		$flag = 2;
	}
	if ($tag =~ /^a$/ and defined $attr->{href}  and $attr->{href} =~ /^\/do\/serve\?objId=PA[0-9]+&objCls=Disease$/){	
		$flag = 3;
	}
	if ($tag =~ /^a$/ and defined $attr->{href}  and $attr->{href} =~ /^\/do\/serve\?objId=PA[0-9]+&objCls=Drug$/){	
		$flag = 4;
	}				
}
 
sub text_rtn {
 
	my ($text) = @_;
	$text =~ s/\n//g;
 
	if($flag == 1){				
		print "Le titre : $text \n";
	}
	if($flag == 2){
		print "Genes relatifs : $text \n";
	}
	if($flag == 3){
		print "Maladies relatives : $text \n";
	}
	if($flag == 4){
		print "Médicaments relatifs : $text \n";
	}				
}
 
sub end_rtn {
     my ($tag) = @_;
 
	if ($tag =~ /^\/title$/){
                $flag = 0;
	}
	if ($tag =~ /^\/a$/ && ($flag==2 ||$flag==3 || $flag==4)){
		$flag = 0;
	}
}
 
#start parsing
$parser->parse($PharmPage);
 
 
#end parser
$parser ->eof;

Mais dans ma console, on m'affiche :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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perl -Mdiagnostics Essai_2.pl Gene PA227
 
PA227
Gene
PA227 + Gene
http://www.pharmgkb.org/do/serve?objId=PA227&objCls=Gene

Je ne comprend pas pourquoi aucune informations ne s'affichent, en sachant que le parsage fonctionne avec une adresse URL fixe donné en paramètre !!!

**iblis** · 27/03/2008, 17h09

Bien sûr, ça ne peut pas aller : tu localises $URL et $PharmaPage dans tes if. Donc leur attribution ne vaut que dans le bloc et dans ton main ils n'ont pas de valeur.

Enlève les my dans tes if.

Tu peux aussi réécrire tes if plus joliment

Aarg...

et en plus tu n'utilise pas le pragma strict (ce qui t'aurait permis de voir le problème tout de suite, soit dit en passant)

**iblis** · 27/03/2008, 17h26

Tiens j'ai nettoyé un peu ton code (on peut faire mieux). Tu y verras peut être un peu plus clair.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
use strict; 
use warnings;
 
use HTML::Parser;
use LWP::Simple;
 
my $baseurl = 'http://www.pharmgkb.org/do/serve?objId=';
my $flag = 0;
 
 
die "usage: $0 role code\n"
    if @ARGV != 2;
 
my $role = $ARGV[0];
my $code = $ARGV[1];
 
print "$code\n";
print "$role\n";
 
 
die "not a valid a role\n"
    if $role ne ('Gene' || 'Drug' || 'Disease');
 
my $url = $baseurl.$code.'&objCls='.$role;
my $page = get($url);
 
 
#Parser
 
my $parser = HTML::Parser->new(start_h => [\&start_rtn,"tag, attr"],
                text_h => [\&text_rtn, "text"],
                end_h => [\&end_rtn, "tag"]
                );
 
sub start_rtn {
 
        my ($tag, $attr) = @_;
    if ($tag =~ /^title$/){
        $flag = 1;
    }
 
    if ($tag =~ /^a$/ 
        and defined $attr->{href}  
        and $attr->{href} =~ /^\/do\/serve\?objId=PA[0-9]+&objCls=Gene$/
    ){    
        $flag = 2;
    }
 
    if ($tag =~ /^a$/ and defined $attr->{href}  
        and $attr->{href} =~ /^\/do\/serve\?objId=PA[0-9]+&objCls=Disease$/
    ){    
        $flag = 3;
    }
 
    if ($tag =~ /^a$/ and defined $attr->{href}  
        and $attr->{href} =~ /^\/do\/serve\?objId=PA[0-9]+&objCls=Drug$/
    ){    
        $flag = 4;
    }                
}
 
sub text_rtn {
 
    my ($text) = @_;
    $text =~ s/\n//g;
 
    if($flag == 1){                
        print "Le titre : $text \n";
    }
    if($flag == 2){
        print "Genes relatifs : $text \n";
    }
    if($flag == 3){
        print "Maladies relatives : $text \n";
    }
    if($flag == 4){
        print "Médicaments relatifs : $text \n";
    }                
}
 
sub end_rtn {
     my ($tag) = @_;
 
    if ($tag =~ /^\/title$/){
                $flag = 0;
    }
    if ($tag =~ /^\/a$/ && ($flag==2 || $flag==3 || $flag==4)){
        $flag = 0;
    }
}
 
#start parsing
$parser->parse($page);
 
#end parser
$parser ->eof;

**stansoad0108** · 28/03/2008, 09h41

OUAAA !!!

Parfait cela marche dans tes 2 cas !!!

Je te remercie beaucoup pour toutes tes aides

Problème de parsage

Modules Perl

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