Discussion :

[Moo_Rab]

Bonjour,
stagiaire en bioinfo, je suis en fin de stage, et je n'arrive pas à réaliser un tri à premier coup d'oeui simple.
Il s'agit de trouvér le nombre de fois où un acide aminé est concervé sur un site d'un organisme à l'autre.
Plus clairement, je possède un tableau contenant les acides aminés d'un même site chez plusieurs organismes.
@tabaain = ("A" "T" "T" "-" "M"); par exemple
Il faut que j'arrive à trouver le nombre correspondant au acide aminé le plus représenté (ici "T")
Avec un simple sort, je ne m'en sortirais pas, et je ne vois pas comment faire sans utiliser une vigtaine de compteurs (pour chaque acide aminé) mais j'aurais préféré éviter cette solution...
Si je me suis mal exprimée, reposez moi des questions
Merci d'avance

[Jasmine80]

Tu peux utiliser un tableau dont la clé est l'AA et la valeur son compte :
Dois-tu compter les gaps?

Code :

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#!/usr/bin/env perl
 
use strict;
use warnings;
use List::Util qw(max);
 
 
my @tabaain = ("A", "T", "T", "-", "M"); 
 
# clé : aa     valeur : compte
my %aa_tab;
 
map{$aa_tab{$_}++} @tabaain;
 
# recherche du compte maximal
my $aa_max = max (values(%aa_tab));
 
# recherche du/des aa correspondant(s)
while (my ($aa, $count) = each %aa_tab){
	if ($count == $aa_max){
		print "$aa $count\n";
	}
}

[Jasmine80]

Je ne travaille pas sur des protéines, je n'ai jamais testé ce module mais il compte le nombre de chaque AA de protéines d'un fichier d'entrée:
aacomp - amino acid composition of protein sequences

Enfin, si c'est pour un stage, tu dois peut-être tout coder toi même.