Discussion :

[Jasmine80]

Bonjour,

J'aimerais récupérer mes séquences contenues dans des fichiers textes.

Consensusc GCGSGCMTAAYGCATGCAAGTTTGGACGGGGCCC DNA

Consensus  GGCGAGGGTCTCTTT DNA

Consensus! GCGTRMTWARGGGCYAAYASWT DNA

Je ne connais pas les caractères ,  et
, qu'est-ce?

J'aimerais une expression régulière simple du genre

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
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5
                if ($Ligne =~ /Consensus.*[]\s*(\w*)\s*DNA/)
                {
                         my $Concensus = $1;
                         print $Concensus."\n";
                }

mais cela ne fonctionne pas.

Je réussis seulement à récupérer mes séquences en faisant :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
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7
                if ($Ligne =~ /Consensus[c !]*(.*)DNA/)
                {
                        my $Concensus = $1;
                        $Concensus =~ s///;
                        $Concensus =~ s///;
                        print $Concensus."\n";
                }

Avez-vous une idée?


Merci,

Jasmine,

[Antoun]

Tes caractères sont les 3, 4 et 1, donc des choses qui ne devraient jamais être utilisées...

Qu'est-ce que veut dire [] pour toi ?

[iblis]

(tes caractères spéciaux n'apparaissent pas dans la fenêtre du forum).

Mets use Encoding "utf8"; en tête de ton script et vérifie l'encodage du fichier (celui qui contient le scirpt, s'entend), réencode le en UTF-8, s'il le faut.

[Jasmine80]

Recoucou,


C'est étrange que cela ne passe pas sur le forum car de mon PC je vois bien les caractères apparaître.

Voila j'ai rajouté

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
use strict;
use warnings;
use Encoding "utf8";

Que dois-je vrérifier dans l'encodage? Que signifie réencoder en UTF-8?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

[c !]

signifie un c ou un espace ou un point d'exclamation mais je dois mettre

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

[c \!]

Merci pour votre aide,

Jasmine,

[Jasmine80]

Bonjour,

J'aimerais récupérer mes séquences contenues dans des fichiers textes.


J'aimerais une expression régulière simple du genre


mais cela ne fonctionne pas.

Je réussis seulement à récupérer mes séquences en faisant :



Avez-vous une idée?


Merci,

Jasmine,

[Antoun]

Tu dois pouvoir utiliser [[:cntrl:]] pour reconnaître tes caractères spéciaux.

[Jasmine80]

Bonjour,

Merci pour votre aide.

J'ai essayé avec [[:cntrl:]] mais je ne comprends pas vraiment ce que c'est. dans http://perldoc.perl.org/perlreref.html il est dit que c'est pour le caractère contrôle. Quel est le lien entre le caractère contrôle et les caractères spéciaux?

cntrl IsCntrl Control characters

Je me demande aussi pour l'écriture [[: :]], à quoi cela sert-il? On donne en exemple pour les chiffres. Les crochets permettent-ils à dire que l'on veut trouver dans l'expression régulière?

POSIX traditional Unicode
[:digit:] \d \p{IsDigit}

J'ai essayé sans succès :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

/[[:cntrl:]]\s*(\w*)[[:cntrl:]]\s*DNA/

Je suis sous Window XP et j'ai lu :

Bien qu'il soit principalement implémenté sur des systèmes de type UNIX, le standard POSIX peut être utilisé par n'importe quel autre système d'exploitation. Par exemple, Microsoft Windows NT est conforme à POSIX.1, ce qui est suffisant pour des programmes POSIX relativement simples. Cependant, des programmes plus complexes ont besoin d'une compatibilité plus grande. Des logiciels supplémentaires tels que Windows Services for UNIX ou Cygwin peuvent apporter à Windows ce niveau de compatibilité.

Merci beaucoup,



Jasmine,