Discussion :

[ctobini]

Bonjour,

J'ai créé une base sous MySQL 5.0 dans laquelle j'utilise des tables InnoDB, j'utilise beaucoup les contraintes de clés étrangères.

La base contient des séquence nucléotidiques, avec donc des motifs répétés avec les seules caractères A, T, G, C et N.

J'ai créé une table temporaire MyISAM avec un index FULLTEXT afin de faire des comparaisons de séquences, mais ces comparaisons doivent avoir un match exact.

Exemple :

Si je cherche 'ATGC', je souhaite retrouver exactement l'identifiant de la séquence 'ATGC' et pas 'ATGCNATGC' et tout ce qui contient 'ATGC'.

Mon idée est de faire une comparaison selon le motif et la taille des séquences, à moins que vous connaissiez un moyen d'avoir le match exact.

Pourriez-vous m'éclairer là-dessus ?

En vous remerciant,

C. Tobini

[berceker united]

Bonjour,
Peut être que j'ai pas très bien compris votre problème, mais vous voulez une correspondance exacte pour la séquence que vous cherchez.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

SELECT * FROM maTable WHERE sequence = 'ATGC'

Cette requête vous retournera cette séquence exacte, vous pouvez aussi garder cette table au format InnoDb.

[ctobini]

Bonjour et merci de la réponse,

Oui, ma question ne semble pas claire, parce que j'avais mal compris le fonctionnement de FULL TEXT

En fait mon problème est le suivant: j'ai des chaînes de caractères très longues (jusqu'à 13 000 caractères) entre 2 tables. Je souhaite retrouver des éléments d'une des tables en comparant les chaînes de caractères, mais une indexation est impossible avec des séquences aussi longues.

Je me suis donc intéressé à ce qu'on peut faire avec une méthode FULL TEXT, qui n'est utilisable qu'avec des tables MyISAM. Je pensais que la recherche était de type regex, ce qui n'est pas le cas. Je pensais par exemple qu'en cherchant en FULL TEXT 'HELLO' dans 'abcHELLOcdeHELLO', 'HELLO' allait être trouvé 2 fois, ce qui n'est pas le cas (il faut un séparateur).

Quoi qu'il en soit, la limitation de taille de caractère maximum (variable ft_max_word_len) est plate-forme dépendante, et je ne peux pas comparer plus de 84 caractères avec mon OS, donc ça tombe à l'eau

Quoi qu'il en soit vous avez raison, je devrais faire un simple WHERE mot = mot. J'ai utilisé comme biais de rajouter une colonne avec un MD5(ma_sequence) sur lequel je peux faire une comparaison tout en ayant une chaîne de caractères indexée.

Merci encore et bonne journée,

C. Tobini

[xdoreau]

Bonjour,

Si vous utilisez la recherche full text il me semble que vous pouvez placez votre terme recherché entre guillemets double "ATGC" il vous sera alors retourné que la ou les lignes ne contenant que ce terme.

voir ici pour les booléens de recherche http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/...t-boolean.html

[ctobini]

Oui, merci de la réponse, je pensais que le comportement était de style regex, mais ce n'est pas du tout le cas

Bonne journée,

C. Tobini