Discussion :

[anne-so]

Bonjour,

Je fais de la recherche de motifs dans des genomes bacterien et mon maitre de stage veut un output qui ressemble a ca (dans le cas ou plusieurs motifs sont reconnus):

Bacterie [gi_number|protein] : motif1 (position1) <- position2-position1 -> motif2 (position2) etc

jai un probleme avec la difference de position: elle est negative des fois... ce qui n'est pas tres normal....
jutilise le code suivant:

Code :

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[color=green]
	#found FASTA header
	if ($char eq ">") {
	    #see if this is not the first fasta file
	    if (length($cur_header) > 0) {
 
                #get the results
		@pos_TGIKV = findTGIKV($complete_sequence);
		@pos_PADVL = findPADVL($complete_sequence);
		@pos_YY = findYY($complete_sequence);
		@pos_WalkerA = findWalkerA($complete_sequence);
 
                #get the header
		$cur_header = splitHeader($cur_header) ;
 
		%motifs_found = ( "TGIKV" => $pos_TGIKV[0],
				     "PADVL" => $pos_PADVL[0],
				     "YY"    => $pos_YY[0], 
				   );
		@motifs_sorted_names = qw();
		@motifs_sorted_locations = qw();
		$key = "";	
 
		foreach $key (sort { $motifs_found{$a} cmp $motifs_found{$b} } keys(%motifs_found)) {
			if ($motifs_found{$key} > 0) {
   				push(@motifs_sorted_names,$key);
				push(@motifs_sorted_locations,$motifs_found{$key});
			}
		}
		for (my $i = 0;$i<@motifs_sorted_names;$i++) {
 
			if (@motifs_sorted_names == 1) { #the sequence analyzed contains only 1 pattern 
                                                         #(ie TGIKV or PADVL or YY) 
				$header2 = $header2 . $motifs_sorted_names[$i] . " " . $motifs_sorted_locations[$i] . " ";
			}
 
			elsif ($i == @motifs_sorted_names - 1) { #the sequence analyzed contains 2 of the 3 patterns 
                                                                 #(ie TGIKV-PADVL, TGIKV-YY, PADVL-YY, etc)
				$header2 = $header2 . $motifs_sorted_names[$i] . "(pos = ".$motifs_sorted_locations[$i] . ")";
			}
 
			else { #the sequence analyzed contains more than 2 patterns 
                               #(ie: the 3 patterns, or many occurences of the same patterns, etc) 
				my $diff = int($motifs_sorted_locations[$i+1]) - int($motifs_sorted_locations[$i]);
				$header2 = $header2 . $motifs_sorted_names[$i] . " (pos = " .$motifs_sorted_locations[$i] . ") <- " . $diff . " -> ";
			}
		}
 
		print " --> ";
		print $header2;
		print "\n";
 
 
	        if (@pos_WalkerA > 0) {
			$cur_header = $cur_header . " WalkerA";
			for (my $i = 0;$i<@pos_WalkerA;$i++) {
			    $cur_header = $cur_header . " $pos_WalkerA[$i]";
			}
		}
 	    print "$cur_header\t";	
	}

[/color]

je pense que le probleme vient du fait que jutilise un hash pour stocker les resultats de la recherche de motif et un array pour la position, et le nom. ce qui fait que des fois la position du hash et celle du array sont differentes et aussi il peut y avoir des problemes de concordance...
enfin je dis ca mais jen suis pas certaine.
tout ca pour dire que je sais pas comment resoudre ce probleme!

[nematoad]

Tu peux nous filer une ligne de données pas trop longue qui montre les positions négatives ? Enfin, quelque chose qui permet de constater le problème ?

N