Bonjour,

J'ai un problème et je ne sais pas comment le résoudre d'une façon simple.
J'ai une séquence et j'y recherche un motif mais j'accepte que dans ce motif il y ait quelques lettres de différence.
Y a-t'il plus simple que de tester tous les motifs possibles par des expressions régulières?

Par exemple :
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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my $Seq = "GCCAGCAGGATCTGGTGGACTACTCGCCGGTCAGCGAAAAACACCTTGCCGACGGCATGACGGTCGGCGA";
my $Amorce "GGTGGACTACTCGCC";
# recherche avec 2 mismatch
/..TGGACTACTCGCC/
/G..GGACTACTCGCC/
/GG..GACTACTCGCC/
# mais aussi
/.GT.GGACTACTCGCC/
/.GT.GACTACTCGCC/
/.GTG.ACTACTCGCC/
Je pourrais également faire glisser une fenêtre de la taille de mon motif sur la séquence et calculer un score entre celle-ci et le vrai motif.

Quelles serait la meilleure approche?

Merci,

Jasmine,