Discussion :

[glups]

Bonjour,
J'espère que je poste au bon endroit.
Je viens de commencer à utiliser imageJ et j'ai l'impression qu'avec je pourrais étudier mes image MEB de façon vraiment interessante. Malheureusement, je n'ai pour l'instant rien obtenu d'interessant car je pense que je n'utilise pas bien toutes les fonctions à disposition.
Mon image est celle d'un film constitué de nombreuses particules de toutes tailles. Et je voudrais faire une étude granulométrique. J'ai téléchargé des filtres et des plugins granulométrie mais je n'ai rien obtenu de vraiment concluant.
Pourriez-vous me dire comment vous vous y prendriez ? ET si vous connaissez des plugins vraiment performant pour les images comme les miennes ?
Je vous remercie.

[ToTo13]

Bonjour,

oula, eurf, ... et tout ce qui av avec

C'est pas l'image la plus simple à analyser que j'ai rencontré, je dirai même que c'est super difficile.

Est ce que tu pourrais nous expliquer EXACTEMENT ce que tu souhaites analyser et dans quel but. Ca nous aidera à mieux t'orienter.

Voilà toutefois quelques idées en attendant :
- Etant donné la tête de ton image, j'aurai tendance à proposer une segmentation par bassins versant (watershed), cela devrait permettre d'isoler chaque particule un peu régulière.
- Ue fois que tu as isolé tes particules, tu peux essayer d'utiliser les Haralick Features pour décrire tes morceaux de textures.
- Sinon la granulométrie proposée dans ImageJ ne me semble pas super performante, tu trouveras sans doute mieux dans Matlab.
- Cela ressemble très nettement à un environement fractal, je n'y connais rien de particulier sur le sujet, mais tu peux toujours faire un peu de bibliographie.

[glups]

(oui je m'exprime beaucoup par onomatopée)

Merci de répondre aussi rapidement !

En fait cette image represente un film constitué de particules de différentes tailles car certaines se sont déposées directement sur la surface et d'autres ont continué leurs croissance et se sont agglomerées pendant le traitement.
J'ai beaucoup d'image de ce type, car j'ai obtenu ces dépôts dans différentes conditions et j'aimerais maintenant les valoriser au mieux et en tirer toutes les informations possibles. Je pensais donc avec un traitement d'image, réussir à déterminer les différentes tailles de particules agglomérées et leurs quantités respectives. J'ai aussi pensé qu'on pouvait déterminer la porosité du film, la proportion d'espace vide etc...
Avez-vous des idées ?
En attendant je vais essayer la solution que vous proposez.
Merci

[ToTo13]

Bonjour,

effectivement, j'aurai tendance à confirmer ce que j'ai dit :
- Soit trouver une meilleure granulométrie que celle d'ImageJ, voire l'améliorer soit même.
- Soit faire une segmentation par watershed (cela me semble très bien ici) avec au préalable un petit filtre moyenne et un gradient, puis une étude des textures avec les Haralick Features.

Dans le cas de la deuxième solution, il faudrait utiliser un logiciel de fouilles de données (data mining) pour se simplifier la vie (pour ma part, j'utilise JMP).

[glups]

J'ai un peu de mal à appliquer la deuxième solution. Lorsque j'utilise le filtre mean, ça me faits des petits points de toutes les couleurs.. Et le watershed me dit qu'il faut une image 8-bit. Pourtant il y a bien écrit 8 bit sur mon image...

Si vous deviez utiliser un autre logiciel, vous prendriez quoi pour cette image ?

Et je n'ai pas bien compris l'utilisation de jmp pour les données....

Merci encore de prendre le temps de me répondre.

[pseudocode]

Ca va etre dur de trouver un filtre "standard" spécialement adapté a ton cas.

Pour ma part, je commencerai par simplifier l'image par exemple avec un filtre type "Lipschitz" (il est dispo pour ImageJ).

Ensuite pour compter le bre de particules, je compterai les maximum locaux. Pour connaitre leurs rayons, je chercherai les minimum locaux proche des maximum locaux. (dans ces 2 cas, il faut coder soi-meme le filtre)

[glups]

Bonjour Pseudocode,
J'ai ajouté le plugin lipschitz et c'ets vrai que mon image est plus simple.
Par contre je ne vois pas bien comment faire la suite : compter les maxima locaux...
Parce que coder moi même un filtre j'aimerais bien mais je débute un peu, même si j'ai déjà fait du matlab ou scilab, je ne suis pas experte.

[pseudocode]

Parce que coder moi même un filtre j'aimerais bien mais je débute un peu, même si j'ai déjà fait du matlab ou scilab, je ne suis pas experte.

Ah... ca va pas etre facile alors car il te faudra commencer par apprendre Java, puis apprendre a utiliser les API de ImageJ.

[ToTo13]

Bonjour,

J'ai un peu de mal à appliquer la deuxième solution. Lorsque j'utilise le filtre mean, ça me faits des petits points de toutes les couleurs.. Et le watershed me dit qu'il faut une image 8-bit. Pourtant il y a bien écrit 8 bit sur mon image...

tu as la possibilité de convertir tes images dans le format que tu souhaites : Image/Type/...
En revanche, le filtre moyenne (Mean) doit "flouter" ton image et non pas faire ressortir des points.

Si vous deviez utiliser un autre logiciel, vous prendriez quoi pour cette image ?

L'avantage de ImageJ, c'est qu'il est OpenSource et que beaucoup de personnes contribuent à son développement On a donc la facilité de trouver des algorithmes que l'on ne connait pas... Il y a une sorte de mélange de compétence.
Tu peux regarder du coté de ITK/VTK, mais je pense que c'est moins complet , plus difficile à utiliser et pas forcément très portable (Java Power ).
Le mieux restant encore les inombrables bibliothèques, fonctions et autres plugins de MatLab.

Et je n'ai pas bien compris l'utilisation de jmp pour les données....

JMP est actuellement un des meilleurs (peut être le meilleur) soft de fouille de données. Il te permettra de manipuler tes différentes données pour tes images.
Pourquoi est ce utile : admettons que tu aies dix images (petit nombre) et que tu utilises les Haralick features comme je te le conseille, tu as 15 caractéristiques. Cela te fera 15 valeurs par individu (ici tes images) et donc 150 valeurs au total.
Un programme de gestion des données est très bien dans ces cas là.

Bonne continuation...

[glups]

Merci pour tous ces conseils.

J'ai reéssayé avec une image un peu plus simple que je vous mets en piece jointe.
Mais je n'obtiens toujours pas quelques choses de satisfaisant . Pourriez vous jeter un coup d'oeil pour me dire quelle démarche vous feriez.
J'obtiens au final 332 particules. Mais certaines ont des formes vraiment bizarre. J'aimerais prendre en compte le fait que certaines particules sont en fait 2 particules rondes collées...

[ToTo13]

Bonjour,

J'aimerais prendre en compte le fait que certaines particules sont en fait 2 particules rondes collées...

Pour cela, il te faudrait utiliser un algorithme de segmentation qui isole les composantes, puis ensuite analyse chaque composante afin de déterminer s'il s'agit de composantes collées. Pour cela je sais que la méthode des watershed permet d'avoir des bons résultats sur le sujet.