Discussion :

[wonderyan]

Bonjour,

je sature apres avoir trouvé un formidable bug.

J'ai un struct, disons :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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typedef struct {
char string1[3];
char string2[3];
} enzyme;

Plus loins mon code je crée un tableau d'enzymes (avec malloc). Disons enzymes.
Plus loins dans mon code, j'affecte des caractères à chacuns de mes strings (un par un) de chacuns des éléments enzyme de mon tableau enzymes.
Je termine par un '\0' à la 3ème position. Normal.
Ce qui est moin normal c'est que mes string1 commencent sytématiquement par un \0.
En cherchant j'ai découvert que les 2 strings étaient contigues en mémoire !!! (normal me dira un habitué...). Du coup le '\0' de string2 correspond à l'index 0 de string1.

J'en conclu ma bêtise et qu'il faut donc que je fasse un malloc (voire calloc) à la création de mes struct mais je vois pas comment faire dans cette ligne :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

enzymes = (enzyme*) malloc (enzyme_numb*sizeof(enzyme));

J'ai une limitation de mon cerveau.
J'aurais voulu faire :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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typedef struct {
char* string1 = calloc(3*sizeof(char);
char* string2 = calloc(3*sizeof(char);
} enzyme;

Pouvez-vous m'éclairer!!

Merci d'avance, yann

[Médinoc]

Ben non, pas d'allocation dynamique supplémentaire nécessaire, c'est normal que tes strings soient contigües.

Par contre, qu'appelles-tu exactement "à la 3ème position" ? (montre le code)

[Gruik]

Salut,

Je pense pas que ce soit une obligation du compilateur de rendre les 2 chaines contigues en mémoire. Je pense que dans une logique portable, on ne devrait pas se baser dessus.

[Médinoc]

Gruik: Mais là, wonderyan n'utilise pas le fait que les chaînes soit contigües, il en souffre.
Probablement parce qu'il déborde de string2 en écrivant son \0 à la 4e place au lieu de la 3e...

[Médinoc]

(post croisé)
Bingo!
string2[3] ne correspond pas au 3e caractère, mais au 4e.
En C, les tableaux commencent à zéro, pas à 1...

[Gruik]

Oki, bein, il faut que tu te premunisse des depassements de tableau.. avec strncpy par exemple (sans oublier de rajouter le \0), ou avec snprintf(C99).
Utiliser des constantes symboliques indiquant la longueur max des chaines qu'on peut mettre dans ces tableaux peut être une bonne idée

[wonderyan]

Trop dure vraiment de montrer le code, j'ai vraiment essayé de simplifier au max.

Disons que string2[3] est au même endroit de la mémoire que string1[0].
Du coup string2[4] == string1[1] !!
Ce pour chaque enzymes[i] ( par exemple enzymes[2].string2[4] == enzymes[2].string1[1] )

Je dois partir manger je reprend dans 45 minutes.

Merci Médinoc !

[wonderyan]

EDIT : j'avais pas vu vos nouveaux messages du coup je refait ce message.

Je souffre effectivment de cette contiguité !!
Mais Médinoc je ne comprend pas pourquoi tu me dits que ça commence à 0. Je le sais.
Et comme je veux que ma chaine se termine au 4eme index, je met mon '\0' là ???

[Médinoc]

trinucl_sens[3]='\0';
trinucl_anti[3]='\0';

j'ai déjà répondu...

[wonderyan]

Ca se passe dans cette fonction

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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int get_trinucls(char* sequence, int position_start, int position_end, char* trinucl_sens, char* trinucl_anti, int cut_rank) {
	int j;
	char base_anti, base_sens;
	for (j=0; j<3; j++) {
		base_anti = sequence[position_end-cut_rank-j-1];
		base_sens = sequence[position_start+j+(ENZYME_LEN-cut_rank)-1];
		if( (base_anti == 'a' || base_anti == 'c' || base_anti == 'g' || base_anti == 't') && (base_sens == 'a' || base_sens == 'c' || base_sens == 'g' || base_sens == 't') ) {
			trinucl_sens[j] = base_sens;
// 			if (j == 0) printf("%c", trinucl_sens[j]);
			switch (base_anti) {
				case 'a' : base_anti = 't'; break;
				case 'c' : base_anti = 'g'; break;
				case 'g' : base_anti = 'c'; break;
				case 't' : base_anti = 'a'; break;
			}
			trinucl_anti[j] = base_anti;
		}
		else {
			return 0;
		}
	}
	trinucl_sens[3]='\0';
	trinucl_anti[3]='\0';
// 	printf("\n");
//      et là j'ai exactement les memes caractères !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
	printf("%c\t%c\n", trinucl_anti[4], trinucl_sens[1]);
// 	printf("%s\t%u\t%s\t%u\t%s\n", psub->name, position_start, trinucl_sens, position_end, trinucl_anti);
	return 1;
}