Discussion :

[wonderyan]

Bonjour,

je sature apres avoir trouvé un formidable bug.

J'ai un struct, disons :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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typedef struct {
char string1[3];
char string2[3];
} enzyme;

Plus loins mon code je crée un tableau d'enzymes (avec malloc). Disons enzymes.
Plus loins dans mon code, j'affecte des caractères à chacuns de mes strings (un par un) de chacuns des éléments enzyme de mon tableau enzymes.
Je termine par un '\0' à la 3ème position. Normal.
Ce qui est moin normal c'est que mes string1 commencent sytématiquement par un \0.
En cherchant j'ai découvert que les 2 strings étaient contigues en mémoire !!! (normal me dira un habitué...). Du coup le '\0' de string2 correspond à l'index 0 de string1.

J'en conclu ma bêtise et qu'il faut donc que je fasse un malloc (voire calloc) à la création de mes struct mais je vois pas comment faire dans cette ligne :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

enzymes = (enzyme*) malloc (enzyme_numb*sizeof(enzyme));

J'ai une limitation de mon cerveau.
J'aurais voulu faire :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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typedef struct {
char* string1 = calloc(3*sizeof(char);
char* string2 = calloc(3*sizeof(char);
} enzyme;

Pouvez-vous m'éclairer!!

Merci d'avance, yann

[Médinoc]

Ben non, pas d'allocation dynamique supplémentaire nécessaire, c'est normal que tes strings soient contigües.

Par contre, qu'appelles-tu exactement "à la 3ème position" ? (montre le code)

[Gruik]

Salut,

Je pense pas que ce soit une obligation du compilateur de rendre les 2 chaines contigues en mémoire. Je pense que dans une logique portable, on ne devrait pas se baser dessus.

[wonderyan]

Trop dure vraiment de montrer le code, j'ai vraiment essayé de simplifier au max.

Disons que string2[3] est au même endroit de la mémoire que string1[0].
Du coup string2[4] == string1[1] !!
Ce pour chaque enzymes[i] ( par exemple enzymes[2].string2[4] == enzymes[2].string1[1] )

Je dois partir manger je reprend dans 45 minutes.

Merci Médinoc !

[Médinoc]

Gruik: Mais là, wonderyan n'utilise pas le fait que les chaînes soit contigües, il en souffre.
Probablement parce qu'il déborde de string2 en écrivant son \0 à la 4e place au lieu de la 3e...

[Médinoc]

(post croisé)
Bingo!
string2[3] ne correspond pas au 3e caractère, mais au 4e.
En C, les tableaux commencent à zéro, pas à 1...

[Gruik]

Oki, bein, il faut que tu te premunisse des depassements de tableau.. avec strncpy par exemple (sans oublier de rajouter le \0), ou avec snprintf(C99).
Utiliser des constantes symboliques indiquant la longueur max des chaines qu'on peut mettre dans ces tableaux peut être une bonne idée

[wonderyan]

EDIT : j'avais pas vu vos nouveaux messages du coup je refait ce message.

Je souffre effectivment de cette contiguité !!
Mais Médinoc je ne comprend pas pourquoi tu me dits que ça commence à 0. Je le sais.
Et comme je veux que ma chaine se termine au 4eme index, je met mon '\0' là ???

[Médinoc]

trinucl_sens[3]='\0';
trinucl_anti[3]='\0';

j'ai déjà répondu...

[wonderyan]

Ca se passe dans cette fonction

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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int get_trinucls(char* sequence, int position_start, int position_end, char* trinucl_sens, char* trinucl_anti, int cut_rank) {
	int j;
	char base_anti, base_sens;
	for (j=0; j<3; j++) {
		base_anti = sequence[position_end-cut_rank-j-1];
		base_sens = sequence[position_start+j+(ENZYME_LEN-cut_rank)-1];
		if( (base_anti == 'a' || base_anti == 'c' || base_anti == 'g' || base_anti == 't') && (base_sens == 'a' || base_sens == 'c' || base_sens == 'g' || base_sens == 't') ) {
			trinucl_sens[j] = base_sens;
// 			if (j == 0) printf("%c", trinucl_sens[j]);
			switch (base_anti) {
				case 'a' : base_anti = 't'; break;
				case 'c' : base_anti = 'g'; break;
				case 'g' : base_anti = 'c'; break;
				case 't' : base_anti = 'a'; break;
			}
			trinucl_anti[j] = base_anti;
		}
		else {
			return 0;
		}
	}
	trinucl_sens[3]='\0';
	trinucl_anti[3]='\0';
// 	printf("\n");
//      et là j'ai exactement les memes caractères !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
	printf("%c\t%c\n", trinucl_anti[4], trinucl_sens[1]);
// 	printf("%s\t%u\t%s\t%u\t%s\n", psub->name, position_start, trinucl_sens, position_end, trinucl_anti);
	return 1;
}

[Médinoc]

Lis-tu mes posts ??

[wonderyan]

oui oui je les lis mais je ne comprends pas!!

Un exemple

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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string1[0] = 'y';
string1[1] = 'a';
string1[2] = 'n';
string1[3] = '\0';
printf("%s", string1);
 
==>> retourne : "yan" ????

On est d'accord ??

[dapounet]

Si tu veux utiliser quatre caractères pour chaque chaîne tu déclares

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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typedef struct
{
   char string1[4];
   char string2[4];
} enzyme;

Et c'est bon.

[wonderyan]

Hum sinon je vais tester d'appeller des string dans ma struct non pas de 3 mais 4 charactères

Soit :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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typedef struct {
char string1[4];
char string2[4];
} enzyme;

et controler moi meme leur tailel grace au '\0' ???

J teste et vous dit mais j'imagine qu'il y a plus propre. Et puis ça serait cool de capter ce qui se passe.

[wonderyan]

Whoua j suis désolé c'est qui je coupais la parole à tout le monde .

En fait je crois qu'il faut que l'on me précise un fondamental à côté duquel je suis passé;

J'appel une chaine comme ça : char string[3]
-> ça me réserve 4 "cases" dans la mémoire vive ???
Et la 4ème on s'en sert pour mettre le caractère null qui termine une chaine c'est ça??

Donc si je créé une chaine string[4] je vais avoir 5 cases dont une pour terminer?
C'est bisare il ne m'en faut que 3 (donc de l'index 0 à 2) mais avec 4 j'aurais pas ce bug......

Qu'est ce que c'est chaud le C quand meme... on remet tout en question .....

[deltree]

C'est difficile les débuts oui
effectivement, il faut bien relire les posts de Médinoc qui donne la solution: en faisant simple:

char string1[4];// réserve 4 caractères. (et pas 5 ni 3)
\0 prend un caractère.
tu as le droit d'écrire
string1[0]='a';
string1[1]='a';
string1[2]='a';
string1[3]='\0';

tu ne doit pas affecter de valeur à string1[4]: sinon c'est un dépassement mémoire.

La fonction strcpy citée plus haut permet déjà de s'arrêter automatiquement au \0.

edit et corrections: je voulais parler de Médinoc, je m'ai gourré.

[wonderyan]

Oui ca marche mais ca m'embrouille aussi.
Bon bah si quequ'un un jour à la meme galère si ça pourra lui servire.

Dans 15 minutes je tag ce post comme résolut mais pas tout à fait à mon gout.

Je vous remercie tous très fort pour votre dévouement.
Bonne journée,

yan

[wonderyan]

Ok bah c'est bon c'est ultra résolut.

Je suis réellement passé à coté d'un fondamental!...

Merci les gars

[Thierry Chappuis]

Whoua j suis désolé c'est qui je coupais la parole à tout le monde .

En fait je crois qu'il faut que l'on me précise un fondamental à côté duquel je suis passé;

J'appel une chaine comme ça : char string[3]
-> ça me réserve 4 "cases" dans la mémoire vive ???
Et la 4ème on s'en sert pour mettre le caractère null qui termine une chaine c'est ça??

Donc si je créé une chaine string[4] je vais avoir 5 cases dont une pour terminer?
C'est bisare il ne m'en faut que 3 (donc de l'index 0 à 2) mais avec 4 j'aurais pas ce bug......

Qu'est ce que c'est chaud le C quand meme... on remet tout en question .....

Non, la définition suivante:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

char message[6]

;
reserve l'espace pour 6 caractères sur la pile. On peut initialiser un tel tableau de caractères lors de la définition de la manière suivante:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

char message[6] = "Salut";

qui est strictement équivalent à:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

char message[6] = {'S', 'a', 'l', 'u', 't', '\0'};

C'est au programmeur de prévoir l'espace nécessaire pour le caractère nul de terminaison de chaines. Mais ça, si tu avais lu les posts de Médinoc...

Thierry

[wonderyan]

Mais oui je suis désolé Médinoc je ne pouvais pas comprendre parceque ton exemple je le comprennais comme j'ai toujour cru comprendre.
Désolé