Discussion :

[coolzy]

Bonjour,

j'ai une séquence d'images IRM dans le temps, et j'étudie les courbes d'intensité de chaque pixel pour effectuer certains calculs. Mais avant de faire ces calculs, ces courbes doivent être approximées avec l'équation d'une courbe gamma de la forme:

C(t) = K.t^alpha.exp(-t/beta)

Avec C(t) l'intensité lumineuse du pixel au temps t.

Je dois donc à partir des valeurs de mon pixel, trouver les trois paramètres K, alpha et beta pour faire coller cette courbe à cette equation.
J'utilise donc nlinfit, je l'avais deja utilisé pour une autre équation et cela marchait bien, mais ici j'ai sans arrêt l'erreur suivante:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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??? Error using ==> nlinfit>checkFunVals at 356
MODELFUN has returned Inf or NaN values.
 
Error in ==> nlinfit>LMfit at 305
    if funValCheck && ~isfinite(sse), checkFunVals(r); end
 
Error in ==> nlinfit at 168
    [beta,J,lsiter,cause] = LMfit(X,y, model,beta,options,verbose,maxiter);
 
Error in ==> project>buttonperfusion_Callback at 3226
            [BETAt] = nlinfit(timeline(1:tr-t0+1)',C_t(i,1:tr-t0+1)',@gamma_fit, BETA0);
 
Error in ==> gui_mainfcn at 95
        feval(varargin{:});
 
Error in ==> project at 64
    gui_mainfcn(gui_State, varargin{:});
 
??? Error using ==> project('buttonperfusion_Callback',gcbo,[],guidata(gcbo))
Error using ==> nlinfit>checkFunVals at 356
MODELFUN has returned Inf or NaN values.
 
??? Error while evaluating uicontrol Callback

comment puis-je m'en sortir?

[Giansolo]

Salut,

Même problème ici sous Octave, avec la fonction leasqr (fonctions identiques ou très proches sans doute) et des retours NaN...
Grrr...

[coolzy]

toujours pas de solution? J'aimerai juste gerer l'erreure, du style dire 'si nlinfit renvoie cette erreure, continuez sur les autres pixels comme si de rien n'etait', pour que la boucle ne soit pas interrompue.

[tug83]

Pour gerer cette erreur, vovii une idée:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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try
   do_something
catch
   do_cleanup
   rethrow(lasterror)
end

[coolzy]

ok oui j'utilisais deja un try, mais pas tres bien place, jvais arranger tout ca. merci!

[coolzy]

desolee mais je ne vois pas trop comment m'en sortir.
j'ai le code general:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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for i = 1:n
 
           try
               [BETA(:,i),R,J] = nlinfit(timeline, Cbis(i,:), @tofts_tissue_conc_func, BETA0);
                catch
                   rethrow(lasterror)    
                end
 
end

mais ca ne change pas grand chose. je ne sais pas comment lui dire: si il y a une erreure, tant pis mets BETA(:,i) a zero et continue la boucle.

[rostomus]

Salut,

j'ai pas essayé, mais je pense que ça sera de ce genre:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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for i = 1:n

           try
               [BETA(:,i),R,J] = nlinfit(timeline, Cbis(i,:), @tofts_tissue_conc_func, BETA0);
                catch
                   BETA(:,i)=zeros( ???, 1);
                end

end

biensur, tu dois modifier les ???.

[Jerome Briot]

Tu peux aussi, si tu connais la taille finale de BETA, préallouer cette matrice avec la fonction ZEROS. Comme ça, tu n'as même plus à te soucier du CATCH.

A voir dans la : Qu'est-ce que la préallocation de mémoire ?

Dans la solution de rostomus, je pense qu'il est possible de faire simplement :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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try
   [BETA(:,i),R,J] = nlinfit(timeline, Cbis(i,:), @tofts_tissue_conc_func, BETA0);
catch
   BETA(:,i)=0;
end

[coolzy]

Oui mon BETA est deja prealloue. jvais essaye tout ca merci.

[coolzy]

ca marche merci!