[Out of Memory] Problème

**matt67** · 18/06/2007, 16h52

Bonjour,

J'utilise un code qui doit me permettre de réaliser de l'interpolation 3D de données correspondantes à des déformations dans un volume. Le problème est que l'exécution rame à fond et que le programme bug avec l'erreur suivante apparaissant :

??? Out of memory. Type HELP MEMORY for your options.

Error in ==> repmat at 62
B = A(:, ones(siz(2), 1));

Error in ==> splncore at 97
offset = repmat(reshape(sub2ind(sizeg,ind{:}),4^d,1),1,n);

Error in ==> interp3>spline3 at 670
F = splncore(varargin([2 1 3]),varargin{4},varargin([6 5 7]));

Error in ==> interp3 at 226
vi = spline3(x,y,z,v,xi,yi,zi,ExtrapVal);

Error in ==> Correction_TRS_SAG at 73
dxn=interp3(xgrid,ygrid,zgrid,dxg,xinterp,yinterp,zinterp,'spline',0);

J'ai bien regardé les commandes save et clear et essayé de les appliquer mais rien à faire... Je vous laisse ci-dessous le code de mon programme, le fichier Correction_TRS_SAG.m :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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 clear all;
close all;
 
% Reconstruction 3D du volume de coupes axiales 
 
name1='MR.1.2.392.200036.9123.100.12.11.14250.20070612134013.90.'; 
name3='.dcm';
name=strcat(name1,int2str(16),name3);
Imainfo=dicominfo(name);
x0=Imainfo.ImagePositionPatient(1);
y0=Imainfo.ImagePositionPatient(2);
z0=Imainfo.ImagePositionPatient(3);
op=Imainfo.ImageOrientationPatient;
dimpix=Imainfo.PixelSpacing;
 
volume = zeros(256,256,31);
 
for cpt=16:46
 
    name=strcat(name1,int2str(cpt),name3);
    Imainfo=dicominfo(name);
    Ima = dicomread(Imainfo);
    volume(:,:,cpt-15)=Ima;
 
end
 
% Interpolation de la déformation
 
for i=1:256
    xn(i)=x0+(i-1)*dimpix(1)*op(1)+(i-1)*dimpix(2)*op(4);        % Récupération coord3D coupe coronale pour chaque pixel   
    yn(i)=y0+(i-1)*dimpix(1)*op(2)+(i-1)*dimpix(2)*op(5);
end
 
for i=1:31
    zn(i)=z0+5*(i-1);
end
[xng,yng,zng] = meshgrid(xn,yn,zn);
xnr=reshape(xng,length(xng(: )),1);
ynr=reshape(yng,length(yng(: )),1);
znr=reshape(zng,length(zng(: )),1);
Pinterpr=[xnr ynr znr];
 
 
load Correction3D;  % Chargement des données R2,q2,xgrille,ygrille,zgrille,dxg,dyg,dzg
 
Pinterpb=Pinterpr';
Q=zeros(size(Pinterpb));
    for i=1:size(Pinterpb,2)          %Calcul des points recalés                
        Q(:,i)=R2*Pinterpb(:,i)+q2(5:7);
    end
Q=Q';
 
xinterp=reshape(Q(:,1),256,256,31);
yinterp=reshape(Q(:,2),256,256,31);
zinterp=reshape(Q(:,3),256,256,31);
 
dxn=interp3(xgrid,ygrid,zgrid,dxg,xinterp,yinterp,zinterp,'spline',0);
dyn=interp3(xgrid,ygrid,zgrid,dyg,xinterp,yinterp,zinterp,'spline',0);
dzn=interp3(xgrid,ygrid,zgrid,dzg,xinterp,yinterp,zinterp,'spline',0);
 
xnd=xinterp+dxn;                                % Obtention des coord3D correspondantes dans image déformée
ynd=yinterp+dyn;
znd=zinterp+dzn;
 
volume2=double(volume);
Imac=interp3(xinterp,yinterp,zinterp,volume2,xnd(:,:,1),ynd(:,:,1),znd(:,:,1),'cubic');           % Obtention de l'intensité aux coord3D de la nouvelle image par interpolation sur image déformée
 
figure (1)
imshow(Imac,[],'notruesize');

Merci de votre aide !

**Jerome Briot** · 18/06/2007, 16h58

As-tu lu la

: Out of memory. Type HELP MEMORY for your options. ?

**matt67** · 18/06/2007, 17h02

Merci pour le lien je l'avais déjà lu, mais j'ai besoin de toutes mes variables actuellement utilisées, donc je ne peux pas les écraser... et je ne vois pas trop comment optimiser le code, donc si cela se résume à la puissance de l'ordi c'est vraiment limitant.

Merci de votre aide

**Caro-Line** · 18/06/2007, 22h17

Tu dois bien pouvoir faire un peu de ménage, il y a des variables qui ne sont pas utilisées par la suite.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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clear all;
close all;
 
% Reconstruction 3D du volume de coupes axiales 
 
name1='MR.1.2.392.200036.9123.100.12.11.14250.20070612134013.90.'; 
name3='.dcm';
name=strcat(name1,int2str(16),name3);
Imainfo=dicominfo(name);
x0=Imainfo.ImagePositionPatient(1);
y0=Imainfo.ImagePositionPatient(2);
z0=Imainfo.ImagePositionPatient(3);
op=Imainfo.ImageOrientationPatient;
dimpix=Imainfo.PixelSpacing;
 
volume = zeros(256,256,31);
 
for cpt=16:46
 
    name=strcat(name1,int2str(cpt),name3);
    Imainfo=dicominfo(name);
    Ima = dicomread(Imainfo);
    volume(:,:,cpt-15)=Ima;
 
end
 
%Suppression des varibales non utilisées :
clear Imainfo, Ima,name,name1,name3
 
% Interpolation de la déformation
 
for i=1:256
    xn(i)=x0+(i-1)*dimpix(1)*op(1)+(i-1)*dimpix(2)*op(4);        % Récupération coord3D coupe coronale pour chaque pixel   
    yn(i)=y0+(i-1)*dimpix(1)*op(2)+(i-1)*dimpix(2)*op(5);
end
 
for i=1:31
    zn(i)=z0+5*(i-1);
end
 
clear x0,y0,z,dimpix,op
 
[xng,yng,zng] = meshgrid(xn,yn,zn);
 
clear xn,yn,zn
 
%etc...

Après je ne dis pas que c'est ça qui va tout résoudre mais ça peut faire avancer.

En particulier après tes reshape, effacer tes matrice Q et Pinterb qui je suppose sont assez grandes

**matt67** · 19/06/2007, 10h29

Bonjour,

J'ai effectué des opérations clear dans mon code et supprimé dans mes matrices 3D les NaN afin que l'interpolation 3D ne plante pas, mais le programme est très long et il plante au bout de 30-50 sec avec le message d'erreur suivant :

??? Error using ==> horzcat
Out of memory. Type HELP MEMORY for your options.

Error in ==> pwch at 36
pc = mkpp(x,[reshape((dzdxdx-dzzdx)./dxd,dnm1,1) ...

Error in ==> spline at 96
pp = pwch(x,y,s,dx,divdif); pp.dim = sizey;

Error in ==> splncore>splint at 121
[ignored,coefs,l,k,d] = unmkpp(spline(x,y));

Error in ==> splncore at 62
values = splint(x{i},reshape(values,prod(nv(1:d-1)),nv(d))).';

Error in ==> interp3>spline3 at 670
F = splncore(varargin([2 1 3]),varargin{4},varargin([6 5 7]));

Error in ==> interp3 at 218
vi = spline3(x,y,z,v,xi,yi,zi);

Error in ==> Correction_TRS_SAG at 119
Imac=interp3(xinterp,yinterp,zinterp,volume,xnd(:,:,1),ynd(:,:,1),znd(:,:,1),'cubic'); % Obtention de l'intensité aux coord3D de la nouvelle image par interpolation sur image déformée

Voici le code que j'ai optimisé, mais toujours sans succès :

Code :

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clear all;
close all;
 
% Reconstruction 3D du volume de coupes axiales 
 
name1='MR.1.2.392.200036.9123.100.12.11.14250.20070612134013.90.'; 
name3='.dcm';
name=strcat(name1,int2str(16),name3);
Imainfo=dicominfo(name);
x0=Imainfo.ImagePositionPatient(1);
y0=Imainfo.ImagePositionPatient(2);
z0=Imainfo.ImagePositionPatient(3);
op=Imainfo.ImageOrientationPatient;
dimpix=Imainfo.PixelSpacing;
 
volume = zeros(256,256,31);
 
for cpt=16:46
 
    name=strcat(name1,int2str(cpt),name3);
    Imainfo=dicominfo(name);
    Ima = dicomread(Imainfo);
    volume(:,:,cpt-15)=Ima;
 
end
 
%Suppression des varibales non utilisées :
 
clear Imainfo Ima name name1 name3;
 
% Interpolation de la déformation
 
for i=1:256
    xn(i)=x0+(i-1)*dimpix(1)*op(1)+(i-1)*dimpix(2)*op(4);        % Récupération coord3D coupe coronale pour chaque pixel   
    yn(i)=y0+(i-1)*dimpix(1)*op(2)+(i-1)*dimpix(2)*op(5);
end
 
for i=1:31
    zn(i)=z0+5*(i-1);
end
 
clear x0 y0 z0 dimpix op;
 
[xng,yng,zng] = meshgrid(xn,yn,zn);
 
clear xn yn zn;
 
xnr=reshape(xng,length(xng(:)),1);
ynr=reshape(yng,length(yng(:)),1);
znr=reshape(zng,length(zng(:)),1);
Pinterpr=[xnr ynr znr];
 
load Correction3D;
 
Pinterpb=Pinterpr';
 
clear Pinterpr;
 
Q=zeros(size(Pinterpb));
    for i=1:size(Pinterpb,2)          %Calcul des points recalés                
        Q(:,i)=R2*Pinterpb(:,i)+q2(5:7);
    end
Q=Q';
 
clear Pinterpb;
clear R2 q2;
 
xinterp=reshape(Q(:,1),256,256,31);
yinterp=reshape(Q(:,2),256,256,31);
zinterp=reshape(Q(:,3),256,256,31);
 
clear Q;
 
dxn=interp3(xgrid,ygrid,zgrid,dxg,xinterp,yinterp,zinterp);
dyn=interp3(xgrid,ygrid,zgrid,dyg,xinterp,yinterp,zinterp);
dzn=interp3(xgrid,ygrid,zgrid,dzg,xinterp,yinterp,zinterp);
 
clear xgrid ygrid zgrid;
clear dxg dyg dzg;
 
[i,j,k]=find(dxn==NaN);
dxn(i,j,k)=0;
[i,j,k]=find(dyn==NaN);
dyn(i,j,k)=0;
[i,j,k]=find(dzn==NaN);
dzn(i,j,k)=0;
clear i j k;
 
xnd=xinterp+dxn;                                % Obtention des coord3D correspondantes dans image déformée
ynd=yinterp+dyn;
znd=zinterp+dzn;
 
clear dxn dyn dzn;
 
% volume2=double(volume);
Imac=interp3(xinterp,yinterp,zinterp,volume,xnd(:,:,1),ynd(:,:,1),znd(:,:,1),'cubic');           % Obtention de l'intensité aux coord3D de la nouvelle image par interpolation sur image déformée
 
figure (9)
imshow(Imac,[],'notruesize');

**Jerome Briot** · 19/06/2007, 10h43

A mon avis, il est peu problable d'éviter l'erreur "Out of memory" dans ton code. Tu touches aux limites de la gestion de mémoire par Matlab sur ta machine.

Sinon :

Code :

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[xng,yng,zng] = meshgrid(xn,yn,zn);
 
clear xn yn zn;
 
xnr=reshape(xng,length(xng(:)),1);
ynr=reshape(yng,length(yng(:)),1);
znr=reshape(zng,length(zng(:)),1);
Pinterpr=[xnr ynr znr];
 
load Correction3D;
 
Pinterpb=Pinterpr';
 
clear Pinterpr;

devient :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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[xng,yng,zng] = meshgrid(xn,yn,zn);
 
clear xn yn zn;
 
Pinterpb=[xng(:) yng(:) zng(:)].';
 
load Correction3D;

Ton code est truffé de variables intermédiaires inutiles... Q par exemple ne sert à rien. Tu peux écraser directement les valeurs de Pinterpb

Mais je répète, pour le problème de mémoire, sous Windows à part arrêter des process inutiles, redémarrer en mode sans échec et autres (comme expliqué dans la

)... je ne vois pas de solution rapide.

Peux-tu mettre un WHOS juste avant la ligne :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

Imac=interp3(xinterp,yinterp,zinterp,volume,...

et nous montrer ce que Matlab renvoie dans le command window

**tug83** · 19/06/2007, 10h43

C'est quoi la taille de tes variables avant l'OOM? parce qu'il se peut que tu n'a plus de bloc contigu pour stocker tes variables...fais un

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

system_dependent_memstats

la ligne juste avant que ça plante pour vérifier

[Out of Memory] Problème

MATLAB

Vue hybride

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