Discussion :

[crochepatte]

Bonjour,

Voila, j'ai un gros probleme: j'ai un script perl plutot long (8-24h) qui s'execute se crash parfois. Pour une meme execution, avec les memes parametres, il plante parfois...Le probleme c'est que je ne vois vraiment pas l'erreur. A priori, une erreur du code n'est pas possible puisque ce script fonctionne parfois...

Quelques infos qui peuvent etre utiles...
Je suis sous MAC OS X. Ce script est lancé via un CGI...et tourne indepedemment de tout navigateur et serveur web...

J'ai inspecter tout d'abord le fichier log des erreurs system du terminal

Apr 23 19:27:57 BioInfo-Server crashdump[13490]: perl crashed
Apr 23 19:27:57 BioInfo-Server crashdump[13490]: crash report written to: /Library/Logs/CrashReporter/perl.crash.log

Voila donc le fichier log des "crash" de perl...
Je n'y comprend pas grand chose...

Quelqu'un parle t'il le log???

**********

Host Name: BioInfo-Server
Date/Time: 2007-04-23 19:27:56.364 +0200
OS Version: 10.4.8 (Build 8L2127)
Report Version: 4

Command: perl
Path: /usr/bin/perl
Parent: launchd [1]

Version: ??? (???)

PID: 12504
Thread: 0

Exception: EXC_BAD_ACCESS (0x0001)
Codes: KERN_PROTECTION_FAILURE (0x0002) at 0x00000000

Thread 0 Crashed:
0 libperl.dylib 0x967734cc Perl_Gv_AMupdate + 379
1 libperl.dylib 0x967e5b0c Perl_sv_bless + 256
2 libperl.dylib 0x96800e5e Perl_pp_bless + 218
3 libperl.dylib 0x967d9277 Perl_runops_standard + 19
4 libperl.dylib 0x9676c5d8 perl_run + 724
5 perl 0x000020d2 0x1000 + 4306
6 perl 0x00001f92 0x1000 + 3986
7 perl 0x00001eb9 0x1000 + 3769

Thread 0 crashed with X86 Thread State (32-bit):
eax: 0x00000000 ebx: 0x96773362 ecx: 0xffffffff edx: 0x00000000
edi: 0x00000000 esi: 0x00000000 ebp: 0xbffff2e8 esp: 0xbffff110
ss: 0x0000001f efl: 0x00010246 eip: 0x967734cc cs: 0x00000017
ds: 0x0000001f es: 0x0000001f fs: 0x00000000 gs: 0x00000037

Thread 0 Crashed:
0 libperl.dylib 0x967734cc Perl_Gv_AMupdate + 379
1 libperl.dylib 0x967e5b0c Perl_sv_bless + 256
2 libperl.dylib 0x96800e5e Perl_pp_bless + 218
3 libperl.dylib 0x967d9277 Perl_runops_standard + 19
4 libperl.dylib 0x9676c5d8 perl_run + 724
5 perl 0x000020d2 0x1000 + 4306
6 perl 0x00001f92 0x1000 + 3986
7 perl 0x00001eb9 0x1000 + 3769

Thread 0 crashed with X86 Thread State (32-bit):
eax: 0x00000000 ebx: 0x96773362 ecx: 0xffffffff edx: 0x00000000
edi: 0x00000000 esi: 0x00000000 ebp: 0xbffff2e8 esp: 0xbffff110
ss: 0x0000001f efl: 0x00010246 eip: 0x967734cc cs: 0x00000017
ds: 0x0000001f es: 0x0000001f fs: 0x00000000 gs: 0x00000037

Binary Images Description:
0x1000 - 0x2fff perl /usr/bin/perl
0x11000 - 0x13fff IO.bundle /System/Library/Perl/5.8.6/darwin-thread-multi-2level/auto/IO/IO.bundle
0x1e000 - 0x38fff POSIX.bundle /System/Library/Perl/5.8.6/darwin-thread-multi-2level/auto/POSIX/POSIX.bundle
0x3e000 - 0x40fff Fcntl.bundle /System/Library/Perl/5.8.6/darwin-thread-multi-2level/auto/Fcntl/Fcntl.bundle
0x4c000 - 0x4efff MD5.bundle /System/Library/Perl/5.8.6/darwin-thread-multi-2level/auto/Digest/MD5/MD5.bundle
0x52000 - 0x55fff Opcode.bundle /System/Library/Perl/5.8.6/darwin-thread-multi-2level/auto/Opcode/Opcode.bundle
0x59000 - 0x5efff Dumper.bundle /System/Library/Perl/5.8.6/darwin-thread-multi-2level/auto/Data/Dumper/Dumper.bundle
0x8fe00000 - 0x8fe49fff dyld 46.9 /usr/lib/dyld
0x90000000 - 0x9016ffff libSystem.B.dylib /usr/lib/libSystem.B.dylib
0x901bf000 - 0x901c1fff libmathCommon.A.dylib /usr/lib/system/libmathCommon.A.dylib
0x90bce000 - 0x90bd5fff libgcc_s.1.dylib /usr/lib/libgcc_s.1.dylib
0x96765000 - 0x96879fff libperl.dylib /System/Library/Perl/5.8.6/darwin-thread-multi-2level/CORE/libperl.dylib

Merci pour votre aide...

[MarneusCalgarXP]

Est-ce que l'erreur ne viendrait pas du fait que ton script atteint les limites des ressources mémoire dispo (RAM + SWAP) pendant une longue période ?

Essaie de libérer chaque variable inutilisée au fur et à mesure (avec des undef pour les variables scalaires, et des delete pour les clés des hashmaps), ca pourra peut-être aider à éviter les prochains crash.

Le problème est qu'il est difficile de tester si cela améliorera les choses, vu que tu dis que le script tourne sur plusieurs heures et qu'il plante aléatoirement.

Question : pourquoi le script est-il si long ? N'y a-t-il pas moyen de découper l'execution en plusieurs parties, ne serait-ce que pour éviter de perdre toutes les données des 24 dernières heures en cas de plantage ?

[crochepatte]

En fait, ce script est un logiciel de bioinformatique...Il est long parce que ce que le logiciel fait est tres long (pour information, beaucoup de blasts).
Pour ce qui est de decouper l'execution en plusieurs parties, c'est une bonne idée, mais j'aimerais mieux avoir une execution qui fonctionne,

Ce qui me parait bizarre, c'est que l'echec de l'execution n'est pas quelque chose de reproductible... Avec les memes parametres, l'execution peut ou ne peut pas fonctionner...
De plus l'erreur ne semble pas etre aléatoire dans le deroulement du programme, il semble qu'elle se situe à un endroit particulier de l'execution (à la jonction entre la fin des blasts et le debut de l'analyse des blasts)...

J'ai trouvé pas mal de forum sur le net ou il parlait du meme probleme, mais aucune solution n'a été apporté...

[MarneusCalgarXP]

Disposes-tu d'une machine UNIX non Mac ? ce qui serait interressant, ce serait de tester le programme en parallèle sur 2 machines pour voir si les 2 plantent au même endroit ou pas (bien que ce ne soit pas très reproductible comme tu dis), de sorte à voir s'il s'agit d'un bug dans le code de perl ou uniquement dans le binaire qui a du mal à tourner sur mac (même si c'est un x86)

[crochepatte]

Non, je ne dispose pas d'autre machine aussi performante que mon MAC...
En tout cas merci pour ton aide...je pense pas que je puisse resoudre ce probleme... A priori, il arrive pas si souvent que cela...Donc je ferai avec....