Discussion :

[linalin]

Slt tt le monde!
je dois développer un programme en bioinfo en perl!! Pour cela, j'ai du effectuer un blat!! Le petit soucis est que j'obtiens un fichier (blat_chicken.out) avec un tableau dont la 11 ème colonne contient le Q name avec :

gi|71895710|ref|NM_001031511.1|Gallus

Or c'est trop long et le nom du transcrit, c'est juste NM_001031511.1

Alors cette ligne me déplace tout dans le tableau, donc il n'y a pas d'alignement!

Donc je voudrais faire un ptit programme en perl qui me permettrait de suprimer les mots avant et après le nom du transcrit. J'ai pensé à remplacer mais le problème c'est que le numéro diffère pour chaque ligne!
Quelqu'un aurait une idée du programme à faire? (bien que je sais quoi faire mais vu que je ne suis qu'une débutante en perl, je ne sais pas comment l'écrire!)

Merci

[minus]

Une petite expression reguliere :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
 
$string =~ s/(NM_[\d\.]*)/$1/

Si je me suis pas trompé ca te remplace la ligne par l'identifiant que tu souhaite.

(bon ca c'est juste l'expression, faut d'abord parser le fichier et tout et tout)

[linalin]

Merci, j'ai écrit ce code mais il me met une erreur à /home/miv
Bareword found where operator expected at essai_blat.pl line 5, near "/home/miv" (Missing operator before v?)
syntax error at essai_blat.pl line 5, near "/home/miv"
de quoi s'agit il?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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16
 
#! /usr/bin/perl
 
use strict;
 
my $blat_file = /home/miv/Stage/chr2.out;
 
open (F, $blat_file);
 
while(my $line = <F>) {
	if ($line =~ /^[0-9]/) {
		my @cur_fields = split("\t", $line);
		$cur_fields[9] =~ s/(NM_[\d\.]*)/$1/;
	}
}
close F;

En même tps, voyez vous une autre erreur dans mon script?

[lami20j]

Salut,

au lieu de

my $blat_file = /home/miv/Stage/chr2.out;

mets

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
 
my $blat_file = '/home/miv/Stage/chr2.out';

[minus]

L'erreur a rien a voir avec le code que je t'ai donné
Tu as oublié les double quote ("") en declarant ta variable de fichier my $blat_file

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $blat_file = "/home/miv/Stage/chr2.out";

Edit : rah suis trop lent !

[linalin]

En effet, il n'y a plus d'erreur mais en fait,ça marche pas!
que manque-t'il dans mon code ci dessus (à part les doubles cotes)?

[minus]

Mon expression est peut-etre pas bonne, j'ai un doute sur [\d\.]*

[linalin]

si si ton expressioon est juste, g fait un print!! bon ça marche! maintenant il faut que je mette mon nouveau tableau dans un autre fichier! Voilà mon code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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19
 
 #! /usr/bin/perl
 
use strict;
 
my $blat_file = "/home/miv/Stage/chr2.out";
 
open (F, $blat_file);
my $var;
my $champs;
while(my $line = <F>) {
	if ($line =~ /^[0-9]/) {
		my @cur_fields = split("\t", $line);
		$cur_fields[9] =~ /(NM_[\d\.]+)/;
		$cur_fields[9] = $1;
		print join("\t",@cur_fields)."\n";
	}
}
close F;

donc ma question est comment je dois faire pour mettre tout ça dans un nouveau fichier??

[minus]

(les balises code par pitié )

Deja remplace :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
 
$cur_fields[9] =~ /(NM_[\d\.]+)/;
$cur_fields[9] = $1;

par :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
 
$cur_fields[9] =~ s/(NM_[\d\.]+)/$1/;

[linalin]

ça veut pas marcher comme ça!

[minus]

Ben ca devrait
Pas grave c'est juste plus lisible


Si tu veux mettre tout ce que tu as matché dans un nouveau fichier c'est tout bete, fais le au fur et a mesure :

[code]
open NOUVEAU, ">le_nom_du_fichier" or die "Erreur lors de la creation du nouveau fichier";
while (...){ #ta boucle de lecture
if (...){
....
print (NOUVEAU $ligne); #ta ligne modifiee
}
else {
print (NOUVEAU $ligne); #ta ligne pas modifiee si tu veux toutes les lignes
}
}
close NOUVEAU;
[\code]


PS: ma balise code veux pas se fermer Oo

[lami20j]

Salut,

essaie avec

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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17
 
#! /usr/bin/perl
use strict;use warnings;
 
my $blat_file = '/home/miv/Stage/chr2.out';
open F, $blat_file or die "E/S : $!\n";
open W, ">$resultat" or die "E/S : $!\n";
 
while(my $line = <F>) {
  push @cur_fields,[split /\t/], $line if $line =~ /^\d/;
}
 
map { s/(NM_[\d\.]*)/$1/ } @$_[9] foreach @cur_fields;
print W "@$_\n" foreach @cur_fields;
 
close F;
close W;

[minus]

En effet le print a la fin est plus propre

Mais le probleme c'est que la elle va recupérer juste son identifiant sans la sequence d'ou mon print conditionnel (que tu peux remplacer par un push du tableau contenant les lignes a ecrire)

[linalin]

Merci bcp ça marche!!

[Jedai]

(les balises code par pitié )

Deja remplace :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
 
$cur_fields[9] =~ /(NM_[\d\.]+)/;
$cur_fields[9] = $1;

par :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
 
$cur_fields[9] =~ s/(NM_[\d\.]+)/$1/;

Peut-être que ça marcherait mieux avec :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$cur_fields[9] =~ s/.*(NM_[\d\.]+).*/$1/;

qui fait effectivement la même chose que le premier code contrairement au tien (relis bien les deux)...

--
Jedaï

[minus]

Rah oui en effet ca marche tout de suite mieux