Discussion :

[linalin]

Slt tt le monde!
je dois développer un programme en bioinfo en perl!! Pour cela, j'ai du effectuer un blat!! Le petit soucis est que j'obtiens un fichier (blat_chicken.out) avec un tableau dont la 11 ème colonne contient le Q name avec :

gi|71895710|ref|NM_001031511.1|Gallus

Or c'est trop long et le nom du transcrit, c'est juste NM_001031511.1

Alors cette ligne me déplace tout dans le tableau, donc il n'y a pas d'alignement!

Donc je voudrais faire un ptit programme en perl qui me permettrait de suprimer les mots avant et après le nom du transcrit. J'ai pensé à remplacer mais le problème c'est que le numéro diffère pour chaque ligne!
Quelqu'un aurait une idée du programme à faire? (bien que je sais quoi faire mais vu que je ne suis qu'une débutante en perl, je ne sais pas comment l'écrire!)

Merci

[minus]

Une petite expression reguliere :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
 
$string =~ s/(NM_[\d\.]*)/$1/

Si je me suis pas trompé ca te remplace la ligne par l'identifiant que tu souhaite.

(bon ca c'est juste l'expression, faut d'abord parser le fichier et tout et tout)

[linalin]

Merci, j'ai écrit ce code mais il me met une erreur à /home/miv
Bareword found where operator expected at essai_blat.pl line 5, near "/home/miv" (Missing operator before v?)
syntax error at essai_blat.pl line 5, near "/home/miv"
de quoi s'agit il?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
 
#! /usr/bin/perl
 
use strict;
 
my $blat_file = /home/miv/Stage/chr2.out;
 
open (F, $blat_file);
 
while(my $line = <F>) {
	if ($line =~ /^[0-9]/) {
		my @cur_fields = split("\t", $line);
		$cur_fields[9] =~ s/(NM_[\d\.]*)/$1/;
	}
}
close F;

En même tps, voyez vous une autre erreur dans mon script?

[lami20j]

Salut,

au lieu de

my $blat_file = /home/miv/Stage/chr2.out;

mets

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
 
my $blat_file = '/home/miv/Stage/chr2.out';

[minus]

L'erreur a rien a voir avec le code que je t'ai donné
Tu as oublié les double quote ("") en declarant ta variable de fichier my $blat_file

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $blat_file = "/home/miv/Stage/chr2.out";

Edit : rah suis trop lent !

[linalin]

En effet, il n'y a plus d'erreur mais en fait,ça marche pas!
que manque-t'il dans mon code ci dessus (à part les doubles cotes)?

[minus]

Mon expression est peut-etre pas bonne, j'ai un doute sur [\d\.]*