Discussion :

[babarpapa]

Bonjour,
je travaille sur de la segmentation 3D d'image et j'aimerai savoir quelle technique vous utiliseriez pour attenuer des points lumineux ?


Le mieux serait de faire disparaitre les points lumineux et les faire revenir à une intensité proche de mes objets. Mes objets étant des noyaux de cellules qui font un diametre d'environ 40 pixels et les points d'intensités fortes étant les objet d'environ 8pixels sur l'image. Je ne suis pas un spécialiste de l'image puisque j'ai une formation de biologiste + bioinformaticien.
J'utilise ImageJ la plupart du temps pour le traitement d'image.
Merci à vous

PS : je sais qu'il existe les opération morphologiques, mais ces opérations modifient beaucoup l'image, n'y aurait il pas un traitement qui "couperait" des pics d'intensités?

[parp1]

Si normalement les chapeaux Haut de formes Blanc et Noir sont fait pour.

Cherche dans des cours de morpho math avec black top hat et avec white top hat.

Je pense que des personnes vont confirmer...(ou peut etre pas)

[roulious]

Si normalement les chapeaux Haut de formes Blanc et Noir sont fait pour.

Cherche dans des cours de morpho math avec black top hat et avec white top hat.

Je pense que des personnes vont confirmer...

Ben en fait non Les top hats vont détecter les pics d'intensité, mais pas les atténuer. Une érosion ou une ouverture ferait ici mieux l'affaire.

[pseudocode]

@parp1:Heu non... si c'est la transformation a laquelle je pense (THT), je ne confirme pas.

Perso, je ferai un seuillage sur l'histogramme suivi d'une egalisation:

Pièce jointe 11374


A gauche un seuillage (valeurs au dessus de 150 forcées a 150)
A droite l'image seuillée apres égalisation

[parp1]

Euh ba j'ai rien dit.... mais j'ai souvenir d'un histogramme de ce genre. C'est tres moche dslé.

[babarpapa]

c'est exactement ce que j'aimerai-> couper les pics d'intensité

[roulious]

L'ouverture fera alors ce que tu veux. Si tu connais en plus la taille de ces pics, c'est encore plus simple puisque la taille de ton élément structurant est fixée.

[parp1]

Rolalala j'ouvre enfin les yeux! Fait un seuillage particulier, comme la dit pseudocode

Tu fais un seuillage qui pour tout pixel au dessus du seuil tu applique le seuil.

Et c'est la traduction de mon histogramme.

[ToTo13]

Bonjour,

il existe plusieurs filtre pour couper l'intensité :
- Le Top Hat, marchera pour ton problème (déjà dit ci-dessus).
- Le filtre médian, excellent dans ce cas.
- Le filtre de Nagao est pas mal non plus.

Mais si tu veux segmenter tes cellules, je te conseille d'utiliser les bassins versants (wartershed), c'est idéal dans ce cas.

Tout ce dont je viens de parler est implémenté dans ImageJ (je me répète en ce moment .

Bonne continuation.

[parp1]

Bonjour,

il existe plusieurs filtre pour couper l'intensité :
- Le Top Hat, marchera pour ton problème (déjà dit ci-dessus).
- Le filtre médian, excellent dans ce cas.

A ca fait plaisir!

[pseudocode]

- Le Top Hat, marchera pour ton problème (déjà dit ci-dessus).

une démo ! une démo !

- Le filtre médian, excellent dans ce cas.
- Le filtre de Nagao est pas mal non plus.

Ce sont 2 techniques de reduction de bruits... Ce n'est pas ce qui etait demandé. En plus ca risque de générer du flou

[babarpapa]

une démo ! une démo !


Ce sont 2 techniques de reduction de bruits... Ce n'est pas ce qui etait demandé. En plus ca risque de générer du flou

Exact, Nagao et median ne sont pas approprié pour ce que je souhaite.
Le top Hat, il faut que je teste.
Je pense que ton seuillage (Pseudocode) est beaucoup plus approprié.
Mais si vous avez testé le top hat sur mon image et que ça fonctionne , je veux bien voir le résultat
En tout cas, merci pour toute cette aide!

[ToTo13]

bonjour,

- je n'ai pas encore implémenté le TopHat, mais tu peux utiliser ImageJ...

- Pour le médiant et Nagao, il est vrai qu'ils réduisent le bruit, mais comme on souhaite éliminer les points clairs, ça peut aider...

[babarpapa]

bonjour,

- je n'ai pas encore implémenté le TopHat, mais tu peux utiliser ImageJ...

- Pour le médiant et Nagao, il est vrai qu'ils réduisent le bruit, mais comme on souhaite éliminer les points clairs, ça peut aider...

Quand tu dis que je peux utiliser imageJ, tu veux dire qu'il y a deja une fonction intégrée ou il faut que je me la fasse?
Je viens de me faire un petit plugin pour seuiller les pics lumineux et ça me semble tout a fait convenir pour ce que je recherche!

[parp1]

Il me semble que le top hat est dans un plugins, leipsniz un truc comme ca. Va sur l'aide en ligne d'imageJ et dansla recherche tape TOPHAT. et tu trouvera.

[pseudocode]

Il me semble que le top hat est dans un plugins, leipsniz un truc comme ca. Va sur l'aide en ligne d'imageJ et dansla recherche tape TOPHAT. et tu trouvera.

La couverture de Lipschitz ?

Hum... je demande a voir comment on peut supprimer les pics d'intensité

Edit: Ah si. je viens de capter... le filtre en question fait une soustraction entre l'image et sa couverture de Lipschitz, d'ou l'analogie avec le Top-Hat (soustraction image / ouverture). Le probleme c'est que ca ne va pas "limiter" l'intensité des pics: ca va "supprimer" les pixels trop intenses, donc faire des "trous" dans les cellules.

[ToTo13]

Bonjour,

oui, il me semble bien que c'est dans un pluggin.
En tout cas la morphologie mathématique de base est dedans.