Discussion :

[johnkhm]

Bonjour !

Bonjour !

Je suis en train de manipuler des ArrayList<monObjet> .
Je veux créer un ArrayList "molecule" contenant des Acides Aminé.
Chaque Acide Amine est un ArrayList d'atomes.

Mon probleme, c"est que lorsque je fais un affichage a la fin du traitement, l'ArrayList "molecule", ne contient que des copies d'un AcideAminé : celui crée en dernier.
Je dois donc mal gérer des pointeurs ( ca existe en java ??) ou faire une erreur quelque part

Voici le code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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while (ligne != null) {
  if (condition){
    //Nouvel acide amine
    AcideAmine currentAA = new AcideAmine(ligne.substring(17,20).toCharArray());
    while (autreCondition){ 
      //Creation d'un objet Atom	 
      atomname = ligne.substring(13,16).toCharArray();
      Atom atomTrouve = new Atom(atomname);
      //Ajout de l'atome dans l'AA courant
      currentAA.addAtom(atomTrouve);
      ligne = br.readLine();
    } 
    System.out.print("CurrentAA = ");
    currentAA.print();
    aaArrayList.add(currentAA);
    currentAA = null ;  //Au cas ou
  }
}
}

Je vous remercie d'avance pour votre aide !

[maxf1]

Dans ton code que tu as fournis, tu ne crée

Qu'un seul acideAminé, avec une arrayList d'atomes, c'est exact?
Donc si tu veux que l'on voit quelques chose de mal fait peut-etre faudrait-il donné le reste,

Les pointeurs en java , . En java les pointeurs existents mais tu ne peux pas les manipulés. En gros, on parle pas de pointeur mais de reference d'objet.

[johnkhm]

En fait, ce que je fais, c'est que je lis un fichier organisé de la maniere suivante :
Sur chaque ligne, il y a un atome, et un numero correspondant a l'acide aminé auquel il appartient.

A chaque fois que j'entre dans le premier while , je fais un

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

 AcideAmine currentAA = new AcideAmine("nom")

ou AcideAmine est un arraylist avec des methodes définies

Tant que c'est le meme acide amine , j'ajoute au currentAA les atomes que je lis,
avec la methode de ArrayList : add();

Maintenant , quand je trouve un acide amine different, j'ajoute l'acide amine a un arraylist aaArrayList par la methode add(); et je reviens au premier while.

Donc logiquement , dans mon aaArrayList, j'ai un ArrayList avec tout les acides amines que j'ai lus, non ?

Par rapport au code , quelle partie manque t'il ? car je ne peux pas metttre tout le code , ca serait assez gros :p

Merci

[schniouf]

A cet endroit là :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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AcideAmine currentAA = new AcideAmine(ligne.substring(17,20).toCharArray());
    while (autreCondition){ 
      //Creation d'un objet Atom	 
      atomname = ligne.substring(13,16).toCharArray();
      Atom atomTrouve = new Atom(atomname);
      //Ajout de l'atome dans l'AA courant
      currentAA.addAtom(atomTrouve);
      ligne = br.readLine();
    }

tu n'as pas oublié de faire un ligne = br.readLine(); avant d'entrer dans la boucle ?

[maxf1]

Il manquerait les parties qui sont succeptibles de modifier des variables de ce petit bout de code.
Comme autreCondition, br...

[johnkhm]

Schniouf :
Merci pour ta réponse, mais si je fais un "println" au fur et a mesure que j'entre les données dans le aaArrayList , j'obtiens les bons résultats , maintenant, lorsque je récupère le ArrayList une fois que le traitement est fini, toutes les cases sont les memes, et c"est la derniere case qui va écraser toutes les autres. Donc je pense plutot que l'erreur vienne de l'affectation , ou qu'il y aie un mauvais adressage d'objet , ou un truc dans le genre :p

MaxF1 :
voici la methode liremol en entiere , c'est surement un peu lourd, dsl

Code :

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//Attributs
public static ArrayList<AcideAmine> aaList;
public static File fichier;
public static float[] centre;
 
Molecule(File fic){   // <------ CONSTRUCTEUR
   aaList = new ArrayList<AcideAmine>();
   fichier = fic;
   centre = new float[] {0,0,0};
   aaList = lireMol();
   System.out.println("*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-");
   aaList.get(3).print();  // <---- Affichage pas bon
   System.out.println("*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-");
}
 
public ArrayList<AcideAmine> lireMol(){
   ArrayList<AcideAmine> aaArrayList = new ArrayList<AcideAmine>();
   aaArrayList.clear();
   aaList.clear();
   String ligne;
   char[] atomname;
   float x , y , z, xsum, ysum, zsum, nbatom;
   xsum = ysum = zsum = nbatom =0;
   int noAA;
   // Déclaration de la source 
   try {
      InputStream is = new FileInputStream(fichier);
      Reader r = new InputStreamReader(is);
      BufferedReader br = new BufferedReader(r);
      System.out.println("Début d'annalyse");
      ligne = br.readLine(); // <-------- Je lis la premiere ligne 
      //Parcours du fichier entier
      while (ligne != null){  // <-------- Tant qu'il reste des lignes
            if ((ligne.startsWith("ATOM")) & (ligne.charAt(16)!='B') ){ // <--- Petit filtre pour eliminer les mauvaises lignes
            noAA = Integer.valueOf(ligne.substring(23,26).trim());
            //Nouvel acide amine
            AcideAmine currentAA = new AcideAmine(ligne.substring(17,20).toCharArray());
            while ((Integer.valueOf(ligne.substring(23,26).trim()) == noAA) & (ligne.startsWith("ATOM"))){  /// < -------- Tant que je suis dans le meme acide amine
               //Creation d'un objet Atom
               atomname = ligne.substring(13,16).toCharArray();
               x = Float.valueOf(ligne.substring(32,38));
               y = Float.valueOf(ligne.substring(40,46));
               z = Float.valueOf(ligne.substring(48,54));
               Atom atomTrouve = new Atom(x,y,z,atomname);
               //Ajout de l'atome dans l'AA courant
               currentAA.addAtom(atomTrouve); // <------ J'ajoute l'atome dans l'acide amine
               //Centrage de la molecule
               xsum+=x;
               ysum+=y;
               zsum+=z;
               nbatom++;
               ligne = br.readLine(); //  <------ Ligne suivante
               }
            currentAA.setBondList();//  <-------- remplit un tableau dans l'objet cirrentAA
            System.out.print("CurrentAA = ");
            currentAA.print(); // <-------------*** AFFICHAGE CORRECT !!!  ***
            aaArrayList.add(currentAA);  // <------- ERREUR ICI ???
            currentAA = null ; //au cas ou
            }		
      if (ligne.startsWith("ATOM")== false ){
      ligne = br.readLine();
      }
   }
   centre[0]= xsum/nbatom;
   centre[1]= ysum/nbatom;
   centre[2]= zsum/nbatom;
   System.out.println("Fin d'annalyse");
   is.close();
   } catch (FileNotFoundException e) {
   e.printStackTrace();
   } catch (IOException e) {
   // TODO Auto-generated catch block
   e.printStackTrace();
   }
   return aaArrayList;   // <----- Tableau mal rempli ici
}

maintenant si je fais un affichage aaArrayList , le dernier element sera répété plein de fois ( taille du tableau )

Merci
Ca me dépane enormement , je bloque dessus depuis quelques jours ....