Discussion :

[benlh]

Bonjour,
J'essaie désespérément de vérifier si une association de deux chaines de caractères est correcte par rapport à une association originelle. Je m'explique :
j'avais à l'origine un fichier (tad delimited txt) avec plusieurs colonnes de données dont deux m'intéressaient. Une colonne "oligo" et une colonne "contig" qui définissaient une association d'un oligo à son contig. Pour vérifier la spécificité de cette association, j'ai extrait les listes d'oligos et de contigs pour ensuite générer deux banques de séquences à comparer par blastn. Je récupère alors un fichier csv contenant les meilleurs hits pour chaque oligo. Dans ce fichier j'ai bien une colonne "oligo", une colonne "contig" et d'autres colonnes sur les qualités d'alignements. Je voudrais maintenant vérifier si ces "nouvelles" associations oligo/contig sont les mêmes qu'au départ.

Pour cela j'ai voulu faire une comparaison de clés de table de hachage pour générer un fichier identique au fichier csv de résultats des blast mais avec une colonne de plus qui indique une bonne (OK) ou une mauvaise (NA) correspondance oligo/contig par rapport aux données d'origine.
Finalement mon idée ne marche pas, ça a l'air de déconner au niveau du dernier test car je me retrouve avec le bon fichier de sortie mais avec que des OK ou que des NA.

Si quelqu'un peu m'aider je lui en serai reconnaissant.
Je joins mon script ci dessous :

Code :

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use strict;
 
my ($lineB,$contig,$oligo,$lineA,$query_name,$query_accession,$query_description,$query_length,$hit_name,$hit_accession,$hit_description,$hit_length,$score,$evalue,$hsp_number,$hsp_query_start,$hsp_query_end,$hsp_hit_start,$hsp_hit_end,$hsp_percent_identity,$direction);
my (@elmtsA,@elmtsB);
my %contig2oligo;
 
open OLIGO, "< oligo_otherV6.txt" or
	die "Unable to open input file #2 : $!\n";
while ($lineB=<OLIGO>) {
	chomp $lineB;
	if ($lineB =~ /^#/) {#Header
	    next;
  }
	@elmtsB=split "\t", $lineB;
	$contig=$elmtsB[0];
	$oligo=$elmtsB[4];
	if (defined $contig2oligo{$contig}) {
		$contig2oligo{$contig}=$contig2oligo{$contig}."\t$oligo";
		#$agilent2Oligos{$agilent}.="\t$oligo";
	} else {
		$contig2oligo{$contig}=$oligo;
	}
}
close(OLIGO);
 
open OUT, "> oligo_contig_perfect.txt" or
	die "Unable to open oligo_contig_perfect file : $!\n";
 
open CONTIG, "< blastn-oligo_restrict_otherV6-contig_restrict_otherV6-1e-3-1e-3-1,1.csv" or
	die "Unable to open input file #1 : $!\n";
my $noLine=0;
while ($lineA=<CONTIG>) {
	$noLine++;
	chomp $lineA;
	if ($lineA =~/^#/ || $noLine==1) {#Header
	    print OUT "query_name\tquery_accession\tquery_description\tquery_length\thit_name\thit_accession\thit_description\thit_length\tscore\tevalue\thsp_number\thsp_query_start\thsp_query_end\thsp_hit_start\thsp_hit_end\thsp_percent_identity\tdirection\tmatch\n";
 
	    next;
  }
	@elmtsA=split ";", $lineA;
	$query_name=$elmtsA[0];
  $query_accession=$elmtsA[1];
  $query_description=$elmtsA[2];
  $query_length=$elmtsA[3];
  $hit_name=$elmtsA[4];
  $hit_accession=$elmtsA[5];
  $hit_description=$elmtsA[6];
  $hit_length=$elmtsA[7];
  $score=$elmtsA[8];
  $evalue=$elmtsA[9];
  $hsp_number=$elmtsA[10];
  $hsp_query_start=$elmtsA[11];
  $hsp_query_end=$elmtsA[12];
  $hsp_hit_start=$elmtsA[13];
  $hsp_hit_end=$elmtsA[14];
  $hsp_percent_identity=$elmtsA[15];
  $direction=$elmtsA[16];
 
 
	if (defined $contig2oligo{$hit_name}) {
 
		$contig2oligo{$hit_name}=$contig2oligo{$hit_name}."\t$query_name";
		#$agilent2Oligos{$agilent}.="\t$oligo";
	} else {
		$contig2oligo{$hit_name}=$query_name;
	}	
  if ($contig2oligo{$contig}==$contig2oligo{$hit_name}){
    print OUT "$query_name\t$query_accession\t$query_description\t$query_length\t$hit_name\t$hit_accession\t$hit_description\t$hit_length\t$score\t$evalue\t$hsp_number\t$hsp_query_start\t$hsp_query_end\t$hsp_hit_start\t$hsp_hit_end\t$hsp_percent_identity\t$direction\tOK\n";
	} else {
      print OUT "$query_name\t$query_accession\t$query_description\t$query_length\t$hit_name\t$hit_accession\t$hit_description\t$hit_length\t$score\t$evalue\t$hsp_number\t$hsp_query_start\t$hsp_query_end\t$hsp_hit_start\t$hsp_hit_end\t$hsp_percent_identity\t$direction\tNA\n";
  }
}  
close(CONTIG);
close(OUT);

Merci par avance.

Benoit