Discussion :

[Jasmine80]

Bonjour,

J'interroge ma base de donnée et j'y recherche la séquence de mon amorce dans une séquence. cela fonctionne très bien pour une amorce unique. Maintenant, j'aimerais pouvoir y rechercher des séquences d'amorces dégénérées.

Voici ma séquence à trouver ggagaaRgttcacgttgaYat mais Perl peut il reconnaitre le R (=a ou g) et le Y (=t ou c).
En fait j'ai 4 séquences différentes à rechercher:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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        my ($AmorceSens1)="ggagaaGgttcacgttgaTat";
        my ($AmorceSens2)="ggagaaAgttcacgttgaCat";
        my ($AmorceSens3)="ggagaaGgttcacgttgaCat";
        my ($AmorceSens4)="ggagaaAgttcacgttgaTat";

my($s)=index(@row->[1],'GGAGAAAGTTCACGTTGACAT');

@row->[1] contient ma séquence entière d'ADN
GGAGAAAGTTCACGTTGACAT est une des 4 amorces à trouver


Je peux y parvenir en y faisant 4 recherches mais serait il possible de
- soit dire à BioPerl que je travaille sur de l ADN afin qu'il sache à quoi correspondent mon R et mon Y
- soit créer une expression régulière dans ma recherche d'index pour qu'il recherche un A ou un G et ensuite un C ou un T.

J'aimerais aussi savoir si on peut la recherche insensible à la casse (majuscule et minuscule). Je dois utiliser l'option i (/gi).

Est-il correcte d'écrire

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my ($AmorceSens)=~"ggagaa[A,G]gttcacgttga[T,C]at/gi";

Mon programme m'indique aussi que j'utilise une array sans y mettre le @
"using an array as deprecated "
Pourtant, j'ai bien mis le @ à row, il m'indique en erreur ma ligne

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my($s)=index(@row->[1],'TTAATTGAACAAAAGAGTTA');

Merci beaucoup,

Jasmine,

[Woufeil]

Bonjour.

Ah, la bioinformatique... Un domaine que j'aurais bien aimé étudier... Tu as de la chance d'en faire
Pour répondre à ta question

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my ($AmorceSens)=~"ggagaa[A,G]gttcacgttga[T,C]at/gi";

N'est pas correct. Déjà, je ne comprend pas pourquoi tu utilises des guillemets dans ta regex. Ensuite, ça ne veut pas dire grand chose...

L'opérateur bind =~ lie une expression à une regex. C'est à dire qu'il faudrait normalement que $AmorceSens contienne la chaîne à laquelle tu veux appliquer la recherche. Or ce n'est pas possible puisque tu viens d'initialiser ta variable avec my...
Ou alors, ce que tu veux faire, c'est entrer dans $AmorceSens la regex que tu voudras utliser. Dans ce cas, fais comme ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $AmorceSens = 'ggagaa[A,G]gttcacgttga[T,C]at/g';

Mettre des parenthèses autour de $AmorceSens signifie que tu souhaites une interprétation en contexte de liste, or une chaîne de caractère est un scalaire.

Ensuite, fais comme ceci pour utiliser ta regex sur une séquence :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$sequence =~ m/$AmorceSens/ #retourne 0 ou 1

Ensuite, row[1] est un tableau ou une chaine de caractère ? Si c'est comme je le pense une chaine de caractère (la séquence en question), alors il faut mettre un $ comme sigil et non une @ : $row[1].

J'espère avoir répondu à tes questions. Si ce n'est pas le cas, dit le

[MarneusCalgarXP]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $AmorceSens = 'ggagaa[A,G]gttcacgttga[T,C]at/g';

Ce serait pas plutôt :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $AmorceSens = 'ggagaa[A,G]gttcacgttga[T,C]at';

sans le "/g" à la fin ?

[Woufeil]

Euh, si, tu as tout à fait raison, j'y avais pas fait attention

[Jasmine80]

Merci beaucoup, je vais essayer.

En effet j'ai une array @row et $row[0] est un scalaire. Je vais changer, merci.

Et pour être insensible à la casse dans une recherche d'index comment puis-je faire? Est ce aussi gi comme dans les expressions régulières?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $AmorceSens='ggagaa[A,G]gttcacgttga[T,C]at';

et pour avoir l'index de cette séquence

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my($s)=index($row->[1], $AmorceSens); #$row->[1] contient une grande séquence

Merci pour votre aide.

Jasmine,

[pospos]

pour etre insensible à la casse avec autre chose qu'une regexp le mieux est de tout passer en minuscules pour le test (à la fois ce que tu cherche et ce dans quoi tu le cherche), avec lc()

[Woufeil]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my($s)=index($row->[1], $AmorceSens); #$row->[1] contient une grande séquence

Encore une fois, je ne comprend pas pourquoi tu utilises des parenthèses pour déclarer ta variable $s. index retourne un nombre, donc un scalaire. Tu ne dois donc pas mettre les parenthèses, qui forcent le contexte de liste.
my $var et my ($var) sont deux expression différentes ! Teste ceci pour t'en rendre compte :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my @tab = ("Elem1", "Elem2", "Elem3");
my $var1 = @tab;
my ($var2) = @tab;
print "var1 vaut $var1 ; var2 vaut $var2";

Sinon, comme le dit pospos, met tout en miniscule pour être insensible à la casse