Discussion :

[figuedi]

Bonjour,

Je récupère un fichier je le met dans un fichier texte, puis je lis le fichier texte ligne à ligne pour copier ce que je veux dans un autre fichier texte, et en fin je recopie et ordonne les informations dans un dernier fichier texte.
Que je finis par mettre dans un fichier csv pour pouvoir le traiter plus facilement.

Alors oui cela fonctionne mais en relisant mon code je me dis que je me suis surement vachement compliqué la tache.

Je me dis également que créer des fichiers tempo pour a chaque fois le lire, et copier les valeurs est surement gourmand en ressource.

Y aurait il un moyen de remplacer l'écriture dans un fichier text pour par exemple le mettre dans un fichier virtuel ou un truc du genre qui serait plus rapidement accessible par python que de lire un fichier txt ?

J'espère avoir été assez clair pour que vous puissiez me donner une piste à creuser.

Merci d'avance

Code :

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fichier_source = open(outputfile, "r")
fichier_destination = open(outputfile_mod, "w")
 
for ligne in fichier_source:
    temp = str(ligne).lstrip()
    if temp[:12] == "(0008, 0104)":
        fichier_destination.write(temp)
    elif temp[:12] == "(0008, 0100)":
        fichier_destination.write(temp)
    elif temp[:12] == "(0040, a30a)":
        fichier_destination.write(temp)
 
fichier_source.close()
fichier_destination.close()

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fichier_source = open(outputfile_mod, "r")
fichier_destination = open(outputfile_final, "w")
lines = fichier_source.readlines()
 
for i in range(1, len(lines)):
    if lines[i][:12] == "(0040, a30a)":
        # ligne -6 c'est le tagdicom du groupe de la mesure
        tmp = lines[i-6].split("'")
        if tmp[1] == '121410': # code d'une non mesure
            fichier_destination.write(',')
        else:
            fichier_destination.write(tmp[1] + ',')
        # ligne -5 c'est le nom groupe de la mesure
        tmp = lines[i-5].split("'")
        if tmp[1] == 'User chosen value': # valeur text d'une non mesure
            fichier_destination.write(',')
        else:
            fichier_destination.write(tmp[1] + ',')
        # ligne -4 le tag dicom de la mesure
        tmp = lines[i-4].split("'")
        fichier_destination.write(tmp[1] + ',')
        # ligne -3 le nom de la mesure
        tmp = lines[i-3].split("'")
        fichier_destination.write(tmp[1] + ',')
        fichier_destination.write(" ")
        # ligne i la valeur mesurée
        tmp = lines[i].split("'")
        fichier_destination.write(tmp[1] + ',')
        fichier_destination.write(" ")
        # ligne -1 l'unité de mesure
        tmp = lines[i-1].split("'")
        fichier_destination.write(tmp[1])
        fichier_destination.write("\n")
fichier_destination.close()
fichier_source.close()

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nom_fichier = nom_fichier + '.csv'
with open(outputfile_final, 'r') as in_file:
    stripped = (line.strip() for line in in_file)
    lines = (line.split(",") for line in stripped if line)
    with open(nom_fichier, 'w') as out_file:
        writer = csv.writer(out_file)
        writer.writerow(('code DICOM paramère', 'Nom paramètre',
                         'Code DICOM mesure', 'Valeur mesurée',
                         'Mesure', 'Unité mesure'))
        writer.writerows(lines)
 
# Supprime les fichiers temporaires
os.remove(outputfile)
os.remove(outputfile_mod)
os.remove(outputfile_final)

[Sve@r]

Bonjour

...mais en relisant mon code je me dis que je me suis surement vachement compliqué la tache.

Je confirme !!!

Je me dis également que créer des fichiers tempo pour a chaque fois le lire, et copier les valeurs est surement gourmand en ressource.

Et ne parlons pas des collisions (deux utilisateurs utilisant ton programme en même temps)...

Y aurait il un moyen de remplacer l'écriture dans un fichier text pour par exemple le mettre dans un fichier virtuel ou un truc du genre qui serait plus rapidement accessible par python que de lire un fichier txt ?

Déjà il existe des outils permettant de définir des filesystem en RAM. Sous Linux c'est le type "tmpfs" placé en début de ligne de "/etc/fstab" et sous Windows il y a des outils tels que "ramdisk" et autres. Donc tu écris le fichier sur disque mais en réalité il est en RAM.
Mais sinon pourquoi ne pas stocker directement tes lignes dans un tableau de lignes ? Comme ça tu as tout en RAM. Tu as la fonction readlines() qui fait ça.
Donc tu as tes lignes en RAM que tu peux modifier quand et comme tu veux.

Ou alors tu fais tes 3 étapes sur chaque ligne lue donc durant toute l'exécution tu n'en stockes qu'une seule à la fois et ton programme devient immédiatement plus fluide et plus digeste.

[papajoker]

bonjour

rien compris à tes 3 étapes, pourquoi ne pas en faire qu'une seule ?
J'ai pas forcément compris ton problème, c'est juste un code type

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block = []
with open("entree.txt", "r") as f_in, with open("sortie.csv", "w") as f_out:
    f_out.write("ton, entete, csv")
    for line in f_in:
        if line[:12] not in ("(0008, 0104)", "(0008, 0100)", "(0040, a30a)"):
            # on ne traite que ces 3 cas
            continue 
 
        block.append(line)
 
        # ps: ? si nous avons 6 lignes dans "block" alors nous pouvons les sauver commme une ligne csv ?
        if len(block) == 6:
 
            # tout ton code no 2
            # ligne -6 c'est le tagdicom du groupe de la mesure
 
            for line in block:
                tableau = line.split("'")
                if tableau[1] in ('121410', 'User chosen value'):
                    tableau[1] = ""
                f_out.write(", ".join(tableau))
            ...
            block = []  # on a traité ces 6 lignes, on attend les 6 prochaines

[wiztricks]

Salut,

J'espère avoir été assez clair pour que vous puissiez me donner une piste à creuser.

C'est vous qui avez choisi ce découpage et de passer par des fichiers texte intermédiaires.
Mais c'est quoi un fichier texte? Une suite de lignes.
Ce qui permet d'écrire:

Code :

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for ligne in fichier_source:
    ...

où les ... sont les traitements à effectuer pour chaque ligne.
Et si on doit appliquer d'autres traitements au résultat de ce premier traitement, on préférera stocker ce résultat dans une liste plutôt que dans un fichier, genre:

Code :

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resultat = []
for ligne in fichier_source:
    u = ligne.lstrip()
    v = u[:12]
    if v ==  "(0008, 0104)" or v == "(0008, 0100)" or v == "(0040, a30a)":
          resultat.append(u)

Puis vous pourriez avoir la bonne idée de faire de ces lignes une fonction qui prenne une suite lignes en paramètre et qui retourne le résultat (qui est aussi une suite de lignes).

Code :

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def f(source):
    resultat = []
    for item in source:
        u = item.lstrip()
        v = u[:12]
        if v ==  "(0008, 0104)" or v == "(0008, 0100)" or v == "(0040, a30a)":
              resultat.append(u)
    return resultat

- W

[figuedi]

En effet c'était très stupide de passer par des fichiers textes

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di = dcmread(path)
with open(outputfile, 'w') as f:
    f.write(str(di))
 
# récupére les tag dicom intéressant
with open(outputfile, "r") as f:
    temporaire = []
    for ligne in f:
        temp = str(ligne).lstrip()
        if (temp[:12] == "(0008, 0104)" or temp[:12] == "(0008, 0100)" or temp[:12] == "(0040, a30a)"): 
            temporaire.append(temp)

il ne me reste plus qu'a faire pareil pour la seconde partie ordonnancement et export en csv

MErci

[Sve@r]

Et partir directement sur un for ligne in dcmread(path) ça le ferait pas encore mieux ?
PS: inutile de mettre du str() de partout, surtout quand la data est déjà du str...

[figuedi]

si j'enlève le str j'ai une erreur

Traceback (most recent call last):
File "f:\0_Code\Dicom_SR_seul_V2.py", line 20, in <module>
f.write(di)
TypeError: write() argument must be str, not FileDataset

du coup j'ai tenté e coup avec le str et ça à marché

Je vais tenter de le mettre dans une liste comme les autres
en attendant j'ai fini l'arrangement et la conversion en CSV

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di = dcmread(path)
with open(outputfile, 'w') as f:
    f.write(di)
 
# récupére les tag dicom intéressant
with open(outputfile, "r") as f:
    temporaire = []
    for ligne in f:
        temp = str(ligne).lstrip()
        if (temp[:12] == "(0008, 0104)" or temp[:12] == "(0008, 0100)" or temp[:12] == "(0040, a30a)"): 
            temporaire.append(temp)
 
 
# ordonne les infos pour être compréhensible facilement
 
temporaire2 = []
for i in range(1, len(temporaire)):
    if temporaire[i][:12] == "(0040, a30a)":
        # ligne -6 c'est le tagdicom du groupe de la mesure
        tmp = temporaire[i-6].split("'")
        if tmp[1] == '121410': # code d'une non mesure
            temporaire2.append('')
        else:
            temporaire2.append(tmp[1])
        # ligne -5 c'est le nom groupe de la mesure
        tmp = temporaire[i-5].split("'")
        if tmp[1] == 'User chosen value': # valeur text d'une non mesure
            temporaire2.append('')
        else:
            temporaire2.append(tmp[1])
        # ligne -4 le tag dicom de la mesure
        tmp = temporaire[i-4].split("'")
        temporaire2.append(tmp[1])
        # ligne -3 le nom de la mesure
        tmp = temporaire[i-3].split("'")
        temporaire2.append(tmp[1])
        # ligne i la valeur mesurée
        tmp = temporaire[i].split("'")
        temporaire2.append(tmp[1])
        # ligne -1 l'unité de mesure
        tmp = temporaire[i-1].split("'")
        if tmp[1] == 'no units':
            temporaire2.append('')
        else:
            temporaire2.append(tmp[1])
 
# transforme le dernier fichier txt en un CSV pour une meilleur compréhension
nom_fichier = nom_fichier + '.csv'
 
with open(nom_fichier, 'w') as out_file:
    writer = csv.writer(out_file)
    writer.writerow(('code DICOM paramère', 'Nom paramètre',
                     'Code DICOM mesure', 'Valeur mesurée',
                     'Mesure', 'Unité mesure'))
    for i in range(0, len(temporaire2), 6):
        writer.writerow((temporaire2[i],
                        temporaire2[i+1],
                        temporaire2[i+2],
                        temporaire2[i+3],
                        temporaire2[i+4],
                        temporaire2[i+5]))

[figuedi]

Ok un dataset est un groupe de données liées à une clef.

J'ai donc trouvé la clef qu'il me fallait

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di = dcmread(path)
elem = di[(0x0040, 0xa730)]
with open('didier.txt', 'w') as f:
    f.write(str(elem))
#with open('didierkeys.txt','w') as fk:
#    fk.write(str(di.keys()))

je peux donc partir de là pour éviter du post traitement superflu

bon toujours obligé de le "flaguer" en str

File "f:\0_Code\Dicom_SR_seul_V2.py", line 20, in <module>
f.write(elem)
TypeError: write() argument must be str, not DataElement

mais ça avance petit à petit