Bonjour a tous,

J'ai un repertoire contenant 144 fichiers que je dois analyser. Je souhaite utiliser la fonction lapply pour eviter de faire une boucle for.

Voici mon code:

Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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files <- list.files(path=bedpath, pattern="*.bed", full.names=TRUE, recursive=FALSE)
tnet2 <- lapply(files, chaser::load_features(tnet, files, type="macs2", missingv=0, featnames="H3K27ac"))
J'obtiens le message suivant:

Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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 reading from file Data/Naive_CD4_positive_T_Cells_BP/H3K27ac/bed_files/S0130AH1.H3K27ac.ppqt_macs2_wp10.20150819.bed...
 reading from file Data/Naive_CD4_positive_T_Cells_BP/H3K27ac/bed_files/S01342H2.H3K27ac.ppqt_macs2_wp10.20150819.bed...
 reading from file Data/Naive_CD4_positive_T_Cells_BP/H3K27ac/bed_files/S0137XH3.H3K27ac.ppqt_macs2_wp10.20150819.bed...
 reading from file Data/Naive_CD4_positive_T_Cells_BP/H3K27ac/bed_files/S013CNH3.H3K27ac.ppqt_macs2_wp10.20150819.bed...
 reading from file Data/Naive_CD4_positive_T_Cells_BP/H3K27ac/bed_files/S013DLH2.H3K27ac.ppqt_macs2_wp10.20150819.bed...
Error in file(file, "rt") : invalid 'description' argument
Y a t-il une erreur dans ma fonction lapply?

Merci beaucoup pour votre aide.