Discussion :

[Jma06]

Bonjour,

J'ai un fichier filexy.xlsx avec une colonne 'angle' (les x) et une colonne 'counts' (les y .. c'est un diffractogramme).

Pour faire le graphe je fais:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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import numpy as np
import pandas as pd
import matplotlib.pyplot as plt
from scipy.signal import find_peaks
 
filexy = pd.read_excel('filexy.xlsx')
 
x = filexy['angle']
y = filexy['counts']
 
plt.figure(figsize=(16,8))
plt.plot(x,y, c='b')

On voit bien l'abscise allant de 0 à 50 avec le graphe commençant à 5.

Puis, pour trouver les pics:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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peaks, _ = find_peaks(y, prominence=50)

Puis, pour afficher le graphe + le peak-picking, si je fais ça :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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# afficher le graphe avec les pics trouvés (peak-picking)
plt.figure(figsize=(16,8)) 
plt.plot(y)
plt.plot(peaks, y[peaks], "vr")

ca affiche bien le peak-picking sur la courbe, mais mon abscisse est perdue au profit du nombre de points selon x

=> Comment faire pour afficher le graphe comme il faut avec les peak-picking ET l'abscisse de 0 à 50?
Merci pour toute aide.

PS:
J'ai bien essayé des trucs mais j'arrive à:
un graphe écrasé de 0 à 50 et le peak-picking étalé jusqu'a 3184 (nombre de valeurs),
des problèmes de tableaux de dimensions non concordantes,
des peak-pickings a ras du sol,
des graphes sans le peak-picking visible..

Bref il me serait bien utile que vous puisiez m'expliquer ce que je fais mal
(et que j'arrête de faire n'importe quoi par manque de compréhension des retours de find_peaks()..entre autre

[Julien N]

Salut,

Je n'ai pas essayé, mais peaks est une liste d'indices, les indices i de y où sont les pics. Donc faire plt.plot(peaks, y[peaks], "vr") doit nécessairement donner un graph avec en abscisse des entiers totalement différents de x. Il faudrait je pense faire ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

plt.plot(x[peaks], y[peaks], "vr")

J

[Jma06]

peaks est une liste d'indices, .

Mais..bon sang mais oui !! ..

peaks faire ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

plt.plot(x[peaks], y[peaks], "vr")

Ca marche parfaitement
Merci encore Julien