Bonjour,

Je me sent un peu bête de demander ça mais je ne parvient pas à trouver comment choisir les couleurs à afficher sur mes réseaux d'haplotypes.

Je réalise des réseaux qui correspondent à des clusters. J'essaye de représenter les haplotypes avec des couleurs différentes selon la zone ou ils ont été trouvé.

Je faisait donc cela :

Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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pdf(file="C:/Users/.../graphique.pdf", width = 8, height = 15, pointsize = 10)
      plot(net, size = (TAB), fast =FALSE,scale.ratio = 30,show.mutation=1,pie=N[], col=rainbow(ncol(Had)), cex = 0.5,label=FALSE,main="Reseau d'haplotype")
      legend("bottomleft", colnames(Had), col=rainbow(ncol(Had)), pch=19, ncol=4, cex= 0.8)       
dev.off()
Ce scripts me permet d'obtenir des haplotypes avec des couleurs aléatoires pour les sites.

J'aimerai que chaque sites ai une couleur que je choisi.

(#CCFFFF","#0066FF","#0033FF","#3366FF"....
-> Site1, Site2, Site3, Site4 ....

J'ai donc procédé ainsi :

Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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scale_fill_metaz = c("#CCFFFF","#0066FF","#0033FF","#3366FF")
 
pdf(file="C:/Users/.../graphique.pdf", width = 8, height = 15, pointsize = 10)
   haplotype <- plot(net, size = (TAB), fast =FALSE,scale.ratio = 30,show.mutation=1,pie=N[], col=scale_color_manual(values = c("#CCFFFF","#0066FF","#0033FF","#3366FF")),
   cex = 0.5,label=FALSE,main="Reseau d'haplotype")
   legend("bottomleft", colnames(Had),legend=c("Site1","Site2","Site3","Site4"),
   col=scale_fill_color, pch=19, ncol=4, cex= 0.8) 
dev.off()
Cette manière me permet de mettre les bonnes couleurs en légende mais le plot présente toujours les couleurs aléatoire.

Je ne parviens pas à trouver de solution sur les forums.

Auriez-vous une solution à me proposer ?

Bien cordialement,