Discussion :

[elgateau]

Bonjour,

Je me sent un peu bête de demander ça mais je ne parvient pas à trouver comment choisir les couleurs à afficher sur mes réseaux d'haplotypes.

Je réalise des réseaux qui correspondent à des clusters. J'essaye de représenter les haplotypes avec des couleurs différentes selon la zone ou ils ont été trouvé.

Je faisait donc cela :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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pdf(file="C:/Users/.../graphique.pdf", width = 8, height = 15, pointsize = 10)
      plot(net, size = (TAB), fast =FALSE,scale.ratio = 30,show.mutation=1,pie=N[], col=rainbow(ncol(Had)), cex = 0.5,label=FALSE,main="Reseau d'haplotype")
      legend("bottomleft", colnames(Had), col=rainbow(ncol(Had)), pch=19, ncol=4, cex= 0.8)       
dev.off()

Ce scripts me permet d'obtenir des haplotypes avec des couleurs aléatoires pour les sites.

J'aimerai que chaque sites ai une couleur que je choisi.

(#CCFFFF","#0066FF","#0033FF","#3366FF"....
-> Site1, Site2, Site3, Site4 ....

J'ai donc procédé ainsi :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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scale_fill_metaz = c("#CCFFFF","#0066FF","#0033FF","#3366FF")
 
pdf(file="C:/Users/.../graphique.pdf", width = 8, height = 15, pointsize = 10)
   haplotype <- plot(net, size = (TAB), fast =FALSE,scale.ratio = 30,show.mutation=1,pie=N[], col=scale_color_manual(values = c("#CCFFFF","#0066FF","#0033FF","#3366FF")),
   cex = 0.5,label=FALSE,main="Reseau d'haplotype")
   legend("bottomleft", colnames(Had),legend=c("Site1","Site2","Site3","Site4"),
   col=scale_fill_color, pch=19, ncol=4, cex= 0.8) 
dev.off()

Cette manière me permet de mettre les bonnes couleurs en légende mais le plot présente toujours les couleurs aléatoire.

Je ne parviens pas à trouver de solution sur les forums.

Auriez-vous une solution à me proposer ?

Bien cordialement,

[olivier.decourt]

Bonjour.
scale_color_manual est une fonction de {ggplot2}, or ici le graphique n'est pas produit par les fonctions de ce package. D'où l'absence d'effet sur les couleurs.
Peut-être que de proposer dans col, à la place de rainbow, un vecteur nommé comme

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

c("Site 1"="#CCFFFF","Site 2"="#0066FF","Site 3"="#0033FF","Site 4"="#3366FF")

permettra d'associer les catégories à des couleurs précises.
Je n'ai pas testé.

[elgateau]

Bonjour,

Merci de votre aide.

J'ai procédé à votre manière :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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pdf(file="C:/Users/.../graphique.pdf", width = 8, height = 15, pointsize = 10)
   plot(net, size = (TAB), fast =FALSE,scale.ratio = 30,show.mutation=1,pie=N[], 
col=c("Site1"="#CCFFFF","Site2"="#0066FF","Site3"="#0033FF","Site4"="#3366FF")
, cex = 0.5,label=FALSE,main="Reseau d'haplotype")
   legend("bottomleft", colnames(Had), 
col=c("Site1"="#CCFFFF","Site2"="#0066FF","Site3"="#0033FF","Site4"="#3366FF")
, pch=19, ncol=4, cex= 0.8)       
dev.off()

Mais je me retrouve dans la même situation. Ma légende présente les couleurs que je souhaite associé aux bons sites. Par contre le plot n'affiche pas les bonnes couleurs. (Toujours couleur aléatoire)

Bien cordialement,

[olivier.decourt]

Il faudrait voir dans l'aide de la fonction plot que vous utilisez (qui n'est pas la fonction plot de base mais un plot.xxx avec xxx le type de votre objet "net") si l'option est bien col. Et peut-être y a-t-il des exemples de paramétrage.

[elgateau]

Bonjour,

J'ai regardé comme vous me l'avez conseillé et le problème vient bien de là.

Il ne s'agit pas de l'option col mais de l'option bg pour back ground.
bg permet de colorier le fond des cercles.

J'ai donc mis le vecteur de couleur avec bg et supprimer col et en faisant ainsi mon problème est résolu.

Merci beaucoup de votre aide.

Bien cordialement,