Bonjour,

Je démarre en r, et j'aimerai comparer deux fichier.

-> gene_splite: tableau de 986 ligne et 14 colonnes. La 1ere colonne contient toujours un gène. Les colonne 2 a 14 contiennent soit un gène, soit sont vides
-> gene_list: vecteur contenant une liste de gènes

Je souhaiterai ajouter une colonne dans gene_splite qui indiquerait si la ligne de ce tableau contient un gène qu'on peut retrouver dans gene_list.
J'ai fait plusieurs tentative, mais les résultats ne correspondent pas à ma vérification manuelle sur les premières lignes. Pourriez vous m'aider à voir où se situe le problème



Voici à quoi ressemble gene_splite

Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
1
2
3
4
5
6
7
8
9
 
 [,1]             [,2]                 [,3]              [,4]             [,5]             [,6]               [,7]            [,8]         [,9]     [,10]    [,11]    [,12]   
  [1,] "TPOJSF18"       ""                   ""                ""               ""               ""                 ""              ""           ""       ""       ""       ""      
  [2,] "MLI4"           "B3AZVT6"            ""                ""               ""               ""                 ""              ""           ""       ""       ""       ""      
  [3,] "POJU2"          ""                   ""                ""               ""               ""                 ""              ""           ""       ""       ""       ""      
  [4,] "POJU2"          "PAZK4"              ""                ""               ""               ""                 ""              ""           ""       ""       ""       ""      
  [5,] "SPM45B1"        ""                   ""                ""               ""               ""                 ""              ""           ""       ""       ""       ""      
  [6,] "UPO4B"          ""                   ""                ""               ""               ""                 ""              ""           ""       ""       ""       ""      
  [7,] "CTUY6"          "MNUFR"              ""                ""               ""               ""                 ""              ""           ""       ""       ""       ""
Voici à quoi ressemble gene_list

Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
1
2
3
 
 
 [1] "ABS1"      "ABST"       "ABCZ2"      "AJPB7"      "ASDC9"      "ABSD"      "AB4"      "ABJK5"      "POK9"      "THIO"      "LOKL"      "UTRC"       "OTRA"

Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
 
 
for (i in 1:nrow(gene_splite)){
 for (j in 1:ncol(gene_splite)){
   for (k in gene_list){
     if (gene_splite[i,j] == k)
    {
     gene_splite$Present[i] ="yes"
     }
 
  }}}



Désolé, si mon message n'est pas bien formaté, je ne savais pas comment faire.
N'hésitez pas à me demander plus d'information pour pouvoir m'aider

Merci d'avance,

Aline