Discussion :

[xcchaossx]

Bonjour à tous,
Je début avec python et j'espère trouver des conseils sur ce forum.
Je souhaite extraire les températures d'un fichier netcdf pour construire un tableau simple et l'écrire dans un fichier .csv.
Pour cela j'utilise les modules netCDF4, numpy et pandas.
Le script fonctionne bien (je le copie ci-dessous avec les sorties print également), mais j'ai à la fin une erreur que je n'arrive pas à résoudre pour le moment et ce malgré mes recherches.

l'erreur est la suivante : IndexError: index 18224 is out of bounds for axis 1 with size 1, elle survient après que l'implémente une petite boucle en fin de script.

J'espère trouver de l'aide/des conseils ici.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
 
 
Extraire serie temporelle dun fichier netcdf dans un .csv
 
##Modules a importer
import netCDF4
from netCDF4 import Dataset
import numpy as np
import pandas as pd
 
##Lire le fichier netcdf
data = Dataset(r'/gpfs/home/UDCPP/barrier_c/Test_NCO/temp_Corse_10m_201704.nc', 'r')
 
 
##Extraire lon et lat
 
lat = data.variables['latitude'][:]
>>> print(lat)
[[41.123375  41.123375  41.123375  ... 41.123375  41.123375  41.123375 ]
 [41.1341975 41.1341975 41.1341975 ... 41.1341975 41.1341975 41.1341975]
 [41.14502   41.14502   41.14502   ... 41.14502   41.14502   41.14502  ]
 ...
 [43.26623   43.26623   43.26623   ... 43.26623   43.26623   43.26623  ]
 [43.2770525 43.2770525 43.2770525 ... 43.2770525 43.2770525 43.2770525]
 [43.287875  43.287875  43.287875  ... 43.287875  43.287875  43.287875 ]]
 
lon = data.variables['longitude'][:]
>>> print(lon)
[[ 8.218151   8.2326964  8.2472418 ... 10.1526892 10.1672346 10.18178  ]
 [ 8.218151   8.2326964  8.2472418 ... 10.1526892 10.1672346 10.18178  ]
 [ 8.218151   8.2326964  8.2472418 ... 10.1526892 10.1672346 10.18178  ]
 ...
 [ 8.218151   8.2326964  8.2472418 ... 10.1526892 10.1672346 10.18178  ]
 [ 8.218151   8.2326964  8.2472418 ... 10.1526892 10.1672346 10.18178  ]
 [ 8.218151   8.2326964  8.2472418 ... 10.1526892 10.1672346 10.18178  ]]
 
##Extraire la latitude et la longitude dun site donné
lat_calvi =  42.57
lon_calvi =  8.75
 
##Squared difference of lat and lon
sq_diff_lat = (lat - lat_calvi)**2
sq_diff_lon = (lon - lon_calvi)**2
 
##Identifying the index of the minimum value for lat and lon
min_index_lat = sq_diff_lat.argmin()
min_index_lon = sq_diff_lon.argmin()
 
>>> print(min_index_lat)
18224
 
>>> print(min_index_lon)
37
 
temp = data.variables['TEMP'][:]
>>> print(temp)
[[[[14.295403480529785 14.60593032836914 15.037308692932129 ...
    13.44691276550293 13.448591232299805 13.447751998901367]
   [14.130069732666016 14.316385269165039 14.63278579711914 ...
    13.44691276550293 13.448591232299805 13.447751998901367]
   [14.061250686645508 14.13510513305664 14.323938369750977 ...
    13.44691276550293 13.448591232299805 13.447751998901367]
   ...
##Creer un tableau "vide" que l'on va remplir avec les données
##date de début du tableau, index[7] + date de départ
starting_date = data.variables['time'].units[7] + '2017-04-01'
>>> starting_date
' 2017-04-01'
 
##date de fin du tableau, index[7] + date de fin
ending_date = data.variables['time'].units[7] + '2017-04-30'
>>> ending_date
' 2017-04-30'
 
date_range = pd.date_range(start = starting_date, end = ending_date)
>>> date_range
DatetimeIndex(['2017-04-01', '2017-04-02', '2017-04-03', '2017-04-04',
               '2017-04-05', '2017-04-06', '2017-04-07', '2017-04-08',
               '2017-04-09', '2017-04-10', '2017-04-11', '2017-04-12',
               '2017-04-13', '2017-04-14', '2017-04-15', '2017-04-16',
               '2017-04-17', '2017-04-18', '2017-04-19', '2017-04-20',
               '2017-04-21', '2017-04-22', '2017-04-23', '2017-04-24',
               '2017-04-25', '2017-04-26', '2017-04-27', '2017-04-28',
               '2017-04-29', '2017-04-30'],
              dtype='datetime64[ns]', freq='D')
 
 
df = pd.DataFrame(0, columns = ['temp'], index = date_range)
>>> df
            temp
2017-04-01            0
2017-04-02            0
2017-04-03            0
2017-04-04            0
2017-04-05            0
2017-04-06            0
2017-04-07            0
2017-04-08            0
2017-04-09            0
2017-04-10            0
2017-04-11            0
2017-04-12            0
2017-04-13            0
2017-04-14            0
2017-04-15            0
2017-04-16            0
2017-04-17            0
2017-04-18            0
2017-04-19            0
2017-04-20            0
2017-04-21            0
2017-04-22            0
2017-04-23            0
2017-04-24            0
2017-04-25            0
2017-04-26            0
2017-04-27            0
2017-04-28            0
2017-04-29            0
2017-04-30            0
 
 
 
dt = np.arange(0, data.variables['time'].size)
 
for time_index in dt:
    df.iloc[time_index] = temp[time_index,min_index_lat ,min_index_lon]
... 
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 2, in <module>
  File "/gpfs/apps/miniconda3/lib/python3.7/site-packages/numpy/ma/core.py", line 3188, in __getitem__
    dout = self.data[indx]
IndexError: index 18224 is out of bounds for axis 1 with size 1
 
 
##Sauver la série temporelle dans un .csv
df.to_csv('temp_test.csv')

[lg_53]

Bonsoir

Il faut bien regarder la taille de vos objets. Rien de tel que des print(mon_array.shape), où vous remplacez mon_array, par bien sûr, vos tableaux à vous, et vérifier que les tailles sont bien celles attendues. Car là le message est clair: vous essayez de lire ou d'écrire une valeur dans une matrice, a un indice qui n'existe pas ! C'est comme si vous demandiez la valeur 3 ième colonne, 10 ligne, d'une matrice 4*4. D'où le problème