Discussion :

[wiztricks]

Salut,

Si vous voulez ajouter une liste à deux éléments à chaque itération, il faut construire la liste à ajouter avec les éléments choisis puis ajouter la liste (plutôt qu'ajouter les éléments).

Poster du code comme:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
		if line.startswith('PICK'):
			l = line.split(' ')
			d.append(line[3])
			d.append(line[5])

est une très bonne idée mais relisez le avant car ce n'est pas la bonne version (celle qui fait la sortie que vous présentez: line n'est pas l...).

- W

[Beginner.]

Salut,

Est-ce cela fonctionne vraiment avec l = line.split(' ') ?

Sinon il y aura peut-être aussi un problème par rapport à la ligne 6 l = line.split(' ') car il se peut que les données ne soit pas séparées par un seul espace... D'ailleurs il y a plusieurs espaces entre les données dans le texte posté par judkil... Dans le fichier il se peut que ce soit une tabulation...

[judkil]

J'ai retiré cette ligne

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

l = line.split(' ')

car cela ne marchait pas

[judkil]

J'obtiens

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

  ['N', 'VAL', 'CA',  'VAL']

et non

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

[['N', 'VAL'],['CA',  'VAL']]

[BufferBob]

salut,

extraire uniquement les lignes avec PICK et les colonnes 3, 4, 6, 7, 8 et 9 (...) Puis convertir la colonne 6 en entier, et mettre les 3 dernières colonnes en format décimal car tout est par défaut en chaîne de caractères. (...) stocké (...) dans une liste nommé liste_atomes

je choisis de te répondre.

un truc comme ça devrait fonctionner :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
import re
 
liste_atomes = []
with open('donnees.txt', 'r') as f:
    for line in f:
        if line.startswith('PICK'):
            l = re.split(r'[\s]+', line.rstrip())[2:10]
            l = l[:2] + l[3:]
            l[2] = int(l[2])
            l[3:] = map(float, l[3:])
            liste_atomes.append(l)

et le résultat :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
[['N', 'VAL', 1, 10.72, 19.523, 6.163],
 ['CA', 'VAL', 1, 10.228, 20.761, 6.807],
 ['C', 'VAL', 1, 8.705, 20.714, 6.878],
 ['O', 'VAL', 1, 8.164, 20.005, 6.015],
 ['CB', 'VAL', 1, 10.602, 22.0, 5.966],
 ['CG1', 'VAL', 1, 10.307, 23.296, 6.7],
 ['CG2', 'VAL', 1, 12.065, 21.951, 5.544]]

la compréhension du code est laissée en exercice, si ça t'intéresse.

[judkil]

Oui merci je suis en train de le lire lignes par lignes.....

[judkil]

Je pense que je n'ai pas toute à fait bien présenter le problème

Voici le input

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
Voici la position des string pour extraire les chaine de caractere
[0:6]  [6:11] [12:16] [17:20] [21:22] [22:26] [30:38] [38:46] [46:54]
PICK   1291    C       ASP     B       275     36.749  95.634  34.461

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
PICK   1288  ND2 ASN B 274      36.786  93.769  29.079
PICK   1289  N   ASP B 275      36.697  93.705  32.859
PICK   1290  CA  ASP B 275      37.362  94.316  34.010
PICK   1291  C   ASP B 275      36.749  95.634  34.461
PICK   1292  O   ASP B 275      36.698  95.930  35.652
PICK   1293  CB  ASP B 275      38.837  94.563  33.695
PICK   1294  CG  ASP B 275      39.609  93.283  33.449
PICK   1295  OD1 ASP B 275      39.558  92.378  34.313
PICK   1296  OD2 ASP B 275      40.277  93.192  32.395
PICK   1297  N   ASN B 276      36.311  96.431  33.496
HETPCK 1587 ZN    ZN A 501      45.429  65.126  31.470
HETPCK 1588 ZN    ZN B 502      17.304  93.631  37.510