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  1. #1
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    Points
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    Par défaut probleme script enregistrement de valeurs dans un fichier csv
    Bonjour,

    j'ai un problème avec mon script imagej:

    Script:
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    // Ouverture du dossier contenant les images à traiter et ou les enregistrer
    input = getDirectory("Dossier à traiter?"); 
    list = getFileList(input); 
    output = getDirectory("Ou enregistrer?");
     
      Dialog.create("operating system");
      Dialog.addChoice("Type:", newArray("Linux", "Windows"));
      Dialog.show();
      type = Dialog.getChoice();
     
      if (type=="Linux") os="\/";
     
      if (type=="Windows") os="\\";
     
     
    // Liste des images
    for (i=0; i<list.length; i++)
    {
        image = list[i];
        path = input + image;
     
    // Utilisation de Bio-Formats macro avec recuperation des données 
        run("Bio-Formats Macro Extensions");
        Ext.setId(path);
        Ext.getCurrentFile(file);
        Ext.getSeriesCount(seriesCount);
     
     
     
    // Importation de Bio-Formats (chemin du stack d'image, mode couleur,hyperstack, serie d'images)
        run("Bio-Formats Importer", "open=&path  color_mode=Colorized view=Hyperstack stack_order=XYCZT series_");
     
    // Titre de l'image
        t=getTitle();
     
    // Creation d'un sous repertoire pour y stocker les images finales
        sub_output = output +t+" Bacteria";
        File.makeDirectory(sub_output);                                                 
        close();
     
    //Creation tableau csv
        table1=*"Results of "+t*;
        Table.create(table1)*;
     
    // Creation Array pour %Bacteria et %Area
     
     
     
    // Importation des differentes series du numero 4 au maximum
        	for (s=4; s<=seriesCount; s++)
    	{
     
    		run("Bio-Formats Importer", "open=&path color_mode=Colorized split_channels view=Hyperstack stack_order=XYCZT series_"+s);  
     
    		run("Close");
     
    // Titre de l'image
            	subtitle=getTitle();
     
    		run("Duplicate...","title=["+ subtitle+" -Bacteria]");
    		run("32-bit");
    		run("Maximum...");//"radius=2"
    		waitForUser;
     
    		imageCalculator("Subtract create 32-bit", subtitle,subtitle+" -Bacteria");
    		selectWindow("Result of "+subtitle);
    		setOption("BlackBackground", false);
    		run("Make Binary");
    		run("Close-");
    		waitForUser;
     
    		run("Set Measurements...", "area mean min centroid center perimeter fit median display redirect=None decimal=3");
    		run("Analyze Particles...", "size=0-Infinity circularity=0.0-1.0 display clear summarize add in_situ");
    		waitForUser;
     
    // Recuperation de la valeur %Area 
        selectWindow("Summary")*;
        IJ.renameResults("Summary","Results");
     
        pArea=getResult("%Area",0)*;
        pBacteria=pArea*;
     
     
        waitForUser;
     
    // Selection du tableau et insertion des valeurs (nom de l'image, %Area, % bacteria)
        selectWindow(*"Results of "+t)*;
     
        Table.set("Slice", s-4,subtitle)*;
        Table.set("% Area",s-4,pArea)*;
        Table.set("% Bacteria",s-4,pBacteria)*;
     
        Table.update;
     
     
    waitForUser;
    // Enregistrement du fichier csv
        Table.save(sub_output + os + t + " bacteria Summary.csv");
     
    // Enregistrement de l'image et region d'interet
        selectWindow(subtitle);
        saveAs("Tiff",  sub_output + os+ subtitle+ "+bacteria");
        roiManager("Save", sub_output + os + subtitle+ " Bacteria Roi.zip");
        waitForUser;
    	}
     
    open(sub_output + os + t + " bacteria Summary.csv");
    //selectWindow(t + " bacteria Summary.csv");
     
    ValTab=Table.size();
    ArrAr=newArray(ValTab);
    ArrBact=newArray(ValTab);
     
    for(i=0;i<=(ValTab-1);i++)
    {
    selectWindow( t + " bacteria Summary.csv");
    print("tableau: ",  t + " bacteria Summary.csv");
    print("valeur :",i);
    ArrAr[i]=getResult("% Area",i);
    ArrBact[i]=getResult("% Bacteria",i);
    print("Area :",ArrAr[i]);
    print("Bacteria :",ArrBact[i]);
    }
    waitForUser;
     
    Array.sort(ArrAr);
    Array.sort(ArrBact);
     
    LAr=ArrAr.length;
    LBa=ArrBact.length;
     
     
    // calcul de la mediane
     
    if ((LAr % 2)==0){
     
    print("Pair");
    MAr1=ArrAr[((LAr/2)-1)];
    MAr2=ArrAr[(LAr/2)];
    MedArea=((MAr1+MAr2)/2);
    print(MAr1);
    print(MAr2);
    print(MedArea);
     
    }
     
    if ((LAr % 2)==1){
     
    print("Impair");
    MedArea=ArrAr[(LAr/2)];
    print(MedArea);
     
    }
     
    waitForUser;
     
     
    if ((LBa % 2)==0){
     
    print("Pair");
    LBa1=ArrBact[((LBa/2)-1)];
    LBa2=ArrBact[(LBa/2)];
    MedBact=((LBa1+LBa2)/2);
    print(LBa1);
    print(LBa2);
    print(MedBact);
     
    }
     
    if ((LBa % 2)==1){
     
    print("Impair");
    MedBact=ArrBact[(LBa/2)];
    print(MedBact);
     
    }
    waitForUser;
    selectWindow( t + " bacteria Summary.csv");
    Array.getStatistics(ArrAr, minA, maxA, meanA, stdA);
     
    Table.set("Slice", ValTab,"Mean");
    Table.set("% Area",ValTab, meanA);
    Table.set("Slice", ValTab+1,"Median");
    Table.set("% Area",ValTab+1, MedArea);
    Table.set("Slice", ValTab+2,"Min");
    Table.set("% Area",ValTab+2, minA);
    Table.set("Slice", ValTab+3,"Max");
    Table.set("% Area",ValTab+3, maxA);
    Table.set("Slice", ValTab+4,"SD");
    Table.set("% Area",ValTab+4, stdA);
    Table.update;
     
    Array.getStatistics(ArrBact, minB, maxB, meanB, stdB);
     
    Table.set("Slice",ValTab,"Mean");
    Table.set("% Bacteria",ValTab, meanB);
    Table.set("Slice", ValTab+1,"Median");
    Table.set("% Bacteria",ValTab+1, MedBact);
    Table.set("Slice", ValTab+2,"Min");
    Table.set("% Bacteria",ValTab+2, minB);
    Table.set("Slice", ValTab+3,"Max");
    Table.set("% Bacteria",ValTab+3, maxB);
    Table.set("Slice", ValTab+4,"SD");
    Table.set("% Bacteria",ValTab+4, stdB);
    Table.update;
     
     
     Table.save(sub_output + os + t + " bacteria Summary.csv");
     
     
     
    }
    voici la fenetre Debug:
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    Memory	*	185MB of 1820MB (10%)
    nImages()	*	18
    getTitle()	*	"image.lif - Image009 - C=0+bacteria.tif"
    input	*	"/home/user/Bureau/images/"
    list	*	array[1]
    output	*	"/home/user/Bureau/images/"
    type	*	"Linux"
    os	*	"/"
    i	*	1
    image	*	"image.lif"
    path	*	"/home/user/Bureau/images/image.lif"
    file	*	"/home/user/Bureau/images/image.lif"
    seriesCount	*	9
    t	*	"image.lif - Series001"
    sub_output	*	"/home/user/Bureau/images/image.lif - Series001 Bacteria"
    table1	*	"Results of image.lif - Series001"
    s	*	10
    subtitle	*	"image.lif - Image009 - C=0"
    pArea	*	28.7523
    pBacteria	*	28.7523
    ValTab	*	6
    ArrAr	*	array[6]
    ArrBact	*	array[6]
     
    ---		---
    Error:		Row (1) out of range in line 119:
    		ArrAr [ i ] = getResult ( "% Area" , i <)> ;
    voici ce que retourne la fenetre log:

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    image:  image.lif - Series001 bacteria Summary.csv
    valeur : 0
    Area : NaN
    Bacteria : NaN
    image:  image.lif - Series001 bacteria Summary.csv
    valeur : 1
    voici ce que retourne mon tableau de valeurs:

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    Slice                                         % Area      %Bacteria
    image.lif - Image004 - C=0	31.155	31.155
    image.lif - Image005 - C=0	33.537	33.537
    image.lif - Image006 - C=0	32.691	32.691
    image.lif - Image007 - C=0	29.726	29.726
    image.lif - Image008 - C=0	30.546	30.546
    image.lif - Image009 - C=0	28.752	28.752
    Je ne sais pas à quoi cela est du.

    Car si j'utilise ce script:

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    // Ouverture du dossier contenant les images &#65533; traiter et ou les enregistrer
    input = getDirectory("Dossier &#65533; traiter?"); 
    list = getFileList(input); 
    output = getDirectory("O&#65533; enregistrer?");
     
      Dialog.create("operating system");
      Dialog.addChoice("Type:", newArray("Linux", "Windows"));
      Dialog.show();
      type = Dialog.getChoice();
     
      if (type=="Linux") os="\/";
     
      if (type=="Windows") os="\\";
     
     
    // Liste des images
    for (i=0; i<list.length; i++)
    {
        image = list[i];
        path = input + image;
     
    // Utilisation de Bio-Formats macro avec recuperation des donn&#65533;es 
        run("Bio-Formats Macro Extensions");
        Ext.setId(path);
        Ext.getCurrentFile(file);
        Ext.getSeriesCount(seriesCount);
     
     
     
    // Importation de Bio-Formats (chemin du stack d'image, mode couleur,hyperstack, serie d'images)
        run("Bio-Formats Importer", "open=&path  color_mode=Colorized view=Hyperstack stack_order=XYCZT series_");
     
    // Titre de l'image
        t=getTitle();
     
    // Creation d'un sous repertoire pour y stocker les images finales
        sub_output = output +t+" Bacteria";
        File.makeDirectory(sub_output);                                                 
        close();
     
    //Creation tableau csv
        table1=*"Results of "+t*;
        Table.create(table1)*;
     
    // Creation Array pour %Bacteria et %Area
     
     
     
    // Importation des differentes series du numero 4 au maximum
        	for (s=4; s<=seriesCount; s++)
    	{
     
    		run("Bio-Formats Importer", "open=&path color_mode=Colorized split_channels view=Hyperstack stack_order=XYCZT series_"+s);  
     
    		run("Close");
     
    // Titre de l'image
            	subtitle=getTitle();
     
    print("Inserer ici le script");
     
        waitForUser;
    	}
     
    open(sub_output + os + t + " bacteria Summary.csv");
    //selectWindow(t + " bacteria Summary.csv");
     
    ValTab=Table.size();
    ArrAr=newArray(ValTab);
    ArrBact=newArray(ValTab);
     
    for(i=0;i<=(ValTab-1);i++)
    {
    selectWindow( t + " bacteria Summary.csv");
    print("image: ",  t + " bacteria Summary.csv");
    print("valeur :",i);
    ArrAr[i]=getResult("% Area",i);
    ArrBact[i]=getResult("% Bacteria",i);
    print("Area :",ArrAr[i]);
    print("Bacteria :",ArrBact[i]);
    }
    waitForUser;
     
    Array.sort(ArrAr);
    Array.sort(ArrBact);
     
    LAr=ArrAr.length;
    LBa=ArrBact.length;
     
     
    // calcul de la mediane
     
    if ((LAr % 2)==0){
     
    print("Pair");
    MAr1=ArrAr[((LAr/2)-1)];
    MAr2=ArrAr[(LAr/2)];
    MedArea=((MAr1+MAr2)/2);
    print(MAr1);
    print(MAr2);
    print(MedArea);
     
    }
     
    if ((LAr % 2)==1){
     
    print("Impair");
    MedArea=ArrAr[(LAr/2)];
    print(MedArea);
     
    }
     
    waitForUser;
     
     
    if ((LBa % 2)==0){
     
    print("Pair");
    LBa1=ArrBact[((LBa/2)-1)];
    LBa2=ArrBact[(LBa/2)];
    MedBact=((LBa1+LBa2)/2);
    print(LBa1);
    print(LBa2);
    print(MedBact);
     
    }
     
    if ((LBa % 2)==1){
     
    print("Impair");
    MedBact=ArrBact[(LBa/2)];
    print(MedBact);
     
    }
    waitForUser;
    selectWindow( t + " bacteria Summary.csv");
    Array.getStatistics(ArrAr, minA, maxA, meanA, stdA);
     
    Table.set("Slice", ValTab,"Mean");
    Table.set("% Area",ValTab, meanA);
    Table.set("Slice", ValTab+1,"Median");
    Table.set("% Area",ValTab+1, MedArea);
    Table.set("Slice", ValTab+2,"Min");
    Table.set("% Area",ValTab+2, minA);
    Table.set("Slice", ValTab+3,"Max");
    Table.set("% Area",ValTab+3, maxA);
    Table.set("Slice", ValTab+4,"SD");
    Table.set("% Area",ValTab+4, stdA);
    Table.update;
     
    Array.getStatistics(ArrBact, minB, maxB, meanB, stdB);
     
    Table.set("Slice",ValTab,"Mean");
    Table.set("% Bacteria",ValTab, meanB);
    Table.set("Slice", ValTab+1,"Median");
    Table.set("% Bacteria",ValTab+1, MedBact);
    Table.set("Slice", ValTab+2,"Min");
    Table.set("% Bacteria",ValTab+2, minB);
    Table.set("Slice", ValTab+3,"Max");
    Table.set("% Bacteria",ValTab+3, maxB);
    Table.set("Slice", ValTab+4,"SD");
    Table.set("% Bacteria",ValTab+4, stdB);
    Table.update;
    }
    et voici ce que retourne mon tableau:

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    1
    2
    3
    4
    5
    6
    7
    8
    9
    10
    11
    12
    13
    14
    15
     
    Slice                                         % Area      %Bacteria
    image.lif - Image004 - C=0	31.155	31.155
    image.lif - Image005 - C=0	33.537	33.537
    image.lif - Image006 - C=0	32.691	32.691
    image.lif - Image007 - C=0	29.726	29.726
    image.lif - Image008 - C=0	30.546	30.546
    image.lif - Image009 - C=0	28.752	28.752
    Mean	31.068	31.068
    Median	30.851	30.851
    Min	28.752	28.752
    Max	33.537	33.537
    SD	1.799	1.799
     
    C'est ce que je doit obtenir a la fin

    Merci pour votre aide.

  2. #2
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    Bonjour,

    J'ai resolu mon probleme:

    dans les lignes suivantes:
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    1
    2
    3
     
    ArrAr[i]=getResult("% Area",i);
    ArrBact[i]=getResult("% Bacteria",i);
    il faut les remplacer par:

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    1
    2
    3
     
    ArrAr[i]=Table.get("% Area",i);
    ArrBact[i]=Table.get("% Bacteria",i);
    Bien cordialement

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