Discussion :

[melanigoudouille]

Bonjour à tous !
Actuellement étudiante je travaille sur un script qui me pose quelques problèmes.
Le but est de sélectionner certaines lignes et de les écrire dans un autre fichier. Le fichier d'entrée contient des informations de ce type :

>SRT_90m0 (l'identifiant)
ERGTHOHIJQBHILUIRGHBVEGHIEUAZ (la séquence)
>SRH_90m5
IUERRGHIUEGHIUERGHIUEGHTH
>SRT_90m8
ERGTHEUUGHMREPEKLANAEHUAZ

J'aimerais par exemple enregistrer toutes les info (identifiants + séquences) des données ayant SRT dans leur identifiant pour avoir seulement ces données là dans un fichier (je ne sais pas si ce que je raconte est très clair )

Pour ça j'ai fait ce script :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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def IDseq(f1,f2,nom):
    a=open(f1,'r')#on ouvre notre fichier entree
    b=open(f2,'w')#on ouvre notre fichier sortie
    ligne=a.read()#ligne correspond a la lecture du fichier a
    fin=0
    while ligne:
        deb=ligne[fin:].find(nom)#on cherche nom dans tout le fichier a partir de 0
        fin=ligne[deb:].find(">")+len(">")#on cherche > et ce qu'il y a avant a parti du nom
        b.write(ligne[deb:fin])#on ecrit tout ce qu on a entre nos balises inclues
    a.close()
    b.close()
 
IDseq(r"C:\Users\33652\Desktop\programme\entree.txt", r"C:\Users\33652\Desktop\programme\sortie.txt", "SFR")

Rien ne s'écrit dans mon fichier de sortie, pouvez-vous m'éclairer ?
Merci d'avance !

[wiztricks]

Salut,

Rien ne s'écrit dans mon fichier de sortie, pouvez-vous m'éclairer ?

Vous avez juste écrit une fonction qui appelée vous ferait découvrir bien d'autres surprises... sauf à supposer que le fichier lu soit vide.

note: si vous écrivez une boucle while condition sans vous assurez que condition passe à faux un jour dans le corps de la boucle, vous devriez passer du temps à apprendre à programmer (il y a des exercices corrigés) plutôt que de vous lancer à programmer en espérant que çà tombe en marche (ou qu'on fera le boulot à votre place).

- W

[BufferBob]

salut,

en admettant que l'identifiant et la séquence tiennent chacun sur 1 ligne un truc comme ça doit faire l'affaire :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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with open(fichier_in, 'r') as f1, open(fichier_out, 'w') as f2:
    while True:
        identifiant = f1.readline()
        sequence = f1.readline()
        if not identifiant:  # fin de fichier, on quitte le while
            break
        if identifiant.startswith('>SRT'):
            f2.write(identifiant)
            f2.write(sequence)

[wiztricks]

en admettant que l'identifiant et la séquence tiennent chacun sur 1 ligne un truc comme ça doit faire l'affaire

Ça va jusqu'à la ligne qui commence par un '>' (ou la fin du fichier).
Relit le code: le découpage est presque bon.

C'est la compréhension de ce qu'est une fonction, d'une boucle while et du balayage du contenu du fichier qui ne va pas du tout. Tout ce qu'on est supposé apprendre dans les premiers chapitres d'un tuto.

- W

[BufferBob]

Ça va jusqu'à la ligne qui commence par un '>' (ou la fin du fichier).

yep, possible. je faisais une assertion sur la structure de ses données.

sinon plus proche de sa façon de faire on peut aussi passer par une regexp :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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import re
 
with open(fichier_in, 'r') as f1, open(fichier_out, 'w') as f2:
    content = f1.read()
    f2.write(''.join(re.findall(r'>SRT.+?(?=>|$)', content, re.DOTALL)))

[wiztricks]

sinon plus proche de sa façon de faire on peut aussi passer par une regexp

Il y a plein de façons de faire.

Et l'idée de départ n'est pas mauvaise pourquoi en changer plutôt qu'essayer de comprendre pourquoi çà ne fonctionne pas?

Ces lignes là:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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        deb=ligne[fin:].find(nom)#on cherche nom dans tout le fichier a partir de 0
        fin=ligne[deb:].find(">")+len(">")#on cherche > et ce qu'il y a avant a parti du nom
        b.write(ligne[deb:fin])#on ecrit tout ce qu on a entre nos balises inclues

n'ont aucune chance de fonctionner: ligne[deb:fin] extrait une sous chaine du tableau avec des indices absolus (commençant à partir du premier caractère) alors que deb=ligne[fin:].find(nom) récupère un indice relatif à la sous chaine qui commence à fin.

Même si on ne connaît pas la façon pythonique de faire çà, on peut réfléchir, tester un peu et corriger çà facilement.

- W