Discussion :

[Matou06]

Bonjour,

Je souhaite afficher des valeurs sur mon boxplot mais je ne comprend pas pourquoi le résultat du calcul est faux :

Mon dataframe "DFacte" comporte :
-une colonne "Num_etablissement" qui est le numéro d'un établissement : 1;2;3;4;...
-une colonne "Type_etablissement" qui est une variable catégorielle : "CHU"; "CH"; "Privé"...
-une colonne "PDS" qui est une variable numérique continue

Ce qui donne ça par exemple:

Code :

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Num_etablissement <- rep ( c(1,2,3),3)
Type_etablissement <- rep ( c("CH","CHU","CH"),3)
PDS <-rnorm(9, mean=5, sd= 1.2)
 
DFacte <- data.frame(Num_etablissement,Type_etablissement,PDS)

Je défini ma fonction qui permet d'inscrire le nombre de valeurs utilisé sous chaque boxplot (cette fonction fonctionne parfaitement :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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n_fun <- function(x)  {
    return(data.frame (y=-5, label=paste0("n=",length(x)))) }

Je défini ma deuxième fonction qui doit me permettre d'écrire le nombre d'établissement différent utilisé sous chaque boxplot (c'est là que ça ne marche pas, ça me donne 0 pour tous les résultats - je ne vois pas où est mon erreur) :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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n_fun2 <- function(x)  {
    return(data.frame (y=-10, label=paste0("centres=", length(unique(DFacte$Num_etablissement[DFacte$Type_etablissement=="x"] )) ))) }

Je créé mon boxplot :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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ggplot(DFacte)  +
aes(x=Type_etablissement,y=PDS)+
geom_boxplot(alpha=0.7)+
stat_summary(fun.data=n_fun, geom="text")+
stat_summary(fun.data=n_fun2, geom="text")

qui me donne centres = 0 pour mes 2 boxplot au lieu de centres=2 pour le CH et centres=1 pour le CHU:

[olivier.decourt]

Bonjour.
Dans le code de ta fonction n_fun2, le x n'a pas à être entre guillemets. Si tu fais des tests avec n_fun2("CHU"), tu verras que tu obtiens 0 en laissant "x" mais le bon comptage avec un simple x dans [DFacte$Type_etablissement==x].
Mais en plus de ça, la fonction n_fun2 même corrigée ne fonctionnera pas dans ggplot car le lien avec l'esthétique x ne se fera pas.
Je pense que le plus simple serait de préparer un second data.frame avec les statistiques à afficher, et de le proposer comme données aux géométries de texte.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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DFacte2 <- DFacte %>% 
              group_by(Type_etablissement) %>% 
              summarise(n=n(),
                        centres=length(unique(Num_etablissement))) %>% 
              mutate(texte1 = paste0("n=",n),
                     texte2 = paste0("centres=",centres))
 
ggplot(DFacte)  +
  aes(x=Type_etablissement,y=PDS)+
  geom_boxplot(alpha=0.7)+
  geom_text(data=DFacte2,
            aes(y=-5, label=texte1))+
  geom_text(data=DFacte2,
            aes(y=-10, label=texte2))

[Matou06]

Merci Olivier, c'est une excellente solution !
Bonne journée

Matou