macro - élimine les slices noires dans un stack RGB

**Marie-Julie** · 15/11/2019, 14h41

Bonjour

,

J'ai besoin d'aide pour écrire une macro servant à éliminer les slices noires dans un stack :

J’ai dans un dossier une série de stacks 1,2,3, etc (environ 60 selon la manip) dont chacun est composé de 3 couleurs (Bleu, Vert, Rouge) et d’un nombre X de slices (environ 90).
J’aimerai faire une macro qui, pour chaque stack, supprime les slices dont la moyenne de l’intensité du canal vert est inérieure à 1 et me donne un nouveau stack corrigé.

La macro doit donc :
Appeler le stack 1 dans le dossier sélectionné
Parcourir les slices
Calculer l’intensité du canal vert (channel 2) du premier plan
Si « mean » est inférieure à 1 (l’image est quasiment noire) : supprimer le plan (donc les images Bleu+Verte+Rouge de ce plan)
Si « mean » est supérieure à 1 : passer à la slice suivante
Enregistré le stack corrigé dans le dossier « Correction » sous un nouveau nom « Stack-1-correct »
Passer au stack suivant jusqu’au dernier

Et tout ça est clairement trop compliqué pour mon mini niveau de programmation !
Merci d'avance pour votre aide, je vous en serai vraiment très reconnaissante !!

Marie

**Tchoukatroc** · 26/11/2019, 18h03

Bonjour,

Serait-il possible d'avoir un lien pour télécharger un des stacks? Je ne promet rien, mais je pourrais faire la macro si j'ai un peu de temps.

Cédric

**Marie-Julie** · 02/12/2019, 17h14

Bonjour Cédric,

Merci beaucoup pour votre réponse !!
Voici un lien où on peut télécharger les stacks : https://drive.google.com/open?id=1Lu...hVkaU7BfF_71X0

J'utilise pour l'instant la méthode "à la main" qui n'est pas super mais qui fonctionne...

**Tchoukatroc** · 05/12/2019, 10h25

Bonjour,

De quelle manière ouvrez vous ces fichiers dans imageJ? Est-ce que c'est le fichier .env qui permet d'ouvrir le stack? Ou faut-il un plugin particulier?
Et quel est le logiciel utilisé pour les acquisitions des images?

**Marie-Julie** · 06/12/2019, 15h23

Bonjour Cédric,

Pour ouvrir un stack, je fais :
file > import > image sequence
image > hyperstack > stack to hyperstack (paramètres : xyzct c=3 z=71 t=1)

voici le recorder :
run("Image Sequence...", "open=[/Volumes/PEGASUS/BIPHOTON - Datas en transit/20180816/00-Datas/2018-08-15-cmp8-230-446-DML-TseriesA-001] sort");
run("Stack to Hyperstack...", "order=xyzct channels=3 slices=71 frames=1 display=Color");
//run("Brightness/Contrast...");
run("Enhance Contrast", "saturated=0.35");

Pour mon traitement d'images, j'ai fais une série de macro que j'ai placé dans mon drive.
La macro A permet de transformer les datas brutes en stacks
La macro B écrase le stack en une seule image "maximum d'intensité"
La macro C compile toutes les images "maximum d'intensité" pour former un stack
La macro D corrige le drift sur ce dernier stack et me donne mon "film final"

Evidemment l'idéal serait de n'avoir qu'une seule macro qui fasse tout ce travail mais avec ces petits morceaux je gagne déjà beaucoup de temps.
Mon vrai problème est vraiment celui des images noires. Puisque lors de l'acquisition mon stack au temps 1 peut avoir les deux premières images noires et mon stack au temps 2 les deux dernières etc. Si je veux bien faire cela impliquerait que je note les détails de chacun des stacks et cela est impossible.

**Marie-Julie** · 06/12/2019, 15h24

Et pour l'acquisition des images c'est le logiciel Prairie de chez Bruker que j'utilise.

**Tchoukatroc** · 06/12/2019, 16h52

Ok,
J'ai commencé une macro pour ouvrir les stack et les convertir en hyperstack. Par contre, dans les fichiers que vous m'avez envoyé, il n'y a pas le même nombre de slices par channels, donc imageJ ne peut pas reconstruire d'hyperstack (run("Stack to Hyperstack...", "order=xyzct channels=3 slices=52 frames=1 display=Color"); retourne une erreur). Par exemple, le premier fichier contient 52 slices pour le channel 1 , 53 pour le channel 2 et 52 pour le channel 3. J'ai regardé plusieurs fichiers, ils ont tous des nombres différents de slices par channel. Est-ce que c'est normal ou bien vous avez déjà supprimé des images?

**Tchoukatroc** · 09/12/2019, 14h44

Bonjour,

Pourriez-vous tester ce code-ci sur vos images?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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dir = getDirectory("Choose a Directory");
list = getFileList(dir);
for(i=0; i<lengthOf(list); i++)
	{
	if (endsWith(list[i], ".env"))
		{
		run("Image Sequence...", "open=[" + dir + list[i] + "] sort");
		Stack.getDimensions(width, height, channels, slices, frames);
		run("Stack to Hyperstack...", "order=xyzct channels=3 slices=" + slices/3 + " frames=1 display=Color");
		}
	}	
 
Stack.getDimensions(width, height, channels, slices, frames);
Stack.setChannel(2);
sliceToDelete = newArray(slices);
for (s=1; s<=slices; s++)
	{
	Stack.setSlice(s);
	getStatistics(area, mean, min, max, std, histogram);
	if(mean<1) sliceToDelete[s-1] = "delete";	
	}
 
Stack.setChannel(2);
for (s=1; s<=slices; s++)
	{
	Stack.setSlice(s);
	if(toString(sliceToDelete[s-1]) == "delete") run("Delete Slice", "delete=frame");
	}

Pour l'instant, la macro demande de sélectionner un dossier contenant le stack, puis crée le stack et enlève les slices dont la moyenne d'intensité du channel 2 est < à 1.
Si ça fonctionne, je rajouterais le code pour traiter les images en batch.

**Marie-Julie** · 09/12/2019, 17h01

Merci pour le code !! Je l'ai testé sur une pile d'images qui justement à beaucoup de slices noires.
Dans un premier temps, j'ai pas vu d'amélioration (aucune ne s'était enlevée), donc j'ai modifié la moyenne d'intensité du canal vert de 1 à 20 qui me semblait mieux par rapport à mes datas. Mais j'ai eu un beug que j'ai screené et mis en PJ.
Dans ce stack, le code devrait idéalement enlevé les slices 1-2-3...-13.

Pour répondre au premier message, c'était bien les datas brutes que j'avais partagé, j'ai réessayé mon ancien code, je n'ai pas rencontré de problèmes en particulier mais effectivement il doit y avoir le même nombre d'images pour chacune des couleurs.
Si le problème se représente je peux mettre d'autres datas, plus récentes.

**Marie-Julie** · 09/12/2019, 17h02

La pile d'images dont je parle est Aa-002 : https://drive.google.com/open?id=1Lu...hVkaU7BfF_71X0

**Tchoukatroc** · 09/12/2019, 17h33

Voila la macro corrigée, elle a l'air de fonctionner sur votre image (avec un seuil réglé sur 30).

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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dir = getDirectory("Choose a Directory");
list = getFileList(dir);
for(i=0; i<lengthOf(list); i++)
	{
	if (endsWith(list[i], ".env"))
		{
		run("Image Sequence...", "open=[" + dir + list[i] + "] sort");
		Stack.getDimensions(width, height, channels, slices, frames);
		run("Stack to Hyperstack...", "order=xyzct channels=3 slices=" + slices/3 + " frames=1 display=Color");
		}
	}	
 
Stack.getDimensions(width, height, channels, slices, frames);
Stack.setChannel(2);
sliceToDelete = newArray(slices);
for (s=1; s<=slices; s++)
	{
	Stack.setSlice(s);
	getStatistics(area, mean, min, max, std, histogram);
	if(mean<30) sliceToDelete[s-1] = "delete";	
	}
 
Stack.setChannel(2);
for (s=slices; s>=1; s--)
	{
	setSlice(s);
	if(toString(sliceToDelete[s-1]) == "delete") run("Delete Slice", "delete=slice");
	}

**Marie-Julie** · 10/12/2019, 15h38

Cette macro fonctionne très bien sur un stack, j'en ai testé plusieurs ! Merci !!

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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dir = getDirectory("Choose a Directory");
list = getFileList(dir);
for(i=0; i<lengthOf(list); i++)
	{
	if (endsWith(list[i], ".env"))
		{
		run("Image Sequence...", "open=[" + dir + list[i] + "] sort");
		Stack.getDimensions(width, height, channels, slices, frames);
		run("Stack to Hyperstack...", "order=xyzct channels=3 slices=" + slices/3 + " frames=1 display=Composite");
		}
	}	
 
Stack.getDimensions(width, height, channels, slices, frames);
Stack.setChannel(1);
run("Blue");
Stack.setChannel(3);
run("Red");
Stack.setChannel(2);
sliceToDelete = newArray(slices);
for (s=1; s<=slices; s++)
	{
	Stack.setSlice(s);
	getStatistics(area, mean, min, max, std, histogram);
	if(mean<30) sliceToDelete[s-1] = "delete";	
	}
 
Stack.setChannel(2);
for (s=slices; s>=1; s--)
	{
	setSlice(s);
	if(toString(sliceToDelete[s-1]) == "delete") run("Delete Slice", "delete=slice");
	}

J'ai modifié display=Composite pour afficher les 3 couleurs. Et inversé les canaux 1 vs 3 (Rouge vs Bleu).
Est-il possible de traiter les images en batch avec cette macro ?
J'ai ajouté mes nouvelles données dans le drive si ça peut aider

**Tchoukatroc** · 10/12/2019, 18h19

Voila, je pense que ça devrait marcher. Je n'ai pas tester sur votre dossier parce que je n'ai pas réussi à le télécharger (ça bloque en cours de téléchargement).
Pour traiter en batch, il faut sélectionner le dossier contenant les sous dossiers (qui contiennent les images). Donc on ne peut pas traiter des sous-sous-dossiers (je ne sais pas si c'est clair

). Après on peut rajouter la sauvegarde de la projection maximum, et d'autres fonctions, comme vous voulez.

Cédric

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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dir = getDirectory("Choose a Directory");
fileList = getFileList(dir);
for (fl=0; fl<lengthOf(fileList); fl++)
{
	//cherche le fichier .env
	imageList = getFileList(dir + fileList[fl]);
	for(i=0; i<lengthOf(imageList); i++)
	{
		if (endsWith(imageList[i], ".env"))
		{
		run("Image Sequence...", "open=[" + dir + fileList[fl] + imageList[i] + "] sort");
		Stack.getDimensions(width, height, channels, slices, frames);
		run("Stack to Hyperstack...", "order=xyzct channels=3 slices=" + slices/3 + " frames=1 display=Composite");
		}
	}	
 
	//repère les slices à supprimer
	Stack.getDimensions(width, height, channels, slices, frames);
	Stack.setChannel(1);
	run("Blue");
	Stack.setChannel(3);
	run("Red");
	Stack.setChannel(2);
	sliceToDelete = newArray(slices);
	for (s=1; s<=slices; s++)
	{
		Stack.setSlice(s);
		getStatistics(area, mean, min, max, std, histogram);
		if(mean<30) sliceToDelete[s-1] = "delete";	
	}
 
	//supprime les slices
	Stack.setChannel(2);
	for (s=slices; s>=1; s--)
	{
		setSlice(s);
		if(toString(sliceToDelete[s-1]) == "delete") run("Delete Slice", "delete=slice");
	}
 
	//sauvegarde 
	save(dir+fileList[fl]+ "Treated " + getTitle());
	close;
}

**Marie-Julie** · 11/12/2019, 14h24

C'est très clair et ça fonctionne très bien ! Merci

!!

J'ai essayé d'ajouté quelques lignes qui corrigent le drift (comme dans mon ancienne macro) mais ça ne fonctionne pas

:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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//Corrige le drift dû aux battements du coeur avec le channel 2 (vert) pour référence
    	run("8-bit");
    	run("Re-order Hyperstack ...", "channels=[Channels (c)] slices=[Frames (t)] frames=[Slices (z)]");
    	run("Correct 3D drift", "channel=2 only=0 lowest=1 highest=1");

Après la correction du drift, j'aimerai en effet sauvegarder la projection maximum.
Est il possible d'enregistrer les fichiers traités dans le dossier contenant les sous-dossiers ?
Car ensuite j'utilise la fonction :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

run("Concatenate...");

qui me donne une nouvelle pile d'image dont je corrige à nouveau le drift avec la fonction :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

run("Correct 3D drift", "channel=2 only=0 lowest highest=1");

**Marie-Julie** · 11/12/2019, 15h00

J'ai remis un dossier dans le drive avec moins de datas qui doit etre plus rapide à charger que le précédent !

**Tchoukatroc** · 13/12/2019, 17h29

Bonjour,

J'ai rajouté la sauvergarde des MAX projection. Par contre, je ne connais pas la fonction correct Z drift et je ne sais pas comment elle fonctionne, et en effet il y a un problème quand on la met dans la macro.
Il faudrait voir si elle fonctionne sur les images après passage de la macro, et identifier le problèmes pour la faire fonctionner dans la macro.
J'ai rajouté une fonction de imageJ qui permet d’accélérer le traitement, mais les images ne seront plus affichées, du coup, j'ai mis une barre de progression pour voir où en est la macro.

Voilà le code.
(Le code c'est le code ? Ça va, ils se sont pas trop cassé le bonnet pour la trouver celle là...)

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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dir = getDirectory("Choose a Directory");
fileList = getFileList(dir);
setBatchMode(true);
for (fl=0; fl<lengthOf(fileList); fl++)
{
	//cherche le fichier .env
	imageList = getFileList(dir + fileList[fl]);
	for(i=0; i<lengthOf(imageList); i++)
	{
		if (endsWith(imageList[i], ".env"))
		{
		run("Image Sequence...", "open=[" + dir + fileList[fl] + imageList[i] + "] sort");
		Stack.getDimensions(width, height, channels, slices, frames);
		run("Stack to Hyperstack...", "order=xyzct channels=3 slices=" + slices/3 + " frames=1 display=Composite");
		}
	}	
 
	//repère les slices à supprimer
	Stack.getDimensions(width, height, channels, slices, frames);
	Stack.setChannel(1);
	run("Blue");
	Stack.setChannel(3);
	run("Red");
	Stack.setChannel(2);
	sliceToDelete = newArray(slices);
	for (s=1; s<=slices; s++)
	{
		Stack.setSlice(s);
		getStatistics(area, mean, min, max, std, histogram);
		if(mean<30) sliceToDelete[s-1] = "delete";	
	}
 
	//supprime les slices
	Stack.setChannel(2);
	for (s=slices; s>=1; s--)
	{
		setSlice(s);
		if(toString(sliceToDelete[s-1]) == "delete") run("Delete Slice", "delete=slice");
	}
 
	//sauvegarde 
	save(dir+fileList[fl]+ "Treated " + getTitle());
	run("Z Project...", "projection=[Max Intensity]");
	save(dir+ "Treated " + getTitle());
	run("Close All");
	showProgress(fl+1, lengthOf(fileList));
}
setBatchMode(false);

**Marie-Julie** · 17/12/2019, 16h57

J'avais déjà rencontré ce problème du plugin 3D-drift (en fait il fonctionne que lorsque l'image est en 8-bit + frames au lieu de slices. Du coup ça y est la macro fonctionne !!! Vraiment trop contente, car je vais gagner un temps fou grâce à votre aide, alors merci !!

Code :

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dir = getDirectory("Choose a Directory");
fileList = getFileList(dir);
setBatchMode(true);
for (fl=0; fl<lengthOf(fileList); fl++)
{
	//cherche le fichier .env
	imageList = getFileList(dir + fileList[fl]);
	for(i=0; i<lengthOf(imageList); i++)
	{
		if (endsWith(imageList[i], ".env"))
		{
		run("Image Sequence...", "open=[" + dir + fileList[fl] + imageList[i] + "] sort");
		Stack.getDimensions(width, height, channels, slices, frames);
		run("Stack to Hyperstack...", "order=xyzct channels=3 slices=" + slices/3 + " frames=1 display=Composite");
		}
	}	
 
	//repère les slices à supprimer
	Stack.getDimensions(width, height, channels, slices, frames);
	Stack.setChannel(2);
	sliceToDelete = newArray(slices);
	for (s=1; s<=slices; s++)
	{
		Stack.setSlice(s);
		getStatistics(area, mean, min, max, std, histogram);
		if(mean<30) sliceToDelete[s-1] = "delete";	
	}
 
	//supprime les slices
	Stack.setChannel(2);
	for (s=slices; s>=1; s--)
	{
		setSlice(s);
		if(toString(sliceToDelete[s-1]) == "delete") run("Delete Slice", "delete=slice");
	}
 
	//sauvegarde 
	save(dir+fileList[fl]+ "Treated " + getTitle());
 
	//correction du drift
	run("Arrange Channels...", "new=321");
	run("8-bit");run("Re-order Hyperstack ...", "channels=[Channels (c)] slices=[Frames (t)] frames=[Slices (z)]");
	run("Correct 3D drift", "channel=2 only=0 lowest=1 highest=1");
 
	//projection
	run("Z Project...", "projection=[Max Intensity]");
 
	//sauvegarde
	save(dir+ "Treated " + getTitle());
	run("Close All");
	showProgress(fl+1, lengthOf(fileList));
}
setBatchMode(false);

Je suis gourmande mais est-il possible d'ajouter une ligne ?

qui chercherait les .tif dans le fichier de base et appliquerait les fonctions :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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run("Concatenate...");
//Alignement de tous les maximums d'intensité
run("Correct 3D drift", "channel=2 only=0 lowest highest=1");
//Renomer le "film" final
rename("Film + nom du dossier");

**Tchoukatroc** · 17/12/2019, 17h40

Et voilà le dessert.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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dir = getDirectory("Choose a Directory");
fileList = getFileList(dir);
setBatchMode(true);
for (fl=0; fl<lengthOf(fileList); fl++)
{
	//cherche le fichier .env
	imageList = getFileList(dir + fileList[fl]);
	for(i=0; i<lengthOf(imageList); i++)
	{
		if (endsWith(imageList[i], ".env"))
		{
		run("Image Sequence...", "open=[" + dir + fileList[fl] + imageList[i] + "] sort");
		Stack.getDimensions(width, height, channels, slices, frames);
		run("Stack to Hyperstack...", "order=xyzct channels=3 slices=" + slices/3 + " frames=1 display=Composite");
		}
	}	
 
	//repère les slices à supprimer
	Stack.getDimensions(width, height, channels, slices, frames);
	Stack.setChannel(2);
	sliceToDelete = newArray(slices);
	for (s=1; s<=slices; s++)
	{
		Stack.setSlice(s);
		getStatistics(area, mean, min, max, std, histogram);
		if(mean<30) sliceToDelete[s-1] = "delete";	
	}
 
	//supprime les slices
	Stack.setChannel(2);
	for (s=slices; s>=1; s--)
	{
		setSlice(s);
		if(toString(sliceToDelete[s-1]) == "delete") run("Delete Slice", "delete=slice");
	}
 
	//sauvegarde 
	save(dir+fileList[fl]+ "Treated " + getTitle());
 
	//correction du drift
	run("Arrange Channels...", "new=321");
	run("8-bit");
	run("Re-order Hyperstack ...", "channels=[Channels (c)] slices=[Frames (t)] frames=[Slices (z)]");
	run("Correct 3D drift", "channel=2 only=0 lowest=1 highest=1");
 
	//projection
	run("Z Project...", "projection=[Max Intensity]");
 
	//sauvegarde
	save(dir+ "Treated " + getTitle());
	run("Close All");
	showProgress(fl+1, lengthOf(fileList));
}
setBatchMode("exit and display");
 
//Crée un stack avec les max projections
fileList = getFileList(dir);
n = 1;
concatenateArg = "";
for (fl=0; fl<lengthOf(fileList); fl++)
{
	if(endsWith(fileList[fl], ".tif")) 
	{
		open(dir + fileList[fl]);
		concatenateArg = concatenateArg + "image" + n + "=[" + fileList[fl] + "] ";
		n=n+1;
	}
}
run("Concatenate...", "open " + concatenateArg);
save(dir+ "Concatenate");
run("Close All");

macro - élimine les slices noires dans un stack RGB

ImageJ Java

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