Discussion :

[Marie-Julie]

Bonjour ,

J'ai besoin d'aide pour écrire une macro servant à éliminer les slices noires dans un stack :

J’ai dans un dossier une série de stacks 1,2,3, etc (environ 60 selon la manip) dont chacun est composé de 3 couleurs (Bleu, Vert, Rouge) et d’un nombre X de slices (environ 90).
J’aimerai faire une macro qui, pour chaque stack, supprime les slices dont la moyenne de l’intensité du canal vert est inérieure à 1 et me donne un nouveau stack corrigé.

La macro doit donc :
Appeler le stack 1 dans le dossier sélectionné
Parcourir les slices
Calculer l’intensité du canal vert (channel 2) du premier plan
Si « mean » est inférieure à 1 (l’image est quasiment noire) : supprimer le plan (donc les images Bleu+Verte+Rouge de ce plan)
Si « mean » est supérieure à 1 : passer à la slice suivante
Enregistré le stack corrigé dans le dossier « Correction » sous un nouveau nom « Stack-1-correct »
Passer au stack suivant jusqu’au dernier

Et tout ça est clairement trop compliqué pour mon mini niveau de programmation !
Merci d'avance pour votre aide, je vous en serai vraiment très reconnaissante !!

Marie

[Tchoukatroc]

Bonjour,

Serait-il possible d'avoir un lien pour télécharger un des stacks? Je ne promet rien, mais je pourrais faire la macro si j'ai un peu de temps.

Cédric

[Marie-Julie]

Bonjour Cédric,

Merci beaucoup pour votre réponse !!
Voici un lien où on peut télécharger les stacks : https://drive.google.com/open?id=1Lu...hVkaU7BfF_71X0

J'utilise pour l'instant la méthode "à la main" qui n'est pas super mais qui fonctionne...

[Tchoukatroc]

Bonjour,

De quelle manière ouvrez vous ces fichiers dans imageJ? Est-ce que c'est le fichier .env qui permet d'ouvrir le stack? Ou faut-il un plugin particulier?
Et quel est le logiciel utilisé pour les acquisitions des images?

[Marie-Julie]

Bonjour Cédric,

Pour ouvrir un stack, je fais :
file > import > image sequence
image > hyperstack > stack to hyperstack (paramètres : xyzct c=3 z=71 t=1)

voici le recorder :
run("Image Sequence...", "open=[/Volumes/PEGASUS/BIPHOTON - Datas en transit/20180816/00-Datas/2018-08-15-cmp8-230-446-DML-TseriesA-001] sort");
run("Stack to Hyperstack...", "order=xyzct channels=3 slices=71 frames=1 display=Color");
//run("Brightness/Contrast...");
run("Enhance Contrast", "saturated=0.35");

Pour mon traitement d'images, j'ai fais une série de macro que j'ai placé dans mon drive.
La macro A permet de transformer les datas brutes en stacks
La macro B écrase le stack en une seule image "maximum d'intensité"
La macro C compile toutes les images "maximum d'intensité" pour former un stack
La macro D corrige le drift sur ce dernier stack et me donne mon "film final"

Evidemment l'idéal serait de n'avoir qu'une seule macro qui fasse tout ce travail mais avec ces petits morceaux je gagne déjà beaucoup de temps.
Mon vrai problème est vraiment celui des images noires. Puisque lors de l'acquisition mon stack au temps 1 peut avoir les deux premières images noires et mon stack au temps 2 les deux dernières etc. Si je veux bien faire cela impliquerait que je note les détails de chacun des stacks et cela est impossible.

[Marie-Julie]

Et pour l'acquisition des images c'est le logiciel Prairie de chez Bruker que j'utilise.