Discussion :

[booby]

Bonjour à tous,

je travaille actuellement sur un programme de cacul vectoriel en C. Pour que celui-ci soit opérationnel, j'ai besoin d'une librairie de calcul du CERN (lapack). Celles-ci sont en fortran. Evidemment le problème c'est que je ne sais absolument pas comment appeller des routines fortran à partir d'un programme en C (bien qu'apparemment ça soit possible).
J'ai bien cherché avant de poster et n'ai rien trouvé de vraiment "croustillant" à se mettre sous la dent. Si quelqu'un à un lien vers un tuto ou des conseils, je suis preneur!

Bonne journée à tous!

[DaZumba]

J'ai bien cherché avant de poster et n'ai rien trouvé de vraiment "croustillant" à se mettre sous la dent.

Et ca ? Ca devrait au moins donner une piste de demarrage...

[booby]

merci pour ta réponse. je teste et je vous tiens au courant.

[booby]

bon, ce coup ci je pense avoir à peu près tout lu, mais, pas tout compris malheureusement...

Je récapitule:

je travaille sour red hat (9?).

j'ai une bibliotheque de routines de calcul du CERN lapack.a, dans lequel je souhaite utiliser une subroutine ssteqr.o. Le tout à partir du programme en C.

D'apres la documentation la subroutine ssteqr.f ressemble à ça:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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SUBROUTINE SSTEQR( COMPZ, N, D, E, Z, LDZ, WORK, INFO)
CHARACTER * 1 COMPZ
INTEGER N, LDZ, INFO
REAL D(*), E(*), Z(LDZ,*), WORK(*)

Si j'ai bien compris je dois déclarer la fonction ssteqr dans mon code comme ci dessous:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

void ssteqr(char compz, int n, float *d, float *e, float *z, int ldz, int *info);

maintenant reste à indique au programme C, l'endroit où aller chercher cette fonction (c'est ici que je bloque), d'ou ma question: doit-t-on ajouter un

Code :

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#include <quelquechose.h>

?

Ensuite pour la compilation (sachant que je fais de la compilation séparée avec gcc), "l'ajout de bibliothèque lors de l'édition de lien" me parait bien obscur...

Si quelqu'un se sent de m'éclairer un poil, merci pour vos réponses.

[DaZumba]

Ta routine Fortran est donc:

Code :

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SUBROUTINE SSTEQR( COMPZ, N, D, E, Z, LDZ, WORK, INFO)

Le compilateur C va attendre un prototype pour cette routine. Il est propre de le mettre dans un fichier entete, ssteqr.h par exemple:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#ifndef H_SSTEQR
#define H_SSTEQR
 
void ssteqr(char *compz, int *n, float *d, float *e, 
                  float *z, int *ldz, float *work, int *info);
 
#endif

Remarque que l'ensemble des parametres sont des pointeurs, car le Fortran utilise toujours un passage par reference (que l'on peut simuler par l'utilisation de pointeurs, en C).

Tout code C qui utilise ta fonction va #include "ssteqr.h". La compilation va donc bien se passer.

Ensuite, il y a l'edition de lien, c'est a dire l'ajout du code de SSTEQR pour former l'executable final. Il faut indiquer ou trouver ce code. Dans ton cas, c'est dans la bibliotheque lapack.a. Regarde les options -l et -L de gcc pour assurer le lien (malheureusement, le nom de ta bibliotheque ne respecte pas la convention de nommage lib<something>.a, donc cela complique un peu les choses).

Enfin, il y a le gros probleme: le tableau a deux-dimensions Z. Et la c'est penible. Fortran est column-major (la dimension la plus a gauche varie le plus vite). C est row-major (la dimension la plus a droite varie le plus vite). Il faut donc s'assurer que les elements sont dans le bon ordre : tu remarqueras que dans le prototype ci-dessus, j'ai mis float *z et non pas **z. Du point de vue de la memoire, le Fortran et le C voient les tableaux multi-dimensionnels comme un seul espace contigu - donc, un tableau a une seule dimension. Le plus simple[1] est donc, dans ton programme C, de declarer z comme etant un tableau a une dimension, puis le remplir en respectant l'ordre attendu par le Fortran.

[1] le plus simple est evidemment de tout faire en Fortran...

[booby]

Tout d'abord merci pour tes réponses. Je mets ça en application de suite.

Enfin, il y a le gros probleme: le tableau a deux-dimensions Z. Et la c'est penible. Fortran est column-major (la dimension la plus a gauche varie le plus vite). C est row-major (la dimension la plus a droite varie le plus vite). Il faut donc s'assurer que les elements sont dans le bon ordre : tu remarqueras que dans le prototype ci-dessus, j'ai mis float *z et non pas **z. Du point de vue de la memoire, le Fortran et le C voient les tableaux multi-dimensionnels comme un seul espace contigu - donc, un tableau a une seule dimension. Le plus simple[1] est donc, dans ton programme C, de declarer z comme etant un tableau a une dimension, puis le remplir en respectant l'ordre attendu par le Fortran.

Pour ce qui est des indices ça ne devrait pas poser de problèmes, sachant que je travaille avec des matrices carrées symétriques (c'est à dire que la ligne d'indice 1 contient la même chose que la colonne du même indice, ce qui me permet, la plupart du temps de travailler sur une demi-matrice)

[1] le plus simple est evidemment de tout faire en Fortran...

aaaahhh lala... j'aurai du écouter mon directeur, il voulait absolument que je code en fortran... enfin, personne n'est parfait!...

[booby]

Ensuite, il y a l'edition de lien, c'est a dire l'ajout du code de SSTEQR pour former l'executable final. Il faut indiquer ou trouver ce code. Dans ton cas, c'est dans la bibliotheque lapack.a. Regarde les options -l et -L de gcc pour assurer le lien (malheureusement, le nom de ta bibliotheque ne respecte pas la convention de nommage lib<something>.a, donc cela complique un peu les choses).

bon alors effectivement ça pose problème... tout se passe bien à la compilation jusqu'a l'édition de lien. Je precise le 'endroit ou se trouve ssteqr.a

Code :

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-L /USERS/monpath/lapack/lapack.a

et la bibilotheque qu'il doit utiliser

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

-l ssteqr.o

et là il m'indique:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

gcc: ssteqr.o: No such file or directory

enfin... donc je voulais juste connaitre les conventions de nommage afin de renommer le lapack.a en quelque chose de mieux...

[DaZumba]

bon alors effectivement ça pose problème... tout se passe bien à la compilation jusqu'a l'édition de lien.

Je ne comprends pas trop. Tu disposes d'une bibliotheque (lapack.a) ou d'un fichier objet (ssteqr.o)?
Si tu as la bibliotheque, alors il faut lier en utilisant:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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-ltoto -L/path/

qui ira chercher le fichier /path/libtoto.a. Il faut aussi lier avec -lm et -lg2c pour le module en fortran.
Si tu as le fichier objet (compile avec g77), alors il suffit de l'ajouter sur la ligne de compilation:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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gcc main.o ssteqr.o -o myprog -lm -lg2c

[booby]

ok c'est bon, ça marche maintenant. un grand merci a toi!

[booby]

Je me suis rejoui un peu vite j'ai encore des problemes a la compilation...

Je ne comprends pas trop. Tu disposes d'une bibliotheque (lapack.a) ou d'un fichier objet (ssteqr.o)?

je dispose d'un bibliotheque lapack.a, qui contient une floppee de .o (dont ceux qui m'interessent: ssyev.o et ssteqr.o).

donc voila mon probleme:

la ligne de mon Makefile qui me pose probleme:

Code :

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gcc -l ssyev -L /MonPath/lapack Spec2ev.o filework.o out.o vectcomp.o allocate.o -lm -o Spec2ev

ce que m'indique gcc:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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gcc -l ssyev -L /MonPath/lapack Spec2ev.o filework.o out.o vectcomp.o allocate.o -lm -o Spec2ev
gcc: ssyev: No such file or directory
make: *** [Spec2ev] Error 1

[DaZumba]

Code :

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gcc -l ssyev -L /MonPath/lapack Spec2ev.o filework.o out.o vectcomp.o allocate.o -lm -o Spec2ev

C'est quoi ce ssyev? Ton

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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-l ssyev -L /MonPath/lapack

signifie que gcc va chercher le fichier /MonPath/lapack/libssyev.a. Bien lire la doc !

[booby]

donc si j'ai bien compris, je dois mettre:

Code :

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gcc -l lapack -L /MonPath/lapack

pour que gcc recherche liblapack.a dans /MonPath/lapack.

le probleme c'est que gcc me met:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

gcc: lapack: No such file or directory

[DaZumba]

/MonPath/lapack/liblapack.a existe-t-il?

Remarque aussi que gcc conseille de ne pas mettre d'espace apres -l et -L. Ce n'est pas la source de ton probleme, mais autant faire les choses bien !
gcc -llapack -L/MonPath/lapack

[booby]

/MonPath/lapack/liblapack.a existe-t-il?

Remarque aussi que gcc conseille de ne pas mettre d'espace apres -l et -L. Ce n'est pas la source de ton probleme, mais autant faire les choses bien !
gcc -llapack -L/MonPath/lapack

oui ce fichier existe bien. je viens d'enlever les espaces et le message d'erreur a change:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Spec2ev.o: In function `main':
/MonPath/SRCPROGZ/Spec2ev/Spec2ev.c:55: undefined reference to `ssyev'
collect2: ld returned 1 exit status
make: *** [Spec2ev] Error 1

ssyev etant la routine fortran que j'appelle.
sachant que ssyev.o est contenu dans liblapack.a...

[DaZumba]

/MonPath/SRCPROGZ/Spec2ev/Spec2ev.c:55: undefined reference to `ssyev'

On avance. Je suis surpris que supprimer les espaces ait arrange le probleme a ce point. Dans la doc, ils ne disent pas que les espaces sont aussi importants, mais c'est toujours bon a savoir !

Pour ton probleme d'edition de lien, l'editeur de lien cherche une fonction appelee ssyev qu'il ne trouve nul part alors que tu dis qu'elle se trouve dans la bibliotheque liblapack.a. Mais les compilateurs Fortran ont la facheuse tendance de 'decorer' les noms de fonction : g77, par exemple, ajoute un underscore apres le nom. D'autres compilateurs ont d'autres habitudes (pas de changement, deux underscores, ...). Ton ssyev s'appelle donc peut etre ssyev_ (tu peux utiliser ar ou nm pour connaitre le nom exact des fonctions mises a disposition par la bibliotheque).

Personnellement, j'utilise une petite macro des que j'utilise une fonction Fortran dans un programme C, pour ajouter cet underscore:
Un petit fichier header, a inclure dans toute unite C qui appelle une fonction Fortran:

Code :

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#ifndef H_PF
#define H_PF
 
#define PF(name) name##_
 
#endif

Et on remplace:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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   ssyev(x, y, z);

par

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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2
 
  PF(ssyev)(x, y, z);

L'interet de faire une macro est qu'il est facile de s'adapter aux habitudes de differents compilateurs Fortran...

[booby]

Merci pour ta patience ainsi que pour tes lignes de code qui m'aident beaucoup.
Je viens d'inclure le "H_PF" et j'obtiens le meme type d'erreur:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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/USERS/tsieroci/SRCPROGZ/Spec2ev/Spec2ev.c:56: undefined reference to `ssyev_'
collect2: ld returned 1 exit status
make: *** [Spec2ev] Error 1

j'en deduit que la "decoration" ajoutee par le compilateur fortran n'est pas _

(tu peux utiliser ar ou nm pour connaitre le nom exact des fonctions mises a disposition par la bibliotheque).

j'ai fait:

Code :

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nm /MonPath/lapack/libpack.a

voila ce que j'ai obtenu sur ssyev.o

Code :

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ssyev.o:
00000000 t gcc2_compiled.
         U ilaenv_
         U lsame_
         U slamch_
         U slansy_
         U slascl_
         U sorgtr_
         U sqrt
         U sscal_
         U ssteqr_
         U ssterf_
00000000 T ssyev_
         U ssytrd_
         U xerbla_

[DaZumba]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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00000000 T ssyev_

La decoration est donc bien la. J'avoue ne pas comprendre pourquoi l'editeur de lien ne trouve pas la fonction...

[booby]

ok, j'ai sans doute fait une erreur ailleurs... je verrai ca demain, encore merci pour ton aide.

[booby]

bon alors ça y ça compile!

Ce matin en lancant un:

Code :

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locate lapack

sur le serveur, je me rends compte que la librairie est presente dans le repertoire

Code :

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/usr/lib/

j'ai donc remplacé mon

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

/MonPath/lapack/

ce qui donne

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

gcc -llapack -L/usr/lib/ Spec2ev.o filework.o out.o vectcomp.o allocate.o -lm -lg2c -o Spec2ev

et maintenant la compilation se déroule sans problème!... Je ne m'explique pas le pourquoi du comment mais en tous cas ça compile.

Encore merci DaZumba! chapeau!

[DaZumba]

Je ne m'explique pas le pourquoi du comment mais en tous cas ça compile.

C'est un bon debut -- il n'y a plus qu'a esperer que ton programme donne les bons resultats, maintenant. Une petite remarque: comme /usr/lib est le repertoire d'installation des bibliotheques (libm et libg2c y sont) par defaut, il n'est pas utile de le preciser avec l'option -L.