Discussion :

[pitchu]

Bonjour,

J'ai une liste de plot que je voudrais mettre un fichier pdf. Pour gérer mes plots j'utilise la fonction grid.arrange() puis j'utilise la fonction ggsave(..., device = "pdf")

Dans le pdf je voudrais qu'il les mette en ne dépassant pas le nombre de colonne de 3, et qu'il crée une nouvelle page quand il le faut.

Avec le code que j'utilisais plus je mettais de plots et plus il les écrasait.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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library(ggplot2)
library(doParallel)
library(parallel)
 
df <- data.frame("a" = 1:50, "b" = 1:50)
 
cl <- makeCluster(5)
registerDoParallel(cl)
lp <- foreach::foreach(i=1:20, .packages = c("ggplot2")) %dopar%
 
{
 
  scaleMin = min(c(min(df$a), min(df$b)))
  scaleMax = max(c(max(df$a), max(df$b)))
 
  p <- qplot(x = df$a, y = df$b) +
    geom_abline(intercept = 0, slope = 1, colour = "blue") + theme_bw()+
    labs(x = "", y="", title = "name ")+
    xlim(c(scaleMin, scaleMax)) + ylim(c(scaleMin, scaleMax))+
    theme(
      panel.grid.major = element_blank(), panel.grid.minor = element_blank(),
      panel.background = element_rect(fill = "transparent")
    )
 
  return(p)
 
}
 
stopCluster(cl)
 
gp <- gridExtra::grid.arrange(grobs = lp,ncol = 3,
                              bottom="bottom",
                              left="left")
 
ggsave(gp, filename = "plots/allPlots.pdf", 
       dpi = 400, device = "pdf",
       width = 400,height = 240,
       units = c("mm"),limitsize = FALSE)

[pitchu]

J'ai trouvé la fonction marrangeGrob() du package gridExtra mais j'ai essayé de mettre nrow=5 et ncol=3, j'obtiens ce fichier mis en pièce jointe.

[mgdondon]

Bonjour,

C'est la disposition par défaut de la fonction marrangeGrob() :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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library(gridExtra)
library(ggplot2)
pl <- lapply(1:9, function(.x) qplot(1:10, rnorm(10), main=paste("plot", .x)))
ml <- marrangeGrob(pl, nrow=3, ncol=2)
## non-interactive use, multipage pdf
ggsave("d:/temp/multipage1.pdf", ml)
## interactive use; open new devices
ml

Vous pouvez utiliser l'option layout_matrix pour modifier cette disposition (voir la vignette du package gridExtra) :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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library(gridExtra)
library(ggplot2)
pl <- lapply(1:9, function(.x) qplot(1:10, rnorm(10), main=paste("plot", .x)))
lay <- rbind(c(1,2),
             c(3,4),
             c(5,6))
ml <- marrangeGrob(pl, nrow=3, ncol=2, layout_matrix=lay)
## non-interactive use, multipage pdf
ggsave("d:/temp/multipage2.pdf", ml)
## interactive use; open new devices
ml

Cordialement,

[pitchu]

Bonjour,

Merci de votre aide.