Discussion :

[ehones4]

J'ai un grand jeu de donnée provenant d'arbres qui se présente sous cette forme.

Clones	Individu	Allele1	Allele2	Allele3	etc
clone1	1	A	T	CG	etc
clone1	2	A	T	CG	etc
clone1	3	A	T	CG	etc
clone1	4	A	T	AT	etc
clone1	5	A	T	CG	etc
clone2	etc
clone2	etc

Dans les colonnes alleles, je dois faire en sorte que les lettre seules soient doublées :
Ainsi, "A" devient "AA"
Mais "GT" reste "GT"


Quelles fonctions dois-je utiliser pour mener a bien cette tache selon vous?

Merci de votre aide.

[mgdondon]

Bonjour,

Une proposition :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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> df <- data.frame(allele=c("A","T","CG"),stringsAsFactors=FALSE)
> df$allele <- ifelse(nchar(df$allele)==1,paste0(df$allele,df$allele),df$allele)
> df
  allele
1     AA
2     TT
3     CG

Cordialement,

[ehones4]

Bonjour,

Merci pour votre réponse. J'ai tenté d'intégrer cela, mais j'ai un message d'erreur :

Error in df[row, col] : incorrect number of dimensions

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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for (row in 1:nrow(df)){
  for (col in 1:ncol(df)) {
    df <- ifelse(nchar(df[row,col])==1,paste0(df[row,col],df[row,col]),df[row,col])
  }}

[mgdondon]

Bonjour,

Vous avez oublié de préciser la cellule dans le terme de gauche de l'affectation.

D'autre part R traite toutes les observations en parallèle, il n'est pas nécessaire de faire une double boucle, une boucle sur les variables suffit.

Cordialement,