Discussion :

[pitchu]

Bonjour,

Je voudrais savoir comment sauver un plot en format tiff avec un compression lzw

J'ai essayé deux méthodes, une avec le package grDevice mais ca me donne une image blanche et l'autre avec le package ggplot2 mais je ne sais pas s'il gère le format tiff

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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data(iris)
 
library(grDevices)
tiff(filename = "iris_grDevices.tiff",
     width = 5600, height = 5600, units = "px", pointsize = 12,
     compression = "lzw",
     bg = "transparent")
plot(iris$Sepal.Length, iris$Sepal.Width)
dev.off()
#
# j'obtiens une image tout blanc
# 
 
# -----------------------------------------------------------------------------------------------
 
library(ggplot2)
p <- plot(iris$Sepal.Length, iris$Sepal.Width)
ggsave(p, "iris_ggplot2.tiff", dpi=800, compression = "lzw",
       device = "tiff", units = c("mm"),limitsize = FALSE)
#
# Error in UseMethod("grid.draw") : 
#  no applicable method for 'grid.draw' applied to an object of class "character"
#

[xavier-Pierre]

avec la fonction tiff c'est juste un problème d'echelle
tu crée une image tres importante avec une taille de points petite, change pointsize = 120, ou plus logiquement mets une hauteur et largeur plus faible

[pitchu]

J'ai essayé de créer un plot avec ggplot2 mais je n'arrive pas à avoir un bon rendu.
Il y a un moyen de juste mettre une largeur et une hauteur pour que le pointsize s'adapte tout seul ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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library(grDevices)
data(iris)
tiff(filename = "plots/train.tiff",
     width = 2400, height = 2400, units = "px", pointsize = 70,
     compression = "lzw",
     bg = "transparent")
 
#plot(iris$Sepal.Length, iris$Sepal.Width)
ggplot(iris, aes(iris$Sepal.Length,iris$Sepal.Width))
dev.off()

[xavier-Pierre]

tu as oublié de définir le type de graphique ici geom_point

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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data(iris)
tiff(filename = "plots/train.tiff",
     width = 2400, height = 2400, units = "px", pointsize = 70,
     compression = "lzw",
     bg = "transparent")
 
#plot(iris$Sepal.Length, iris$Sepal.Width)
ggplot(iris, aes(iris$Sepal.Length,iris$Sepal.Width)) + geom_point(size= 10)## avec size tu peux définir la taille
dev.off()

tu aimes bien les graphiques "importants 2400 * 2400 pixels , 300 * 300 devrait le faire

[pitchu]

Bonjour,

Je mets une haute résolution car on me demande d'avoir une image 400 dpi.

Et la police des labels x, y restent tout petit quelque soit la valeur de pointsize

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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library(grDevices)
data(iris)
tiff(filename = "plots/iris.tiff",
     width = 2100, height = 2100, units = "px", pointsize = 70,
     compression = "lzw",
     bg = "transparent")
ggplot(iris, aes(iris$Sepal.Length,iris$Sepal.Width)) +
  geom_point(size= 10)
dev.off()

[xavier-Pierre]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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    theme(text = element_text(size=20))