Discussion :

[thdurand4]

Bonjour, j'ai effectué un script en perl permettant de récupérer les régions spécifiques d'une souche bactérienne. Cependant je dois vérifier si les séquences sont vraiment spécifiques en faisant un blast de celle ci contre ma base de donnée.
Mon problème et que lors de mon Blast une fois qu'il trouve une correspondance il l'applique jusqu'à la fin voici la partie Blast de mon code :


Pièce jointe 465818
Voici ce qu'il se passe sur mon fichier de sortie :
Pièce jointe 465815
On peut voir que dès qu'il y a une correspondance il l 'applique pour les résultats suivant . J'ai vérifier à la main pour la séquence spécifique 28 il n'y a normalement pas de correspondance.
Mon fichier £ARGV[3] contient toutes les séquences spécifique que j'ai récupéré au format fasta elles sont les unes à la suite des autres

Merci de votre réponse.

[Gardyen]

il manque la partie boucle dans ton script, mais cela ressemble à une variable non remise à 0 pour les nouveaux tests.
Peux-tu mettre un peu plus de détails sur comment tu gères tes variables ?

[thdurand4]

Oui effectivement voici la partie boucle , mon Blast se trouve dans un foreach car avant j'ai récupéré des positions depuis un fichier.





J'ai essayer de remettre ma variable $blast à 0 en faisant $blast = undef ou $blast="" mais rien ne change au premier match il fais la même chose jusqu'a la fin du fichier. Le $ARGV[3] correspond au fichier en écriture OUT.

[Gardyen]

pour un formatage fasta plus facile, regarde du côté du module Bio::SeqIO, ça peut aider

Ensuite où et quand gères-tu l'ouverture/fermeture de ton fichier OUT où tu mets tes séquence spécifiques ? Il semble que tu blastes à chaque fois toutes tes séquences, d'où le retour du même résultat

ps : utilise la balise code pour poster ton script, le formatage de ton image rend la lecture délicate, et tes premières pièces jointes ont disparu

[thdurand4]

Ah oui mince j'y penserai pour la prochaine fois =)

J'ouvre mon fichier OUT au début de mon script mais j'avais oublié de le close effectivement . Et oui c'est vrai qu'a chaque fois je Blast tout le fichier OUT donc toutes les séquences spécifiques qui sont dedans .Mon fichier OUT est disposé de la façon suivante :
>seq spécifique 1 ( Tout est au format fasta 60)
ATGCGTCTGATGCTGACG
>seq spécifique 2
ATGCGTGAGCGTGAGCGGTGRGGTGTGCACTG
>seq spécifique 3
etc.....


Il faudrait donc que je Blast séquence par séquence mon fichier OUT non? Comment faire cela ?

[Gardyen]

tu peux soit tout blaster en une fois, ensuite tu parses ton fichier blast, soit tu crées un fichier temporaire par séquence (ou tu passes ta séquence directement à blast, en enlevant l'option -i, cf la doc blast) comme ça tu ne parses que ta séquence.
la première option ne fait qu'un seul blast, mais la 2è correspond plus à ce que tu as essayé de faire. à toi de voir !

[thdurand4]

Merci de tes réponses oui la deuxième solution est exactement ce que je cherche, donc si j'ai bien compris j'enlève l'option -i et je la remplace par ma variable qui contient ma séquence ?
Quand j'effectue cela j'obtiens une erreur de BLAST car les options doivent commencer par un tiret . Je regarde dans la doc BLAST et je ne trouve pas d'option permettant de donner a BLAST ma séquence query en tant que variable ...

J' ai écrit cela : blastall -p blastn -d $ARGV[2] $spe -e 0.1 -m 8

[Gardyen]

apparemment il faut passer ta commande via stdin de cette manière

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

echo -e "$spe" | blastall -n blastn -d MyDb

[thdurand4]

Merci beaucoup ça a marché =)