Discussion :

[Piotree]

Bonjour,

Je chercher à remplacer des chaines de caractères en fonction de plusieurs conditions, voilà mon code:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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pos=[]
ref=[]
alt=[]	
test=[16842,'G','C'],[16844,'T','G'],[16839,'C','T'],[16830,'T','ACCCC'],[16820,'T','GCC']
test2=[]
for x in test:
	pos.append(x[0])
	ref.append(x[1])
	alt.append(x[2])
 
fasta=open('rCRS.txt','r')
seq=""
name=""
tmp=fasta.readlines()
fasta.close()
name=tmp[0][1:-1]
count=0
newfa=[">",name,"\n"]
for x in tmp[1:] :
	for y in x:
		count+=1
		if count in pos:
			if y == 'G' and 'C' in alt:
				newfa.append('W')
			elif y == 'T' and 'G' in alt:
				newfa.append('Z')
			elif y == 'C' and  'T' in alt:
				newfa.append('Y')
 
		else:
			newfa.append(y)
print ''.join(newfa)

voilà le résulat:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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CTGGTTCCTACTTCAGGGTCATAAAGCCTAAATAGCCCACACGTZCCCCTTAAAZAAGAC
ATYACWAZG

Le problème est que la lettre Z (ma seconde condition) apparaît à trois reprises alors qu'elle devrait être présente seulement une seule fois....
De même si j'ai par exemple ce motif 'ACCCC' je dois le remplacer à la position 16830 si on a bien un T dans notre fichier input..

Si quelqu’un à une idée?
encore merci pour votre aide.
Piotreee