Discussion :

[Piotree]

Bonjour,

Je chercher à remplacer des chaines de caractères en fonction de plusieurs conditions, voilà mon code:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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pos=[]
ref=[]
alt=[]	
test=[16842,'G','C'],[16844,'T','G'],[16839,'C','T'],[16830,'T','ACCCC'],[16820,'T','GCC']
test2=[]
for x in test:
	pos.append(x[0])
	ref.append(x[1])
	alt.append(x[2])
 
fasta=open('rCRS.txt','r')
seq=""
name=""
tmp=fasta.readlines()
fasta.close()
name=tmp[0][1:-1]
count=0
newfa=[">",name,"\n"]
for x in tmp[1:] :
	for y in x:
		count+=1
		if count in pos:
			if y == 'G' and 'C' in alt:
				newfa.append('W')
			elif y == 'T' and 'G' in alt:
				newfa.append('Z')
			elif y == 'C' and  'T' in alt:
				newfa.append('Y')
 
		else:
			newfa.append(y)
print ''.join(newfa)

voilà le résulat:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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CTGGTTCCTACTTCAGGGTCATAAAGCCTAAATAGCCCACACGTZCCCCTTAAAZAAGAC
ATYACWAZG

Le problème est que la lettre Z (ma seconde condition) apparaît à trois reprises alors qu'elle devrait être présente seulement une seule fois....
De même si j'ai par exemple ce motif 'ACCCC' je dois le remplacer à la position 16830 si on a bien un T dans notre fichier input..

Si quelqu’un à une idée?
encore merci pour votre aide.
Piotreee

[lg_53]

Dans les boucles for, votre variable 'alt' est la même indépendamment de la valeur de x et de y. Je doute que ce soit cela qu'on veuille.

A quoi serve les variables test ? Vous les définissez et ne vous en servez pas... Ce n'est pas là dedans que vous définissez l'ensemble des choses que vous voulez remplacer ?

[Piotree]

Merci. Oui peut être que boucler sur ma variable test et tester les égalités serait mieux...
La variable test est en réalité un fichier csv. Le fichier attaché est un fichier fasta (sequence ADN) organisé de la sorte:
>nom de le sequence
ACCCGTTTTA
TTTC..............

Mon fichier de sortie est le même que le fichier d entré avec les modifs en plus.
Merci beaucoup.

[wiztricks]

Salut,

Merci. Oui peut être que boucler sur ma variable test et tester les égalités serait mieux...

Un bon début serait de décrire plus précisément (en français) ce que vous cherchez à faire...

- W

[Piotree]

Bonjour,
Je suis vraiment désolé pour toutes ces confusions.

En fait, j'ai deux fichiers dont l'un est une séquence ADN fasta (il est en pièce jointe.) et le second, ici correspond à la variable test:

Dans la variable test

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

test=[16842,'G','C']

ici 16842 correspond à la position dans mon fichier fasta, le G est la lettre qui se trouve à cette position. Je sais également qu'à cette même position il est possible d'avoir un C. Pour cette position je veux alors changer le G en W qui correspond à la combinaison G,C (désolé, cela peut paraître un peu étrange..)

De même dans la variable test, on peut avoir

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

test=[16830,'T','ACCCC']

. Cela signifie qu'à la position 16830 de notre fichier fasta on doit avoir un T que l'on remplace par ACCCC.

J'essaie de changer en premier cela:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

test=[16842,'G','C']

en W
puis cela;

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

test=[16830,'T','ACCCC']

parce que si je remplace en premier le T par ACCCC à la position 16842 nous n'aurons plus la lettre G vu que precedemment on aura remplace une lettre par 5 autres.

J'espère être plus claire et je suis vraiment désolé pour l'incohérence de mon premier post.
Merci pour votre aide

[Jerome Briot]

si je remplace en premier le T par ACCCC à la position 16842 nous n'aurons plus la lettre G vu que precedemment on aura remplace une lettre par 5 autres.

C'est un problème classique. Pour le résoudre, remplace les éléments par ordre décroissant, en commençant par le dernier.

[wiztricks]

Salut,

De même dans la variable test, on peut avoir

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

test=[16830,'T','ACCCC']

. Cela signifie qu'à la position 16830 de notre fichier fasta on doit avoir un T que l'on remplace par ACCCC.

Si j'ai un 'T' à la position 16830, on le remplace par 'ACCCC', çà je comprends.
Par contre:

Dans la variable test

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

test=[16842,'G','C']

ici 16842 correspond à la position dans mon fichier fasta, le G est la lettre qui se trouve à cette position. Je sais également qu'à cette même position il est possible d'avoir un C. Pour cette position je veux alors changer le G en W qui correspond à la combinaison G,C (désolé, cela peut paraître un peu étrange..)

Là déjà çà devient confus car le deuxième élément de test n'a pas le même sens que précédemment et d'où sort le 'W', mystère!

J'essaie de changer en premier cela:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

test=[16842,'G','C']

en W puis cela;

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

test=[16830,'T','ACCCC']

parce que si je remplace en premier le T par ACCCC à la position 16842 nous n'aurons plus la lettre G vu que precedemment on aura remplace une lettre par 5 autres.

Par quelle magie vous allez d'abord remplacer à la position 16842 puis à la position 16830? Si vous construisez une nouvelle chaîne de caractères à partir de... il va falloir y aller séquentiellement: 16830 sera passé lorsqu'on va arriver en 16842 et vous n'aurez rien remplacé dans la chaîne initiale, juste créé les 16xxx premiers caractères de la nouvelle chaîne/liste que vous appelez newfa.

Si vous voulez coder, il va falloir être plus précis.

- W