Discussion :

[K.Aridj]

J'ai réaliser un programme dans python afin de fragmenter une longue séquence protéique de plus de 600 acides aminés en petits fragments de 200aa et les sauvegarder dans des sous fichiers ,mais ca fonctionne pas quand je ferais l'exécution...

Code python :

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from Bio import SeqIO
from Bio.Seq import Seq
 
def LireFASTA(chemin):
    print("------------------------------ Lecture ------------------------------")
 
 
    seqs = [] 
    for record in SeqIO.parse(chemin, "fasta"):
        seqs.append(str(record.seq))
    return seqs
def fragmentersequence(seq):
    print("......................Fragmenter..................")
 
    fragment_sequence = []
    j=0
    n=0
    m=200
    if len(seq)>600 :     
        for i in seq:
                fragment_sequence= i[n:m]
                n=n+200
                m=m+200
                j=j+1
                print(fragment_sequence)
                count = SeqIO.write(fragment_sequence, "E:/fragment"+ str(j)+".txt", "fasta")
def program():
   chemin=input ("entrez chemin : ")
   res= LireFASTA(chemin)
   fragmentersequence(res)
 
if __name__ == '__main__':
   program()