Discussion :

[perlgirl]

coucou


Je souhaite faire la "reverse complementaire" de motifs contenus dans un tableau (@tab) en utilisant le module Bio::Seq et la methode revcom.
Seulement je dois declarer la variable qui contient les elements du tableau comme objet...
J'ai essayé cela:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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           for ($i=0, $i<=$#$tab, $i++) {
                         $seqobj=Bio::Seq -> new (-seq => $tab[$i]);
                        @tabrev=revcom($seqobj);
                      }

Mais ca ne marche pas...voici le mess d'erreur

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

Undefined subroutine &Bio::Seq called at ./fasta_5.pl line 296.

:

Perlgirl

[fsapet]

bonjour,

voici un bout de code fonctionnel, cela devrait eclairer votre lanterne.
ne pas oublier le use Bio::Seq; ,c'est cette ligne qui vous permet ensuite de faire appel a toutes les fonctions de Bio::Seq

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/bin/perl -w
 
use strict;
use diagnostics;
use warnings;
use Bio::Seq;
 
my $seqobj=Bio::Seq->new (-seq => 'ATGCATGCGGGGG');#creation d'un objet sequence
 
my $sequence = $seqobj->seq(); #on recupere la sequence de l'objet dans $sequence
print "Sequence:$sequence\n";#test
 
my $seqobj_bis = $seqobj->revcom(); #creation d'un nouvel objet sequence ($seqobj_bis correspond a un objet et non pas directement a la sequence reverse complement)
my $rev_comp = $seqobj_bis->seq();#on recupere la sequence revcomp dans la variable $rev_comp
print "Sequence Reverse Complement:$rev_comp\n";#test

ce code affiche ceci :
Sequence:ATGCATGCGGGGG
Sequence Reverse Complement:CCCCCGCATGCAT

ce qui me semble ok !
n'hesitez pas en cas de question

De plus amples explications sans les cours de formation et les tutoriels pour bien apprendre Perl par ici : http://perl.developpez.com/cours/

[perlgirl]

Merci pour la reponse, je suis tout a fait d'accord avec ce script. Seulement au lieu de rentrer une sequence "fixe" je voudrais qu'il prenne en compte une variable et c'est là que ca coince .
C'est à dire qu'a la place de ceci:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $seqobj=Bio::Seq->new (-seq => 'ATGCATGCGGGGG');#creation d'un objet sequence

Je voudrais qu'il prenne une sequence contenue dans une variable ($sequence)

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $seqobj=Bio::Seq->new (-seq => '$sequence');#creation d'un objet sequence

Pour resumer j'aimerai faire l'inverse complementaire d'un ensemble de sequence contenu dans un tableau...

Perlgirl

[fsapet]

ca marche aussi avec un tableau

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/bin/perl -w
 
use strict;
use diagnostics;
use warnings;
use Bio::Seq;
 
my @tab = qw (atgc ggggg cgcgcgggggg);
for (my $i=0; $i<=$#tab; $i++) {
  my $seqobj=Bio::Seq->new (-seq => $tab[$i]);#creation d'un objet sequence
  my $sequence = $seqobj->seq(); #on recupere la sequence de l'objet dans $sequence
  print "Sequence_$i:$sequence\n";#test
  my $seqobj_bis = $seqobj->revcom(); #creation d'un nouvel objet sequence ($seqobj_bis correspond a un objet et non pas directement a la sequence reverse complement)
  my $rev_comp = $seqobj_bis->seq();#on recupere la sequence revcomp dans la variable $rev_comp
  print "Sequence_$i Reverse Complement:$rev_comp\n";#test
}

j'ai comme sortie

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Sequence_0:atgc
Sequence_0 Reverse Complement:gcat
Sequence_1:ggggg
Sequence_1 Reverse Complement:ccccc
Sequence_2:cgcgcgggggg
Sequence_2 Reverse Complement:ccccccgcgcg

Attention, avec '$sequence' la variable ne sera pas interpretee (ne pas encadrer par les ')
et il faut toujours utiliser use strict et l'option -w

[perlgirl]

Merci beaucoup!!!!!!!!!!! ca marcheuuuuu

Par contre quand j'utilise "use strict" ca ne marche plus et ca m'affiche toute une liste d'erreurs alors que quand il est desactivé tout s'affiche correctement!!!!! Pourquoi :


Perlgirl

[fsapet]

bonjour


"use strict" restreint les constructions non sûres !!! (c'est dans la doc) et en particulier ca rend la déclaration des variables obligatoires.

en fait il faut (presque) toujours l'utiliser car ca permet de debusquer un ensemble d'erreur dans le code.

par exemple a cette adresse on trouve un exemple du bienfait de "use strict"


code sans "use strict" (ca fonctionne -c'est a dire que le script "tourne"- mais c'est faux)

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/local/bin/perl
my $Compteur=10;
$compteur++;               # erreur de frappe
print ('$Compteur = ',"$Compteur \n");
#     La valeur affichée est 10, le programmeur
#     peut ne pas s'en apercevoir.

avec "use strict" on s'apercoit du probleme

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/local/bin/perl
use strict;
my $Compteur=10;
$compteur++;               # erreur de frappe
print ('$Compteur = ',"$Compteur \n");
# Un message d'erreur est généré à la compilation :
# Global symbol "$compteur" requires explicit package name

[perlgirl]

Oui en effet je viens d'aller voir la doc entre temps et c'est bien ça...j'ai pleins de variables qui ne sont pas déclarées...

Merci encore pour tous ses précieux conseils

perlgirl