Discussion :

[Piotree]

Bonjour,

Je me permets de solliciter votre aide pour ameliorer/corriger un script...
A partir d'un dictionnaire le but est de créer des relations entre individus quand ils partagent les mêmes éléments.
Je génère un output pour visualiser les liens (network).

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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populations3={'ind1':['H','R1b'],'ind2':['H','R1b'],'ind3':['K1a','R1b'],'ind4':['K1a','J2a'], 'ind5':['H','R1b']}
 
list_ind = list(populations3.keys())	
n=len(list_ind)
net=[]
net2=[]
for i in range(n) :
	for j in range(n) :
		list1 = populations3[list_ind[i]]
		list2 = populations3[list_ind[j]]
		#a = common_elements(list1_ind,list2_ind)
		en_commun=[elt for elt in list1 if elt in list2]
		en_commun2='_'.join(en_commun)
		net=list_ind[i],list_ind[j],en_commun2
		net2.append(net)
 
net3=[]
for i in net2:
	if i[2] != '':
		net3.append(i)#exclut les echantillons qui n ont pas de relations
for i in net3:
	print i

Le résultat est correct, il affiche les ID des individus qui partagent les même éléments. Néanmoins, si on se focalise sur les individus qui partagent H_R1b voilà le resultat:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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('ind5', 'ind5', 'H_R1b')
('ind5', 'ind1', 'H_R1b')
('ind5', 'ind2', 'H_R1b')
('ind1', 'ind5', 'H_R1b')
('ind1', 'ind1', 'H_R1b')
('ind1', 'ind2', 'H_R1b')
('ind2', 'ind5', 'H_R1b')
('ind2', 'ind1', 'H_R1b')
('ind2', 'ind2', 'H_R1b')

Il y a des redondances que je n arrive pas à supprimer:
par exemple :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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('ind1', 'ind1', 'H_R1b')
('ind2', 'ind2', 'H_R1b')
('ind5', 'ind5', 'H_R1b')

De plus je cherche a réduire le nombre de liens dont certains sont inutiles dans mon cas par exemple entre ind1 et ind 2 le code affiche: ('ind2', 'ind1', 'H_R1b'), ('ind1', 'ind2', 'H_R1b'), une seule de ces relations suffirait.
En gros si on se focalise seulement sur les Individus qui partagent H1,R1b je cherche à avoir comme résultat

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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populations3={'ind1':['H','R1b'],'ind2':['H','R1b'], 'ind5':['H','R1b']}
('ind1', 'ind2', 'H_R1b')
('ind1', 'ind5', 'H_R1b')
('ind2', 'ind5', 'H_R1b')

Ce qui dans l'idée revient au résultat affiche plus haut mais avec une réduction du nombre de liens (redondance)
J'espère ne pas être trop confus.

Merci pour votre aide

[bistouille]

Salut, l'idéal serait de créer un dictionnaire temporaire en inversant les clés, valeurs de ton dictionnaire initial, puis à partir de lui, créer les combinaisons de tes identifiants.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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from itertools import combinations
 
valeurs = dict()
for c, liste in populations3.items() :
    t = tuple(sorted(liste))
    valeurs.setdefault(t, []).append(c)
 
 
for c, ids in valeurs.items() :
    if len(ids) > 2 :
        combs = combinations(sorted(ids), 2)
        for comb in combs :
            print comb, c
    else :
        print tuple(ids), c

[pierjean]

Bonjour,
Je ne sais pas si j'ai tout compris mais bon.

Pour faire la même chose que ton script en évitant les doublons :
(pas testé en python 2.7)

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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populations3={'ind1':['H','R1b'],'ind2':['H','R1b'],'ind3':['K1a','R1b'],'ind4':['K1a','J2a'], 'ind5':['H','R1b']}
list_ind = list(populations3.keys())	
n=len(list_ind)
net=[]
x=1
for k in list_ind:
	for i in range(x,n):
		en_commun=[elt for elt in populations3[k] if elt in populations3[list_ind[i]]]
		if len(en_commun):
			net.append([k,list_ind[i],'_'.join(en_commun)])
	x+=1
 
for v in net:
	print v

[Piotree]

Merci beaucoup pour votre aide précieuse.
pierjean peux-tu m'éclairer sur le if s'il te plait?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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if len(en_commun):		
			net.append([k,list_ind[i],'_'.join(en_commun)])

encore merci

[BufferBob]

salut,

j'y vais de ma proposition :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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net, populations3 = [], {
   'ind1': ['H',  'R1b'],
   'ind2': ['H',  'R1b'],
   'ind3': ['K1a','R1b'],
   'ind4': ['K1a','J2a'],
   'ind5': ['H',  'R1b']
}
 
for i in populations3:
   for j in populations3:
      if i == j:
         continue
      en_commun = '_'.join([elt for elt in populations3[i] if elt in populations3[j]])
      if en_commun and (i,j,en_commun) not in net and (j,i,en_commun) not in net:
            net.append((i,j,en_commun))

• on élimine simplement les cas comme ('ind1', 'ind1', 'H_R1b') en vérifiant si i == j et en sautant au prochain tour de boucle
• plus bas on teste en un seul if si en_commun n'est pas vide et si il n'y a pas déjà un résultat similaire dans net
• on en profite pour alléger un peu le code des variables intermédiaires, de l'utilisation des indices, etc.

et le résultat :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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[('ind5', 'ind1', 'H_R1b'),
 ('ind5', 'ind3', 'R1b'),
 ('ind5', 'ind2', 'H_R1b'),
 ('ind4', 'ind3', 'K1a'),
 ('ind1', 'ind3', 'R1b'),
 ('ind1', 'ind2', 'H_R1b'),
 ('ind3', 'ind2', 'R1b')]

[lg_53]

Pour avoir à la fois :
- pas de doublons ("ind1", "ind1", ...)
- pas de doublons ("ind1","ind2",...) et ("ind2","ind1", ...)
il suffit de remplacer

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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for i in range(n) :
	for j in range(n) :

par

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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for i in range(n) :
	for j in range(i+1,n) :

j démarrant à i+1, tu es sûr qu'il ne sera pas égal à i déja. Et ensuite on ne regarde que le j plus grand que i. Car pour les plus petits et bien la combinaison dans l'autre sens a déjà ét examinée.

Il n'y a strictement rien de plus a ajouter ...