NetCDF en C++ avec CMake

**Le Farfadet Spatial** · 17/10/2018, 17h31

Salut à tous !

Je dois lire des fichiers au format NetCDF en C++. Pour construire mon projet, j’utilise CMake. Cependant, j’ai quelques difficultés avec la bibliothèque NetCDF, de toute évidence je ne parviens pas à réaliser l’édition des liens. J’ai réalisé un exemple complet minimal pour montrer mon problème. Soit le contenu du fichier « main.cpp » suivant :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#include <iostream>
#include <netcdf>
 
int main (int argc, char** argv) {
	if (argc != 2) {
		std::cerr << "Usage*: " << argv[0] << " nom_fichier\n";
		return -1;
	}
 
    netCDF::NcFile dataFile (argv[1], netCDF::NcFile::read);
 
    return 0;
}

Ainsi que le fichier « CMakeLists.txt » suivant :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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cmake_minimum_required(VERSION 3.0)
 
project(TestNetCDF CXX)
 
set(EXECUTABLE_OUTPUT_PATH bin/${CMAKE_BUILD_TYPE})
set(EXECUTABLE_NAME testnetcdf)
 
find_package(netCDF COMPONENTS CXX)
 
set(
    SOURCE_FILES
    main.cpp
)
 
link_directories(
    ${NETCDF_CXX_LIBRARIES}
)
include_directories(
	${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
    ${NETCDF_CXX_INCLUDE_DIRS}
)
 
add_executable(
    ${EXECUTABLE_NAME}
    ${SOURCE_FILES}
)
target_link_libraries(
    ${EXECUTABLE_NAME}
    ${NETCDF_CXX_LIBRARIES}
)

Comme il s’agit d’un exemple complet, certes, mais aussi minimal, j’ai tout mis dans le même répertoire. Après la génération des fichiers de constructions, voici ce que donne la compilation :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$ make 
Scanning dependencies of target testnetcdf
[ 50%] Building CXX object CMakeFiles/testnetcdf.dir/main.cpp.o
[100%] Linking CXX executable bin/Debug/testnetcdf
CMakeFiles/testnetcdf.dir/main.cpp.o*: Dans la fonction «*main*»*:
/home/lebarsy/Codes/Cloud/essai/netcdf/main.cpp:47*: référence indéfinie vers «*netCDF::NcFile::NcFile(std::__cxx11::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> > const&, netCDF::NcFile::FileMode)*»
/home/lebarsy/Codes/Cloud/essai/netcdf/main.cpp:47*: référence indéfinie vers «*netCDF::NcFile::~NcFile()*»
collect2: error: ld returned 1 exit status
CMakeFiles/testnetcdf.dir/build.make:94: recipe for target 'bin/Debug/testnetcdf' failed
make[2]: *** [bin/Debug/testnetcdf] Error 1
CMakeFiles/Makefile2:67: recipe for target 'CMakeFiles/testnetcdf.dir/all' failed
make[1]: *** [CMakeFiles/testnetcdf.dir/all] Error 2
Makefile:83: recipe for target 'all' failed
make: *** [all] Error 2

Donc, clairement, quelque chose ne va pas au moment de l’édition des liens. Cependant, sur le net, je ne parviens pas à trouver d’où viens le problème. De toute évidence, je ne maîtrise pas le module CMake de NetCDF.

Pour information, voici ce qui est installé concernant la bibliothèque NetCDF sur ma machine :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$ aptitude search libnetcdf
i A libnetcdf-c++4                                                                       - legacy NetCDF C++ interface                                                                   
p   libnetcdf-c++4:i386                                                                  - legacy NetCDF C++ interface                                                                   
i A libnetcdf-c++4-1                                                                     - C++ interface for scientific data access to large binary data                                 
p   libnetcdf-c++4-1:i386                                                                - C++ interface for scientific data access to large binary data                                 
i   libnetcdf-c++4-dbg                                                                   - debugging symbols for NetCDF C++                                                              
p   libnetcdf-c++4-dbg:i386                                                              - debugging symbols for NetCDF C++                                                              
i   libnetcdf-c++4-dev                                                                   - creation, access, and sharing of scientific data in C++                                       
p   libnetcdf-c++4-dev:i386                                                              - creation, access, and sharing of scientific data in C++                                       
i   libnetcdf-c++4-doc                                                                   - NetCDF C++ API documentation                                                                  
p   libnetcdf-cxx-legacy-dbg                                                             - debugging symbols for legacy NetCDF C++ interface                                             
p   libnetcdf-cxx-legacy-dbg:i386                                                        - debugging symbols for legacy NetCDF C++ interface                                             
p   libnetcdf-cxx-legacy-dev                                                             - legacy NetCDF C++ interface - development files                                               
p   libnetcdf-cxx-legacy-dev:i386                                                        - legacy NetCDF C++ interface - development files                                               
i   libnetcdf-dev                                                                        - creation, access, and sharing of scientific data                                              
p   libnetcdf-dev:i386                                                                   - creation, access, and sharing of scientific data                                              
i A libnetcdf13                                                                          - Interface for scientific data access to large binary data                                     
p   libnetcdf13:i386                                                                     - Interface for scientific data access to large binary data                                     
i   libnetcdff-dbg                                                                       - debugging symbols for NetCDF Fortran                                                          
p   libnetcdff-dbg:i386                                                                  - debugging symbols for NetCDF Fortran                                                          
i   libnetcdff-dev                                                                       - creation, access, and sharing of scientific data in Fortran                                   
p   libnetcdff-dev:i386                                                                  - creation, access, and sharing of scientific data in Fortran                                   
p   libnetcdff-doc                                                                       - NetCDF Fortran documentation                                                                  
i A libnetcdff6                                                                          - Fortran interface for scientific data access to large binary data                             
p   libnetcdff6:i386                                                                     - Fortran interface for scientific data access to large binary data

Il me semble qu’il y a tout ce qu’il faut.

Donc, quelqu’un a-t-il déjà réussi à utiliser la bibliothèque NetCDF en C++ avec CMake ? Si oui, comment avez-vous fait ?

À bientôt.

Invité · 18/10/2018, 01h14

Salut

Je ne connais pas cette lib mais essaie avec pkg-config et le CMakeLists.txt suivant :

Code :

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cmake_minimum_required(VERSION 3.0)
project(TestNetCDF )
 
set(EXECUTABLE_OUTPUT_PATH bin/${CMAKE_BUILD_TYPE})
set(EXECUTABLE_NAME testnetcdf)
 
find_package( PkgConfig REQUIRED )
pkg_check_modules( MYPKGS REQUIRED netcdf-cxx4 )
 
set(
    SOURCE_FILES
    main.cpp
)
include_directories(
	${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
  ${MYPKGS_INCLUDE_DIRS}
)
add_executable(
    ${EXECUTABLE_NAME}
    ${SOURCE_FILES}
)
target_link_libraries(
    ${EXECUTABLE_NAME}
    ${MYPKGS_LIBRARIES}
)

**Le Farfadet Spatial** · 18/10/2018, 16h58

Salut à tous !

Envoyé par SimonDecoline

Je ne connais pas cette lib mais essaie avec pkg-config et le CMakeLists.txt suivant :

Bien vu pour le contournement par pkg-config, je n’y avais pas pensé. C’est d’autant plus une bonne idée qu’en ce moment je jongle entre Debian, CentOS, Fedora et Ubuntu et qu’en plus je dois garder MacOS et Windows en cibles possibles, avec le constat que le module CMake pour NetCDF n’est pas toujours disponible dans la distribution.

Cela dit, ça fait avancer, mais ça ne règle pas totalement le problème. En effet, NetCDF se base sur HDF5. Il existe un module FindHDF5.cmake disponible dans toutes les distributions. Par ailleurs, il a également un module pour Pkg-config. Dans les exemples que je vais présenter ici, j’utilise directement le module CMake, mais le résultat est le même avec Pkg-config.

Soit le fichier CMakeLists.txt suivant :

Code :

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cmake_minimum_required(VERSION 3.0)
 
project(TestNetCDF CXX)
 
# Path for the executable.
set(EXECUTABLE_OUTPUT_PATH bin/${CMAKE_BUILD_TYPE})
# Name of the executable.
set(EXECUTABLE_NAME testnetcdf)
 
find_package(HDF5 COMPONENTS CXX REQUIRED)
find_package(PkgConfig REQUIRED)
pkg_check_modules(MYPKGS REQUIRED netcdf-cxx4)
 
set(
    SOURCE_FILES
    main.cpp
)
 
include_directories(
    ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
    ${HDF5_INCLUDE_DIRS}
    ${MYPKGS_INCLUDE_DIRS}
)
 
add_executable(
    ${EXECUTABLE_NAME}
    ${SOURCE_FILES}
)
target_link_libraries(
    ${EXECUTABLE_NAME}
    ${HDF5_CXX_LIBRARIES}
    ${HDF5_HL_LIBRARIES}
    ${MYPKGS_LIBRARIES}
)

Voici le résultat que j’obtiens sous Fedora 28 :

Code :

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$ cmake .. -G "Unix Makefiles"
-- The CXX compiler identification is GNU 8.1.1
-- Check for working CXX compiler: /usr/bin/c++
-- Check for working CXX compiler: /usr/bin/c++ -- works
-- Detecting CXX compiler ABI info
-- Detecting CXX compiler ABI info - done
-- Detecting CXX compile features
-- Detecting CXX compile features - done
-- HDF5: Using hdf5 compiler wrapper to determine CXX configuration
-- Found HDF5: /usr/lib64/libhdf5_cpp.so;/usr/lib64/libhdf5.so;/usr/lib64/libsz.so;/usr/lib64/libz.so;/usr/lib64/libdl.so;/usr/lib64/libm.so (found version "1.8.20") found components:  CXX 
-- Found PkgConfig: /usr/bin/pkg-config (found version "1.4.2") 
-- Checking for module 'netcdf-cxx4'
--   Found netcdf-cxx4, version 4.3.0
-- Configuring done
-- Generating done
-- Build files have been written to: /home/yoann/program/essai/netcdf/build
 
 
$ make
Scanning dependencies of target testnetcdf
[ 50%] Building CXX object CMakeFiles/testnetcdf.dir/main.cpp.o
[100%] Linking CXX executable bin/testnetcdf
[100%] Built target testnetcdf

Donc, tout va bien dans ce cas-là. En revanche, il y a un problème à l’heure actuelle avec Debian et ses dérivées. Voici un exemple avec Ubuntu 18.04 :

Code :

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$ cmake .. -G "Unix Makefiles"
-- The CXX compiler identification is GNU 7.3.0
-- Check for working CXX compiler: /usr/bin/c++
-- Check for working CXX compiler: /usr/bin/c++ -- works
-- Detecting CXX compiler ABI info
-- Detecting CXX compiler ABI info - done
-- Detecting CXX compile features
-- Detecting CXX compile features - done
-- HDF5: Using hdf5 compiler wrapper to determine CXX configuration
-- Found HDF5: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/serial/libhdf5_cpp.so;/usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/serial/libhdf5.so;/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so;/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libsz.so;/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libz.so;/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libdl.so;/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libm.so (found version "1.10.0.1") found components:  CXX 
-- Found PkgConfig: /usr/bin/pkg-config (found version "0.29.1") 
-- Checking for module 'netcdf-cxx4'
--   Found netcdf-cxx4, version 4.3.0
-- Configuring done
-- Generating done
-- Build files have been written to: /home/lebarsy/Codes/Cloud/essai/netcdf/build
 
 
$ make
Scanning dependencies of target testnetcdf
[ 50%] Building CXX object CMakeFiles/testnetcdf.dir/main.cpp.o
[100%] Linking CXX executable bin/testnetcdf
/usr/bin/ld*: ne peut trouver -lhdf5_hl
/usr/bin/ld*: ne peut trouver -lhdf5
collect2: error: ld returned 1 exit status
CMakeFiles/testnetcdf.dir/build.make:101: recipe for target 'bin/testnetcdf' failed
make[2]: *** [bin/testnetcdf] Error 1
CMakeFiles/Makefile2:67: recipe for target 'CMakeFiles/testnetcdf.dir/all' failed
make[1]: *** [CMakeFiles/testnetcdf.dir/all] Error 2
Makefile:83: recipe for target 'all' failed
make: *** [all] Error 2

Dans ce cas, je ne parviens toujours pas au bout de l’édition des liens. Comme dit plus haut, l’erreur est la même en utilisant Pkg-config pour HDF5 également. Par ailleurs, je constate qu’il y a deux bogues ouverts concernant les modules Pkg-config et CMake de HDF5 sous Debian :

https://bugs.debian.org/cgi-bin/bugr...cgi?bug=839784
https://bugs.debian.org/cgi-bin/bugr...cgi?bug=767537

Du coup, il faut que je trouve un moyen de contourner ce problème, mais que le tout reste portable… Pour tout dire, je ne sais pas comment faire.

Pour aider, voici quelques éléments détaillant la configuration sous Ubuntu 18.04 :

Code :

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$ pkg-config --cflags hdf5
-I/usr/include/hdf5/serial
 pkg-config --libs hdf5
-L/usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/serial -lhdf5
$ ls /usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/serial/
include  libhdf5.a      libhdf5_cpp.so     libhdf5_fortran.so  libhdf5_hl_cpp.a   libhdf5hl_fortran.a   libhdf5_hl.so     libhdf5.so
lib      libhdf5_cpp.a  libhdf5_fortran.a  libhdf5_hl.a        libhdf5_hl_cpp.so  libhdf5hl_fortran.so  libhdf5.settings

Quelqu’un a-t-il une idée pour me sortir de ce mauvais pas ?

À bientôt.

Invité · 18/10/2018, 21h24

ajoute la variable ${MYPKGS_LDFLAGS}

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cmake_minimum_required(VERSION 3.0)
 
project(TestNetCDF )
 
set(EXECUTABLE_OUTPUT_PATH bin/${CMAKE_BUILD_TYPE})
set(EXECUTABLE_NAME testnetcdf)
 
find_package(PkgConfig REQUIRED)
pkg_check_modules(MYPKGS REQUIRED netcdf-cxx4 )
 
set(
	SOURCE_FILES
	main.cpp
	)
include_directories(
	${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
	${MYPKGS_INCLUDE_DIRS}
	)
add_executable(
	${EXECUTABLE_NAME}
	${SOURCE_FILES}
	)
target_link_libraries(
	${EXECUTABLE_NAME}
	${MYPKGS_LIBRARIES}
	${MYPKGS_LDFLAGS}
	)

**Le Farfadet Spatial** · 19/10/2018, 12h07

Salut à tous !

Envoyé par SimonDecoline

ajoute la variable ${MYPKGS_LDFLAGS}

Bon, décidément, je ne maîtrise pas suffisamment l’interaction entre CMake et Pkg-config. Voici le fichier CMakeLists.txt auquel je suis parvenu :

Code :

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cmake_minimum_required(VERSION 3.0)
 
project(TestNetCDF CXX)
 
# Path for the executable.
set(EXECUTABLE_OUTPUT_PATH bin/${CMAKE_BUILD_TYPE})
# Name of the executable.
set(EXECUTABLE_NAME testnetcdf)
 
find_package(PkgConfig REQUIRED)
pkg_check_modules(MYPKGS REQUIRED netcdf-cxx4)
 
set(
    SOURCE_FILES
    main.cpp
)
 
include_directories(
    ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
    ${MYPKGS_INCLUDE_DIRS}
)
 
add_executable(
    ${EXECUTABLE_NAME}
    ${SOURCE_FILES}
)
target_link_libraries(
    ${EXECUTABLE_NAME}
    ${MYPKGS_LIBRARIES}
    ${MYPKGS_LDFLAGS}
)

J’ai testé Sous Fedora 28 et Ubuntu 18.04, ça fonctionne dans les deux cas. Je n’ai pas encore testé sous Debian ni CentOS, mais je pense que ça devrait aller. Si jamais je ne donne pas de nouvelle, c’est que tout va bien.

Merci, donc : problème résolu.

À bientôt.

NetCDF en C++ avec CMake

C++

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