Discussion :

[reivil]

Bonjour,

Je me suis lancé depuis peu dans l'écriture de script utilisant awk. j'utilise un terminal en bash sous MAC osX. Lorsque j'utilise le script suivant :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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awk 'BEGIN {FS="\t" }
NR==1 { print "PCSK9",FILENAME }
NR==86,NR==93 { if ($12~/not/) print $14,""
 else if ($8~/he/) print $14,"1" 
 else if ($8~/ho/) print $14,"2" }
NR==94 { if ($12~/not/) print $14,""
 else if ($8~/he/ && $9!~(/^6/ || /^7/)) print $14,"1" 
 else if ($8~/ho/) print $14,"2" 
 else if ($8~/he/ && $9~(/^6/ || /^7/)) print $14,"" }
NR>=95 { if ($12~/not/) print $14,""
 else if ($8~/he/) print $14,"1" 
 else if ($8~/ho/) print $14,"2" }
END {  } ' $patientHaplo > /Volumes/DATA/Bioinf/Execute/HaploGS/Temp/tempPCSK9.txt

la réponse pour la ligne 94 est parfois "1" et parfois "" sans que j'arrive à expliquer pourquoi. Je suppose que la réponse doit être trop évidente pour que je la voie. J'ai mis 2 fichiers en exemple.
Merci de bien vouloir m'éclairer.