Discussion :

[TNema]

Bonjour, voilà ça fait quelque temps que je coince sur ce bout de code et je n'arrive pas à comprendre. J'ai un programme que je dois traduire de matlab en python et je bloque totalement sur une ligne : le code matlab est :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

Natoms(1:6,:) = [Nexcess Natoms(1:6,1:L-1)];  % L=101 et Nexcess est une matrice 6 lignes et 1 colonne

et mon code en python est :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

Natoms[:5,:]=np.concatenate((Nexcess,Natoms[:5,:L-1]),axis=0)

et mon erreur est :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
Natoms[:5,:]=np.concatenate((Nexcess,Natoms[:5,:L-1]),axis=0)
ValueError: all the input array dimensions except for the concatenation axis must match exactly

Je ne comprend pas l'erreur dans ma traduction sachant que ça marche pour matlab.. Merci bcp

[wiztricks]

Salut,

Je ne comprend pas l'erreur dans ma traduction sachant que ça marche pour matlab.. Merci bcp

Il faudrait commencer par regarder à quoi ressemble le résultat de Natoms[:5,:L-1].
Normalement, cela devrait vous indiquer le pourquoi du message d'erreur.

- W

[TNema]

À la base Natoms=np.zeros((6,L)). Donc c'est bien de 0 à 5 en python, je pense pas me tromper..

[wiztricks]

À la base Natoms=np.zeros((6,L)). Donc c'est bien de 0 à 5 en python, je pense pas me tromper..

Il ne faut pas penser mais vérifier et comprendre pourquoi numpy n'en veut pas.

- W

[TNema]

Oui je suis d'accord, j'avais évidemment déjà vérifié avant de vous posez ma question

[wiztricks]

Oui je suis d'accord, j'avais évidemment déjà vérifié avant de vous posez ma question

Et bien vous vérifiez 3 fois car numpy ne se trompe pas.
S'il vous dit que vos dimensions ne sont pas cohérentes avec ce qu'il attend, c'est que vous devez argumenter un peu en postant la dimension des deux matrices concernées avant d'essayer de faire le "concatenate" qui va retourner l'erreur.
note: Le mieux serait de poster un code qui permette de reproduire le problème.

- W

[TNema]

J'ai recommencé et afficher tous mes paramètres depuis le début et il y avait bien une erreur de dimension loin dans le code, je l'ai corrigé

Juste une autre petite question. J'ai cette ligne de code qui marche sous matlab :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

eps_min = a*M*Es/(Zi*Z(t)*e2*(Mi+M));

or en python

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

eps_min=dot(dot(a,M),Es) / dot(dot(dot(Zi,Z[t]),e2),(Mi + M))

il y a un problème de dimension au niveau de

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

dot(dot(a,M),Es)

alors que print(Es) -> [[4.72 1. 1.51 7.37 1. 7.37]] et print(dot(a,M)) -> [[4.62708926e-08 1.65253188e-09 3.30506376e-08 1.98303825e-08 1.65253188e-09 1.98303825e-08]]
Ceux sont deux matrices 1*6 donc impossible de multiplié et pourtant ça marche sous matlab.. auriez-vous une idée ?

[lg_53]

Juste une autre petite question. J'ai cette ligne de code qui marche sous matlab :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

eps_min = a*M*Es/(Zi*Z(t)*e2*(Mi+M));

or en python

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

eps_min=dot(dot(a,M),Es) / dot(dot(dot(Zi,Z[t]),e2),(Mi + M))

il y a un problème de dimension au niveau de

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

dot(dot(a,M),Es)

alors que print(Es) -> [[4.72 1. 1.51 7.37 1. 7.37]] et print(dot(a,M)) -> [[4.62708926e-08 1.65253188e-09 3.30506376e-08 1.98303825e-08 1.65253188e-09 1.98303825e-08]]
Ceux sont deux matrices 1*6 donc impossible de multiplié et pourtant ça marche sous matlab.. auriez-vous une idée ?

Si on veut multuplier 2 matrices élément par éléments, alors inutile de faire appelle à la fonction np.dot.
Si par contre vous voulez un produit scalaire, alors il vous faut 2 vecteurs ( de taille (6,) ) et non 2 matrices de taille (1,6) !

[TNema]

D'accord merci pour les conseils j'ai réussi à résoudre le problème.
Une autre petite question j'ai une matrice Natoms 6*101 tel que :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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print(Natoms[:,:])
[[1.29226424e+80 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
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  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00]
 [1.29226424e+80 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
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  0.00000000e+00]
 [1.29226424e+80 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
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  0.00000000e+00]
 [1.29226424e+80 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
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  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
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  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00]
 [1.29226424e+80 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
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  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
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  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
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  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00]
 [1.29226424e+80 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00 0.00000000e+00
  0.00000000e+00]]

Je veux faire des calculs dessus et prendre le vecteurs du premier éléments de toutes lignes donc je fais ça:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

print(Natoms[:,0])

ça me donne

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
[1.29226424e+80 1.29226424e+80 1.29226424e+80 1.29226424e+80
 1.29226424e+80 1.29226424e+80]

qui est une matrice ligne et pas une matrice colonne comme je l'attend et qui d'ailleurs n'ai même pas une matrice il n'y a pas les [[ ]].. une idée ? (J'ai le même problème sur une autre matrice) J'ai relu les tutos mais je vois pas..

[lg_53]

Il y a autant de pair de crochets imbriqués que la dimension de ton objet.
Un vecteur est de dimension 1, []
Une matrice est de dimension 2,[[]]
Un tableau 3D, est de dimension 3, [[[]]]

Donc si tu prend une colonne, c'est un vecteur, donc de dimension 1. Car par définition, il n'y a pas de notion de vecteur ligne ou de vecteur colonne en informatique. Un vecteur est une liste 1D. Un vecteur colonne peut éventuellement être représenté par les plus puériste comme une matrice de taille Nx1.

Après il faut voir quel genre de calcul as tu besoin de faire avec ce vecteur, car dans la majorité des cas, ce n'est pas pertinent de forcer la syntaxe colonne.

[TNema]

Oui ma question était un peu débile enft mais super merci pour l'explication . C'est pour faire le calcul suivant :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

Natoms[0:6,0] = np.array(Natoms[0:6,0]-Nexcess)

avec Natoms[0:6,0]=

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
[1.29226424e+80 1.29226424e+80 1.29226424e+80 1.29226424e+80
 1.29226424e+80 1.29226424e+80]

et Nexcess =

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
[[7.75358542e+80]
 [7.75358542e+80]
 [7.75358542e+80]
 [7.75358542e+80]
 [7.75358542e+80]
 [7.75358542e+80]]

ça me renvoie l'erreur

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

ValueError: could not broadcast input array from shape (6,6) into shape (6)

(ce calcul marche avec matlab)

[lg_53]

On s'en moque du contenu.

Python te dit clairement qu'il y a un problème sur les tailles. Donc, affiches les tailles !

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
print(Natoms[0:6,0].shape)
print(Nexcess.shape)
print((Natoms[0:6,0]-Nexcess).shape)

[TNema]

ça me renvoie ça :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
(6,)
(6, 1)
(6, 6)

mais je comprend pas pourquoi (6,6)

[lg_53]

Tu fais une soustraction entre un vecteur de taille 6 (1 dimension donc) et une matrice de taille 6x1 (2 dimensions). C'est comme donc additionner des patates et des voitures. Ca n'a aucun sens.
Python fait donc ce qu'il peut avec cette incohérence et élargit tout à des matrices 6x6 pour pouvoir réaliser les opérations. Ce n'est certainement pas ce que tu veux. Il faut donc lui filer dans la soustraction des données consistantes.

Indice :

L'opérateur flatten permet d'applatir n'importe qu'elle matrice en un vecteur:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

print(Nexcess.flatten())

[TNema]

D'accord merci beaucoup pour toutes ces explications, donc ça me renvoie le tout sous la forme d'un vecteur donc le np.array ne sert à rien

[lg_53]

D'accord merci beaucoup pour toutes ces explications, donc ça me renvoie le tout sous la forme d'un vecteur donc le np.array ne sert à rien

Tout à fait. Et si tu ne fais que des opérations consistantes entre numpy.array, ca te renverra toujours des numpy.array (donc si tu as des np.array(x) dans ton code et que x est lui meme un array, et bien tu peux virer le np.array devant et ne garder que x)

[TNema]

je me permet de te re-demandé, dans une situation où j'ai le code suivant :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
Natoms[0:6,:] = Natoms[0:6,1:]+Natoms[0:6,-1]
(6, 101)
(6, 100)
(6,)

Ici je veux bien supprimer la première colonne de Natoms et la remplacer par la dernière mais comme tu m'a dis (6,) est un vecteur et (6,100) une matrice et je ne peux pas faire Natoms[0:6,1:].flatten() ici ça me donne une dimension (600,) et ça ne marche pas. Je peux faire comment ? j'ai essayé np. append, np.insert ou transformé le vecteur en matrice ça ne marche pas

[lg_53]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
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5
import numpy as np
 
Natoms = np.array(list(range(6*101))).reshape(6,101)
 
Natoms = np.hstack(( Natoms[0:6,1:],Natoms[0:6,-1:] ))

La petite subtilité ici est que Natoms[0:6,-1:] et Natoms[0:6,-1] ne te renvoie pas la même chose (seul un : diffère). Affiche les, tu verras. Car dans un cas tu réclame un indice particulier dans une dimension, donc cette dimension disparait dans le résultat. Dans l'autre cas tu demandes un slice d'indice (donc une liste). Certes ce slice ne contient qu'un seul élément mais c'est un slice. Donc numpy va te retourner un résultat ayant autant de dimension que la matrice de départ (ici 2 dimensions).


Une autre possibilité aussi aurait été de mettre à jour les valeur de ta matrice vu qu'elle ne cahnge pas de dimension. Et de faire ca en deux fois, car le +, c'est une somme, ce n'est pas du tout une concaténation en numpy. Donc faire en une première fois pour dire que tu décale les colonnes, en écrasant la 1ere, puis 2eme étape rien à faire en faite puisque tu laisse la dernière à sa valeur.

Donc ceci fonctionne aussi :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

Natoms[0:6,:-1] = Natoms[0:6,1:]

[TNema]

OK merci j'ai super bien compris ! Et ça marche nickel, j'ai pris la deuxième solution du coup

[TNema]

Y-a-t-il un tuto bien expliqué pour l'utilisation du formatting text sous python ? Je vous écrire dans un fichier text différentes valeurs provenant de matrices/vecteurs. Comme sous matlab avec ce code par exemple :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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file_1=open('output_total.txt','w')
fprintf(file_1,'1       2       3       Incident ion  \r\n');
fprintf(file_1,'%.4f %.4f %.4f %.4f \r\n',concentration);

j'ai un peu chercher mais je ne trouve pas de tuto clair