Bonjour à tous !

Je viens solliciter votre aide pour me débloquer avec mon code python.

mon problème est que je ne peux pas vérifier si celui-ci est correct car lors de

l’exécution avec spyder, dès que je lance mon programme j'ai l'erreur SyntaxError: unexpected EOF while parsing

qui apparait au niveau de :

-def networks_project() : ligne 1

- for line in lecture: : ligne 12

-ligne 13 j'ai également l'erreur : NameError: name 'line' is not defined ce que je ne comprends pas car line est utilisé pour lire un fichier ligne par ligne

- if(sequence>0): ligne 14

-en fait, à chaque fois que je fais un for, if, ...
-J'ai également l'impression qu'il ne lit pas mon fichier

Cette erreur se retrouve tout au long de mon code mais j'ai beau avoir cherché pendant plusieurs jours, je ne vois pas ce qui est mal exécuter dans mon code.... Je crois que l'erreur principale serait dû à un manque de parenthèse.

Je remercie d'avance toutes les personnes qui me consacreront de leur temps et qui m'aideront.

Cordialement,

Voici le code :
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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# -*- coding: utf-8 -*-
 
import os, sys
import re
import numpy as np 
from Bio import pairwise2
import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt
 
def network_project():
    gene=[]     
    header=[]
    lecture=''
    i=0
    j=0
    file='exemple_sequence.txt'
    lecture=open(file,"r")      
    seq=''     
    for line in lecture:    
        sequence=len(re.findall(r"[>]",line))   
        if(sequence>0):     
            gene.append(seq)    
            seq=''
            sequence=0
            header.append(line[1:-1])  
            i=i+1
        else:
            seq=seq+line[:-1] 
    gene.append(seq)    
    lecture.close()   
 
    score=[]
    for i in range(len(gene)):
        for j in range((i+1),len(gene)):
            score.append(pairwise2.align.globalms(gene[i],gene[j], 3, -2, -1, -.5,score_only=True))
    liste=[]
    seuil=(np.mean(score)+0.05*np.std(score))  
    s=0
    edge_labels={}
    for i in range(len(gene)):
        for j in range((i+1),len(gene)):
            if(score[s]>seuil):
                liste.append((header[i],header[j]))
                edge_labels[(header[i],header[j])]=score[s]
            s=s+1
    G=nx.Graph()
    G.add_nodes_from(header)
    G.add_edges_from(liste)
    pos=nx.spring_layout(G)
    node_s=[]
    t=0
    for t in range(len(gene)):
        node_s.append(20*np.log(len(seq[t])))
    nx.draw_networkx_nodes(G,pos,node_color='green',label=True,alpha=1,node_size=node_s)
    Width=dict(edge_labels)
    for key,value in Width.items() :
        Width[key] = np.log10(value)/2
    nx.draw_networkx_edges(G,pos,width=Width.values(),style='solid',edge_color='red',alpha=1)
    nx.draw_networkx_edge_labels(G,pos,edge_labels=edge_labels,font_size=2,alpha=0.5,font_color='black')
    nx.draw_networkx_labels(G,pos,font_size=3,font_color='blue')
 
    namefordoc=input('Nom du PDF sans .pdf ?\n')
    plt.savefig(namefordoc+'.pdf')
et voici le fichier 'exemple_sequence.txt qui ne me semble pas être lu :

>Horse gene mitochondrial du cytochrome b
ATGACAAACATCCGGAAATCTCACCCACTAATTAAAATCATCAATCACTCTTTTATTGACCTACCAGCCC
CCTCAAACATTTCATCATGATGAAACTTCGGCTCCCTCCTAGGAATCTGCCTAATCCTCCAAATCTTAAC
AGGCCTATTCCTAGCCATACACTACACATCAGACACGACAACTGCCTTCTCATCCGTCACTCACATCTGC
CGAGACGTTAACTACGGATGAATTATCCGCTACCTCCATGCCAACGGAGCATCAATATTTTTTATCTGCC
TCTTCATTCACGTAGGACGCGGCCTCTACTACGGCTCTTACACATTCCTAGAGACATGAAACATTGGAAT
CATCCTACTTTTCACAGTTATAGCTACAGCATTCATGGGCTATGTCCTACCATGAGGCCAAATATCCTTT
TGAGGAGCAACAGTCATCACAAACCTCCTATCAGCAATTCCCTACATCGGTACTACCCTCGTCGAATGAA
TCTGAGGTGGATTCTCAGTAGACAAAGCCACCCTTACCCGATTTTTTGCTTTCCACTTCATCCTACCCTT
CATCATCACAGCCCTGGTAGTCGTACATTTACTATTTCTTCACGAAACAGGATCTAACAACCCCTCAGGG
ATCCCATCCGATATGGACAAAATCCCATTCCACCCATATTATACAATTAAAGACATCCTAGGACTCCTCC
TCCTGATCTTGCTCCTACTAACTCTAGTATTATTCTCCCCCGACCTCCTAGGAGACCCAGACAACTACAC
CCCAGCTAACCCTCTCAGCACTCCCCCTCATATTAAACCAGAATGGTACTTCCTGTTTGCCTACGCCATC
CTACGCTCCATTCCCAACAAACTAGGAGGCGTATTAGCCCTAATCCTCTCCATCCTGATCCTAGCACTCA
TCCCCACCCTCCACATATCAAAACAACGAAGCATAATGTTCCGGCCTCTCAGCCAATGCGTATTCTGACT
CTTAGTGGCAGACTTACTGACACTAACATGAATCGGCGGACAGCCAGTGGAACACCCATACGTAATTATC
GGCCAACTGGCCTCAATCCTCTACTTCTCCCTAATTCTCATTTTTATACCACTCGCAAGCACCATCGAAA
ACAATCTTCTAAAATGAAGA


>Giraffe gene mitochondrial du cytochrome b
ATGATCAACATCCGAAAGTCCCACCCACTAATAAAAATTGTAAATAACGCACTAATCGATCTACCAGCCC
CATCAAATATCTCATCATGATGAAACTTCGGCTCCCTACTAGGCATCTGCCTCATTTTACAAATTCTAAC
AGGCCTATTTCTAGCAATACACTACACACCTGACACAACAACAGCGTTCTCCTCTGTCACCCATATTTGC
CGAGATGTTAACTACGGTTGAATCATCCGATATATACACGCAAATGGGGCATCCATATTCTTCATCTGCT
TATTCATGCATGTAGGACGGGGCCTATACTACGGATCGTATACCTTCCTAGAAACATGAAACATTGGAGT
AATCCTCCTATTCACAGTAATAGCCACAGCTTTTATAGAGTACGTCCTACCATGAGGACAAATATCATTT
TGAGGAGCAACAGTCATTACTAATCTCCTATCAGCAATCCCATATATCGGCACAAATCTAGTCGAATGAA
TCTGAGGGGGCTTCTCAGTAGATAAAGCAACCCTTACCCGATTCTTCGCCTTCCACTTCATTCTCCCATT
CATCATTATAGCACTCACTATAGTCCACCTACTCTTTCTTCACGAAACAGGATCAAACAACCCAATAGGA
ATTCCATCAGACATAGACAAAATCCCGTTCCACCCCTACTACACTATCAAAGATATCTTAGGGGCACTTC
TATTAATTCTAGTCCTAATACTTCTAGTCCTATTTACACCCGACCTGCTCGGAGACCCAGATAACTACAC
ACCAGCCAACCCACTCAATACTCCTCCCCATATTAAACCAGAATGATACTTTCTATTTGCATACGCAATC
CTACGATCAATCCCCAACAAACTAGGAGGAGTCCTAGCCCTAGTTCTCTCCATCCTCATCCTCATCTTCA
TACCCCTACTCCACACATCCAAACAACGAAGTATGATATTTCGACCATTCAGTCAATGCCTATTTTGAAT
TCTAGTAGCGGACCTGCTAACACTCACATGAATTGGAGGACAGCCAGTTGAACACCCATTCATCATCATC
GGACAACTAGCATCTATTATGTACTTTCTCATCATCCTAGTGTTAATACCAGTCACTAGTGCAATCCAAA
ACAACCTTCTAAAATGAAGA


>Goat gene mitochondrial du cytochrome b
ATGACCAACATCCGAAAGACCCACCCATTAATAAAAATTGTAAACAACGCATTTATTGACCTCCCAACCC
CATCAAACATCTCATCATGATGAAACTTTGGATCCCTCCTAGGAATTTGCCTAATCTTACAAATCCTGAC
AGGCCTATTCCTAGCAATACACTATACATCCGACACAATAACAGCATTTTCCTCTGTAACTCACATTTGT
CGAGATGTAAATTATGGCTGAATCATCCGATACATACACGCAAACGGAGCATCAATATTCTTTATCTGCC
TATTCATACATATCGGACGAGGTCTATATTATGGATCATATACCTTTCTAGAAACATGAAACATTGGAGT
AATCCTCCTGCTCGCAACAATGGCCACAGCATTCATAGGCTATGTTTTACCATGAGGACAAATATCATTT
TGAGGGGCAACAGTCATCACTAATCTTCTTTCAGCAATCCCATATATTGGCACAAACCTAGTCGAATGAA
TCTGAGGGGGGTTCTCAGTAGACAAAGCCACTCTCACCCGATTCTTCGCCTTCCACTTTATCCTCCCATT
CATCATCACAGCCCTCGCCATAGTCCACCTGCTCTTCCTCCACGAAACAGGATCGAACAACCCCACAGGA
ATTCCATCAGACACAGATAAAATCCCATTTCACCCTTACTACACCATTAAAGATATCTTAGGCGCCATGC
TACTAATTCTTGTTCTAATATTACTAGTACTATTCACACCCGACCTACTCGGAGACCCAGACAACTATAT
CCCAGCAAATCCACTCAATACACCCCCTCACATTAAACCTGAGTGGTATTTCCTATTTGCATACGCAATC
CTACGATCAATCCCCAACAAACTAGGAGGAGTCCTAGCCCTAGTCCTCTCAATCCTAATCTTAGTACTTG
TACCCTTCCTCCACACATCTAAACAACGAAGCATAATATTCCGCCCAATCAGCCAATGCATATTCTGAAT
CCTGGTAGCAGATCTATTAACACTCACATGAATTGGAGGACAGCCAGTCGAACATCCCTACATTATTATT
GGACAACTAGCATCTATTATATATTTCCTCATCATTCTAGTAATAATACCAGCAGCTAGCACCATTGGAA
ACAACCTTCTAAAATGAAGA


>Sheep gene mitochondrial du cytochrome b
ATGACCAACATCCGAAAAACCCACCCACTAATAAAAATTGTAAACAACGCATTCATTGACCTCCCAGCTC
CATCAAATATTTCATCATGATGAAACTTTGGCTCCCTCCTAGGCATTTGCTTAATTTTACAGATTCTAAC
AGGCCTATTCCTAGCAATACACTATACACCCGACACAACAACAGCATTCTCCTCTGTAACCCACATTTGC
CGAGACGTGAACTATGGCTGAATTATCCGATATATACACGCAAACGGGGCATCAATATTTTTTATCTGCC
TATTTATGCATGTAGGACGAGGCCTATATTATGGATCATATACCTTCCTAGAAACATGAAACATCGGAGT
AATCCTCCTATTTGCGACAATAGCCACAGCATTCATAGGCTATGTCTTACCATGAGGACAAATATCATTC
TGAGGAGCAACAGTTATTACCAACCTCCTTTCAGCAATTCCATATATTGGCACAAACCTAGTCGAATGAA
TCTGGGGAGGATTCTCAGTAGACAAAGCTACCCTCACCCGATTTTTCGCCTTTCACTTTATTTTCCCATT
CATCATCGCAGCCCTCGCCATAGTTCACCTACTCTTCCTCCACGAAACAGGATCCAACAACCCCACAGGA
ATTCCATCGGACACAGATAAAATTCCCTTCCACCCTTATTACACCATTAAAGACATCCTAGGCGCCATAC
TACTAATCCTTGCCCTCATGCTACTAGTACTATTCACACCTGACTTACTCGGAGACCCAGATAACTATAC
CCCAGCAAACCCACTCAACACACCCCCTCACATTAAACCTGAATGATATTTCCTATTTGCATACGCAATC
CTACGATCAATTCCCAATAAACTAGGAGGAGTCTTAGCCCTAGTCCTCTCGATCCTAATCCTAGTACTCG
TACCTTTCCTCCACACATCCAAACAATGAAGCATAATATTCCGACCAATTAGTCAATGTATATTCTGAAT
CTTAGGAGCAGACCTACTAACACTCACATGAATTGGAGGACAGCCAGTCGAACACCCTTATATCGTCATT
GGACAACTAGCATCTATTATATATTTCCTTATCATTCTAGTAGTAATACCAGTAGCTAGCACTATCGAAA
ATAACCTCCTAAAATGAAGA


>Hippopotamus gene mitochondrial du cytochrome b
ATGACAAACATCCGAAAATCTCACCCCTTAATAAAAATTATCAACGATGCATTCGTTGACCTCCCAGCTC
CATCAAACATCTCATCGTGATGAAACTTCGGCTCCCTACTTGGCGTCTGCCTAATCCTACAAATTCTAAC
AGGCCTATTCCTGGCCATACACTACACACCAGATACACTCACCGCATTCTCATCGGTAACCCACATCTGC
CGTGATGTAAACTACGGGTGAGTCATCCGCTACATACACGCAAACGGCGCATCCATCTTCTTCATCTGCC
TCTTTACTCACGTAGGACGCGGCCTATACTATGGCTCCTACACATTCCTAGAAACCTGAAACATCGGAGT
TATCTTACTACTCACAACCATAGCTACCGCGTTTATAGGCTACGTACTGCCATGAGGACAAATGTCATTC
TGAGGGGCAACAGTCATTACCAACTTACTGTCAGCTATCCCCTATATTGGAACAGACCTAGTAGAATGAA
TCTGAGGAGGCTTTTCCGTAGACAAAGCCACCCTTACACGATTCTTTGCCTTCCACTTTATTCTTCCATT
CGTTATCACAGCACTAGCCATCGTCCATCTACTATTCCTCCATGAAACAGGATCCAACAACCCAACAGGA
ATCCCCTCAAACGCAGACAAAATCCCATTCCACCCCTATTACACAATCAAGGACATCCTAGGTATCCTAC
TCCTAATAACAACACTACTCACACTAACCTTATTTGCCCCAGACCTCCTAGGGGACCCAGACAACTACAC
CCCCGCAAACCCCCTTAGCACACCACCACACATTAAACCAGAATGATATTTCCTGTTCGCGTACGCGATT
CTCCGATCAATCCCCAACAAACTAGGAGGCGTCCTAGCCCTAGCTCTCTCAATCCTAATCCTGGCCCTAA
TCCCAATACTACACACATCCAAACAACGAAGCCTAATATTTCGACCCCTCAGCCAATGCCTGTTTTGAGC
ACTAATCGCCGACCTACTAACACTCACATGAATTGGAGGACAACCCGTCGAACACCCCTTCATCATCATC
GGACAAGTCGCCTCAATCCTATATTTCCTCTTAATCTTAGTACTAATGCCCGTAGCAGGCATTATCGAAA
ACAAACTCCTAAAATGAAGA